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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G003409`

染色体: Chr04 坐标: 50712380-50718626 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G003409`
名称	SmilChr04G003409
描述	cleavage stimulation factor subunit 50
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	50712380 - 50718626 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131020295`
GeneID	`131020295`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131020295`
原始查询	`SmilChr04G003409`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	cleavage stimulation factor subunit 50
产物	cleavage stimulation factor subunit 50
Arabidopsis	`AT5G60940` (AT5G60940) Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836215] identity=68.7; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0754900` (OsWD40-93) - identity=66.4; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0005848 (mRNA cleavage stimulating factor complex); GO:0031124 (mRNA 3'-end processing)
KEGG	smil03015 (mRNA surveillance pathway - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00400 (WD40); PF29040 (LisH_CTF50)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131020295

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057805006.1`
2	Cytoskeleton	细胞骨架	0.60000	`XP_057805006.1`
3	Spindle	Spindle	0.40000	`XP_057805006.1`
4	Spindle pole	Spindle pole	0.40000	`XP_057805006.1`
5	Midbody	Midbody	0.40000	`XP_057805006.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:50712665`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B42,B43,C37,C64,C66
`Chr4:50714476`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr4:50714708`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A3
`Chr4:50714881`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B110
`Chr4:50714881`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B110
`Chr4:50714890`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr4:50714914`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B22,B46,B54,C55
`Chr4:50715558`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B128,B16,C44,C52,D7
`Chr4:50716999`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B21,B78,B79
`Chr4:50717041`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C55
`Chr4:50717253`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B131,C41
`Chr4:50718335`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B108,B9,C15,C51,C77

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805006.1

436 aa

218

436

LisH_CTF50

WD40

PF29040 LisH_CTF50 7-75 aa PF00400 WD40 122-155 aa PF00400 WD40 177-213 aa PF00400 WD40 229-249 aa PF00400 WD40 274-302 aa PF00400 WD40 307-345 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057805006.1`	Pfam	`PF29040`	LisH_CTF50	Domain	7	75	6.6e-40	135.6	CTF50, LisH domain
`XP_057805006.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	122	155	8.5e-38	127.9	WD domain, G-beta repeat
`XP_057805006.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	177	213	8.5e-38	127.9	WD domain, G-beta repeat
`XP_057805006.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	229	249	8.5e-38	127.9	WD domain, G-beta repeat
`XP_057805006.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	274	302	8.5e-38	127.9	WD domain, G-beta repeat
`XP_057805006.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	307	345	8.5e-38	127.9	WD domain, G-beta repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057949023.1
AATGTTTCCGGATGCATAAACCCCACTAAATTTCCAGTATAGAACAAATATTTTGAACATATTGATGGCCGGAGGAGTGCCGGTCGAACCACAAAACTCATTCCAAATTCCCCCCAAATTTTGTGATTAGGGTTTAAATTAATTTGGGTTCTTGGGCGCCGGTGGCAACTGACATATTGCAATGGATAACGCAAACGGATTGGAGCAGACGTTTCAGGACGGCAAAATTTACCGCCATGTCAATGCTCTCATTGTTGCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131020295
ATGGATAACGCAAACGGATTGGAGCAGACGTTTCAGGACGGCAAAATTTACCGCCATGTCAATGCTCTCATTGTTGCCCATCTCCGCGACAGCAATTTCAATCAGGCAGCAAGTGCGGTTGCATCAGCCACAATGACACCTCTAAGTGTCGAATTTCCTCCTAACAAGCTCCTTGAGTTGGTGGCCAAGGGTCTTGCAGTGGAAAAAGATGAGATGTTGAGAGGGATATCTTCAACTACACTATTTGATTCAAGCATACC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057805006.1
MDNANGLEQTFQDGKIYRHVNALIVAHLRDSNFNQAASAVASATMTPLSVEFPPNKLLELVAKGLAVEKDEMLRGISSTTLFDSSIPSTYGSVPAPRVVSMDFSAVHDVKGASKSFPKHETRHISEHKNVGRCARFSPDGRFLATGSADTSVKLFEVSKVKQMMLPDQRDGGPVRPVVRTFYDHLQPINDLDFHPHNTILISGAKDRTIKFFDFSKTVARKAFKIIQDTHNVRSVSFHPSGEFLLAGTDHPIAHLYDVNT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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