Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G003396`

染色体: Chr04 坐标: 50500996-50502099 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G003396`
名称	SmilChr04G003396
描述	tetraspanin-8-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	50500996 - 50502099 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131020302`
GeneID	`131020302`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131020302`
原始查询	`SmilChr04G003396`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	tetraspanin-8-like
产物	tetraspanin-8-like
Arabidopsis	`AT1G18520` (TET11) tetraspanin11 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838433] identity=39; qcov=1; evalue=3.78e-65; confidence=medium
Rice	`Os08g0443800` (OsTET12) - identity=41.9; qcov=0.985; evalue=4.19e-69; confidence=medium
GO	GO:0005886 (plasma membrane); GO:0009506 (plasmodesma); GO:0009734 (auxin-activated signaling pathway)
KEGG	-
Pfam	PF00335 (Tetraspanin)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131020302

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057805013.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057805013.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057805013.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057805013.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057805013.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:50501193`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B128,B22,B44,C20,D2
`Chr4:50501260`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B119,B91
`Chr4:50501296`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr4:50501349`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C84

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805013.1

264 aa

132

264

Tetraspanin

PF00335 Tetraspanin 6-243 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057805013.1`	Pfam	`PF00335`	Tetraspanin	Family	6	243	2.5e-27	96.7	Tetraspanin family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057949030.1
CCCTTGAACAAAAATCGGAAAATCTGACTTCCATTCCCAATCCCAAAAACCAGAGAAATCAAAATGGTGCGCGCAAGCAATTGGGTGATCATAGCACTGAACGTGACAACAATGGCGTTGGCGCTGAGCGCCATGGGCTTCTCCCTGTGGTTCCACGTGAGAGACGGATCCCAATGCCAGAGAATTCTGAAGACGCCGCTGCTGGTGGTGGGCGCCGCCCTGCTGGTGGTGGCGGTGGCGGGACTGGTGGGCGCCCTCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131020302
ATGGTGCGCGCAAGCAATTGGGTGATCATAGCACTGAACGTGACAACAATGGCGTTGGCGCTGAGCGCCATGGGCTTCTCCCTGTGGTTCCACGTGAGAGACGGATCCCAATGCCAGAGAATTCTGAAGACGCCGCTGCTGGTGGTGGGCGCCGCCCTGCTGGTGGTGGCGGTGGCGGGACTGGTGGGCGCCCTCACCGGCGCCTCAGTGGTGATGTGGGTCTACCTCCTCATGCTGCTGGCCCTCACCATGGGCCTCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057805013.1
MVRASNWVIIALNVTTMALALSAMGFSLWFHVRDGSQCQRILKTPLLVVGAALLVVAVAGLVGALTGASVVMWVYLLMLLALTMGLVVFTIFTVMVTNRGVGRAVSDSRLGNYSKWLQRYVVNARNWDKIKSCMTDAGICKLVANVKTDDIYNPIVSGCCKPPGYCGLERRNASYWVVPKKGRVVGDPDCKAWSNAAEEMCFDCDACKKAVLSNIRREWKMLVLINICIIMLVIVVYSIGCCALRNNRFHYHNNFNFNKP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器