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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003356

染色体: Chr04 坐标: 50158384-50167188 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003356
名称SmilChr04G003356
描述L-Ala-D/L-amino acid epimerase
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向50158384 - 50167188 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020250
GeneID131020250
locus_tag-
NCBI NameLOC131020250
原始查询SmilChr04G003356

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述L-Ala-D/L-amino acid epimerase
产物L-Ala-D/L-amino acid epimerase
ArabidopsisAT3G18270 (CYP77A5P)
cytochrome P450, family 77, subfamily A, polypeptide 5 pseudo [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821355]
identity=63.5; qcov=0.923; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0138900
-
identity=72.7; qcov=0.85; evalue=0; confidence=high
GOGO:0016855 (racemase and epimerase activity, acting on amino acids and derivatives)
KEGG-
PfamPF02746 (MR_MLE_N); PF07476 (MAAL_C); PF13378 (MR_MLE_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020250

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057804939.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 1.00000 XP_057804939.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057804939.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804939.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057804939.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:50163260 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A11,C78
Chr4:50163369 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A11,C78
Chr4:50163657 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A11,B46,C78
Chr4:50163693 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C75
Chr4:50164729 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D2
Chr4:50164773 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr4:50164778 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr4:50164779 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 1 D7
Chr4:50164779 GA G 1bp_deletion CDS_variant 1 D7
Chr4:50164805 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr4:50164814 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr4:50164836 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804939.1
440 aa
N
1
220
440
MR_MLE_N
MR_MLE_C
MAAL_C
C
PF02746 MR_MLE_N 91-200 aa PF13378 MR_MLE_C 220-430 aa PF07476 MAAL_C 272-377 aa
XP_057804940.1
439 aa
N
1
220
439
MR_MLE_N
MR_MLE_C
MAAL_C
C
PF02746 MR_MLE_N 91-200 aa PF13378 MR_MLE_C 220-430 aa PF07476 MAAL_C 272-377 aa
XP_057804941.1
439 aa
N
1
220
439
MR_MLE_N
MR_MLE_C
MAAL_C
C
PF02746 MR_MLE_N 91-200 aa PF13378 MR_MLE_C 220-430 aa PF07476 MAAL_C 272-377 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804939.1 Pfam PF02746 MR_MLE_N Domain 91 200 2.5e-07 31.7 Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain
XP_057804939.1 Pfam PF13378 MR_MLE_C Domain 220 430 6.5e-34 118.2 Enolase C-terminal domain-like
XP_057804939.1 Pfam PF07476 MAAL_C Domain 272 377 7.2e-07 29.3 Methylaspartate ammonia-lyase C-terminus
XP_057804940.1 Pfam PF02746 MR_MLE_N Domain 91 200 2.4e-07 31.7 Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain
XP_057804940.1 Pfam PF13378 MR_MLE_C Domain 220 430 6.5e-34 118.2 Enolase C-terminal domain-like
XP_057804940.1 Pfam PF07476 MAAL_C Domain 272 377 7.2e-07 29.4 Methylaspartate ammonia-lyase C-terminus
XP_057804941.1 Pfam PF02746 MR_MLE_N Domain 91 200 2.4e-07 31.7 Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain
XP_057804941.1 Pfam PF13378 MR_MLE_C Domain 220 430 6.5e-34 118.2 Enolase C-terminal domain-like
XP_057804941.1 Pfam PF07476 MAAL_C Domain 272 377 7.2e-07 29.4 Methylaspartate ammonia-lyase C-terminus

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948958.1
GTCTGGTATTTGGTTGGATTCAGCATAATCAGAGGCTCTGTTCTGATGCAGAAACAAATGGAGAAGGCTAATCAGAAAGCGAGCATAAAGAATTAAAAATGGCGGCATCTTCTGGCATCAGCATCACTCTCTCGCTCTCCTTGAATCACGATTCAAACAAACACTCAAATACAAGCAAAATGGTTCCTTCCGCCGCCTTGCTCTCGCCGCCGCTCTGTTTCGCCAGGCTCGGGAAGAAACCCACCGCCTGCATGACCACC...
XM_057948956.1
TTTTCATTGGGAGAGATTGAAATTGAAATTATAAATTAAGTTGAAATGATAAATGACAAGAAATGAAAATTCAGGTAGCAAAGCGAAACAAATGGAAAGTTGTCAATTGAATGAAAATGCCATTTTTACTTTGCCAAAAAAAAGAAGAAGAGAAAGTTGAGGTGGAAATCGTAATTATGTCAAGGTTTAATTGTTTAATGTAACACAATTAATAAAATAAGAAGAAGGCTCAAAGACTTCCGTTGTAATAAGTTTGAATG...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131020250
ATGGCGGCATCTTCTGGCATCAGCATCACTCTCTCGCTCTCCTTGAATCACGATTCAAACAAACACTCAAATACAAGCAAAATGGTTCCTTCCGCCGCCTTGCTCTCGCCGCCGCTCTGTTTCGCCAGGCTCGGGAAGAAACCCACCGCCTGCATGACCACCACGGCGCCGGCGGCGCCCCAGTCGGCGTGCCTGGGGTTCAAAAATCTGATGGAGACTTACACCGTGAACGTGCAGAGGGCGGAGGGGCGGGCGCTGAA...
LOC131020250
ATGGCGGCATCTTCTGGCATCAGCATCACTCTCTCGCTCTCCTTGAATCACGATTCAAACAAACACTCAAATACAAGCAAAATGGTTCCTTCCGCCGCCTTGCTCTCGCCGCCGCTCTGTTTCGCCAGGCTCGGGAAGAAACCCACCGCCTGCATGACCACCACGGCGCCGGCGGCGCCCCAGTCGGCGTGCCTGGGGTTCAAAAATCTGATGGAGACTTACACCGTGAACGTGCAGAGGGCGGAGGGGCGGGCGCTGAA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057804939.1
MAASSGISITLSLSLNHDSNKHSNTSKMVPSAALLSPPLCFARLGKKPTACMTTTAPAAPQSACLGFKNLMETYTVNVQRAEGRALNVPLLAPFTIASSRLDGVENVAVRLELSNGCVGWGESPILPHVTAEDQATALAAVADACRALKQSPGKTLGLVLGEIQGMLPGHSFASVRAGIEMALIDAVANSIGIPLWRLFGGFSDTITTDITIPIVSPTEAAELATKYRVQGFKTLKLKVGKNLTSDIEVLKAIRTVHPDC...
XP_057804940.1
MAASSGISITLSLSLNHDSNKHSNTSKMVPSAALLSPPLCFARLGKKPTACMTTTAPAAPQSACLGFKNLMETYTVNVQRAEGRALNVPLLAPFTIASSRLDGVENVAVRLELSNGCVGWGESPILPHVTAEDQATALAAVADACRALKQSPGKTLGLVLGEIQGMLPGHSFASVRAGIEMALIDAVANSIGIPLWRLFGGFSDTITTDITIPIVSPTEAAELATKYRVQGFKTLKLKVGKNLTSDIEVLKAIRTVHPDC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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