Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G003323`

染色体: Chr04 坐标: 49971816-49973336 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G003323`
名称	SmilChr04G003323
描述	CASP-like protein 4D1
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	49971816 - 49973336 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131020221`
GeneID	`131020221`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131020221`
原始查询	`SmilChr04G003323`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	CASP-like protein 4D1
产物	CASP-like protein 4D1
Arabidopsis	`AT2G39530` (AT2G39530) Uncharacterized protein family (UPF0497) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818538] identity=31.5; qcov=0.872; evalue=9.9e-15; confidence=low
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF04535 (CASP_dom)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131020221

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057804900.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057804900.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057804900.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057804900.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057804900.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:49972006`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B10,B75,C14,C73,C74
`Chr4:49972607`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B140,C42,C83,C85
`Chr4:49972955`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B131,B54,C15
`Chr4:49972964`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B140,C42,C52,C83,C85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804900.1

164 aa

164

CASP_dom

PF04535 CASP_dom 9-140 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057804900.1`	Pfam	`PF04535`	CASP_dom	Domain	9	140	2e-20	73.8	Casparian strip membrane protein domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057948917.1
AATTAAGTTGGCACGAGGCCTGCATCTTCACATAAAAAACACATTGACAAGTCCGATATATTCATCGTCTTCATGCATATATATCGTCTTATAAAAAGGTCCCCACAAAAAAACTAAGTAAAGTTGAAACAAGAATTATAGAGAATTGAATTAAATGGCGAGTGTAGGTGCATTAAGGGCAATTCTGGCGCTGAGGATGTTGACACTGCTAACTCTAGCTGTTTCAGCTTTGCTTATGGGCCTCAACAATCGCACTACCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131020221
ATGGCGAGTGTAGGTGCATTAAGGGCAATTCTGGCGCTGAGGATGTTGACACTGCTAACTCTAGCTGTTTCAGCTTTGCTTATGGGCCTCAACAATCGCACTACCGATTTCGTCAACATTAAGTTCACTGATCTCATTGCTTACAGGTATGTGTTTGCTGTGGGCGCCGTAGGATTTTTGTACACGCTAATTCAACTCCCATTTGCAATATATAATGTCGTACACAATAAGAGGTTGATACGCAACGGTTGTCTCCCAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057804900.1
MASVGALRAILALRMLTLLTLAVSALLMGLNNRTTDFVNIKFTDLIAYRYVFAVGAVGFLYTLIQLPFAIYNVVHNKRLIRNGCLPEFDYFGDKVMALLLASGVGVGFGVTFEFKRAFEFSSEAKKYLDRGNISTGILLAGTVFMALLLAFSSSRRSPNKGLFK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器