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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003369

染色体: Chr04 坐标: 50259961-50267470 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003369
名称SmilChr04G003369
描述uncharacterized SmilChr04G003369
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向50259961 - 50267470 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020266
GeneID131020266
locus_tag-
NCBI NameLOC131020266
原始查询SmilChr04G003369

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843729]; symbol=AT1G73920; hit=AT1G73920; species=arabidopsis; confidence=high
产物alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843729]; symbol=AT1G73920; hit=AT1G73920; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G73920 (AT1G73920)
alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843729]
identity=67.5; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0521400
-
identity=72.5; qcov=0.613; evalue=0; confidence=high
GOGO:0006629 (lipid metabolic process)
KEGG-
PfamPF04083 (Abhydro_lipase)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020266

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.40000 XP_057804958.1
2 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057804958.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057804958.1
4 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.20000 XP_057804958.1
5 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.20000 XP_057804958.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:50260341 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr4:50260366 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B73
Chr4:50260403 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B2,B27,C37
Chr4:50260610 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B137,B28,B30,C49
Chr4:50260781 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B108,B9,C15,C51,C77
Chr4:50260949 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr4:50261006 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr4:50261108 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr4:50261111 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr4:50261162 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C75
Chr4:50264208 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108
Chr4:50264351 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804958.1
693 aa
N
1
346
693
Abhydro_lipase
C
PF04083 Abhydro_lipase 288-342 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804958.1 Pfam PF04083 Abhydro_lipase Family 288 342 8.3e-16 58.0 Partial alpha/beta-hydrolase lipase region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948975.1
CACGTAAACAAAGTTGCAGTTATAAGTATTTAATTCATGGCTTCTGCAGCCTTAATCCGGACGACAAGAATCGACGTCGTAGCACGCACCTCATTTTGATTTGCTCCGCTTACAGAAATTCTCTCCTTTTTGTCAATCCCTATTCTTCTTCCACATTTCTCTCCTTGATTCGCATCTCTCCTCGATAATTTCCTTGCACTATTTTTGGGATTTTCTTCAAGACAAAGAAAAAAAGAGAAAAAAAAGAAAAAAAAAACTGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020266
ATGCAAAGGGCTGTTGACAATGTTATTGCTGTAACCAAAGAGTCGGTAAAGACGTTCACCTATGAGTCTCTGCACAATATTGTAAGATTGATAAATGGAGTGTCAGCATTATTATTGTCTATTTTGCCTGGGAAGGCTTCTATTCTTGAAGGCATTCATGGTTGGGAGCTTAGGCCAACTTTCCGTGGACCTCGACTTCCTCGTTGGATGGAGAATGGCGTATCGTCTTTCAATCAGTTCATTCATGAGTTTTCTGTTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057804958.1
MQRAVDNVIAVTKESVKTFTYESLHNIVRLINGVSALLLSILPGKASILEGIHGWELRPTFRGPRLPRWMENGVSSFNQFIHEFSVDSDTSSSVDYSSDGEDCDIYPPSPLSQSSRFSRESNFTKQNRSWIWWIRCIISWVLFPMKLLFGLPLYVINSAFPTSKAPVRSGNYPSIAQSPRRLQTLKDHFVQRTTDRRRGVVEDLHLAIEFFIESAFDVVHKAAHGVLSPADTLRSVCQWFCSKLGFRKDIPSEEFVASCP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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