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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003382

染色体: Chr04 坐标: 50362026-50363193 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003382
名称SmilChr04G003382
描述non-specific lipid transfer protein GPI-anchored 10
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向50362026 - 50363193 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020278
GeneID131020278
locus_tag-
NCBI NameLOC131020278
原始查询SmilChr04G003382

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述non-specific lipid transfer protein GPI-anchored 10
产物non-specific lipid transfer protein GPI-anchored 10
ArabidopsisAT1G73890 (AT1G73890)
Bifunctional inhibitor/lipid-transfer protein/seed storage 2S albumin superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843727]
identity=40.9; qcov=0.864; evalue=5.17e-25; confidence=medium
RiceOs04g0462200 (OsLTPG11)
-
identity=33.5; qcov=0.891; evalue=2.36e-15; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF00234 (Tryp_alpha_amyl); PF14368 (LTP_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020278

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057804975.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057804975.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804975.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057804975.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057804975.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:50362172 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr4:50362189 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr4:50362244 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A25,B36
Chr4:50362276 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C85
Chr4:50362608 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B127,B37
Chr4:50362655 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B10,B75,C73,C74

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804975.1
184 aa
N
1
92
184
LTP_2
Tryp_alpha_amyl
C
PF14368 LTP_2 26-108 aa PF00234 Tryp_alpha_amyl 32-108 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804975.1 Pfam PF14368 LTP_2 Family 26 108 1.2e-14 55.0 Probable lipid transfer
XP_057804975.1 Pfam PF00234 Tryp_alpha_amyl Domain 32 108 1.9e-07 32.0 Protease inhibitor/seed storage/LTP family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948992.1
ATGCCTCCTCACCATTCTCTCCCCATCGCACTCCTTGTCTTGTTCATATCCACACCGCCGCGGCCTGCCGCTGCCCTCAACACAGTTGCAGACTGCGGACTGAGCCTGCTGCCTCTAGCCCCATGCGGACCATTTGTGCAGGGCAACGCCCCTGCACCCGTCCGCACGTGCTGCGACAGCGTCGAGAAGCTCTACAAACAAAACGTCACGTGCCTCTGCGTGTTGCTCGACAACTCCGGCCCAGAATCGCCGTTGCCCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020278
ATGCCTCCTCACCATTCTCTCCCCATCGCACTCCTTGTCTTGTTCATATCCACACCGCCGCGGCCTGCCGCTGCCCTCAACACAGTTGCAGACTGCGGACTGAGCCTGCTGCCTCTAGCCCCATGCGGACCATTTGTGCAGGGCAACGCCCCTGCACCCGTCCGCACGTGCTGCGACAGCGTCGAGAAGCTCTACAAACAAAACGTCACGTGCCTCTGCGTGTTGCTCGACAACTCCGGCCCAGAATCGCCGTTGCCCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057804975.1
MPPHHSLPIALLVLFISTPPRPAAALNTVADCGLSLLPLAPCGPFVQGNAPAPVRTCCDSVEKLYKQNVTCLCVLLDNSGPESPLPINTTLALHLPLLCKLNINPSTCPGVSLPSPSPPTHVSLGAKPKSRPRGGISASPMITRSPRPRFGSSGYNHSAEVRMEAETQLLMLLIMAAILFTEIV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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