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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003410

染色体: Chr04 坐标: 50718730-50721408 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003410
名称SmilChr04G003410
描述pentatricopeptide repeat-containing protein PNM1, mitochondrial
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向50718730 - 50721408 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020289
GeneID131020289
locus_tag-
NCBI NameLOC131020289
原始查询SmilChr04G003410

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein PNM1, mitochondrial
产物pentatricopeptide repeat-containing protein PNM1%2C mitochondrial
ArabidopsisAT5G60960 (PNM1)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836217]
identity=61.5; qcov=0.842; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0603900
-
identity=47.8; qcov=0.72; evalue=7.8e-118; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020289

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057804996.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057804996.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804996.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057804996.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057804996.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:50719711 C CG 1bp_insertion frameshift_variant 3 B41,B83,C59
Chr4:50719711 C CG 1bp_insertion CDS_variant 3 B41,B83,C59
Chr4:50719757 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B123,B134,B52,C55
Chr4:50719895 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B135,C71
Chr4:50719911 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C70
Chr4:50719946 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A7,B123
Chr4:50719994 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 5 B129,B130,B83,C55,D4
Chr4:50719994 C CA 1bp_insertion CDS_variant 5 B129,B130,B83,C55,D4
Chr4:50720001 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr4:50720009 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr4:50720948 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B135,C71,C85
Chr4:50721022 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A1,A21,B67,C84,D1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804996.1
543 aa
N
1
272
543
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
PPR_3
PPR
C
PF12854 PPR_1 265-295 aa PF13041 PPR_2 266-314 aa PF01535 PPR 272-298 aa PF13812 PPR_3 332-388 aa PF13041 PPR_2 344-390 aa PF01535 PPR 347-376 aa PF01535 PPR 382-410 aa PF13812 PPR_3 434-460 aa PF01535 PPR 454-483 aa
XP_057804997.1
543 aa
N
1
272
543
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
PPR_3
PPR
C
PF12854 PPR_1 265-295 aa PF13041 PPR_2 266-314 aa PF01535 PPR 272-298 aa PF13812 PPR_3 332-388 aa PF13041 PPR_2 344-390 aa PF01535 PPR 347-376 aa PF01535 PPR 382-410 aa PF13812 PPR_3 434-460 aa PF01535 PPR 454-483 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804996.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 265 295 7.8e-19 67.8 PPR repeat
XP_057804996.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 266 314 9.4e-38 128.8 PPR repeat family
XP_057804996.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 272 298 1.2e-21 76.0 PPR repeat
XP_057804996.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 332 388 1.6e-16 60.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057804996.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 344 390 9.4e-38 128.8 PPR repeat family
XP_057804996.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 347 376 1.2e-21 76.0 PPR repeat
XP_057804996.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 382 410 1.2e-21 76.0 PPR repeat
XP_057804996.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 434 460 1.6e-16 60.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057804996.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 454 483 1.2e-21 76.0 PPR repeat
XP_057804997.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 265 295 7.8e-19 67.8 PPR repeat
XP_057804997.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 266 314 9.4e-38 128.8 PPR repeat family
XP_057804997.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 272 298 1.2e-21 76.0 PPR repeat
XP_057804997.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 332 388 1.6e-16 60.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057804997.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 344 390 9.4e-38 128.8 PPR repeat family
XP_057804997.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 347 376 1.2e-21 76.0 PPR repeat
XP_057804997.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 382 410 1.2e-21 76.0 PPR repeat
XP_057804997.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 434 460 1.6e-16 60.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057804997.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 454 483 1.2e-21 76.0 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949013.1
AAAGTGGGATCCTCTCCTTAGTTCGCTGCTGCTCATTGCAGCTGATCACTGGTCTTCTTCCCACCCCTAAAACCCAAAGCCCTCCTCTCTTTTTCACACACTTCACACACTGAAAATGCGGAAGTTCACCATTCCGCTCTCGCCATTGCACCTGCGCAAACTGCTCCTCCTCCGCTGCTTCTCCGCCTCCCCCGATTCCCTCACCCACCACCCCCTCCCCGCCCCTCGATGTCCACCGCCGTCCCCGCCACTTCACCGTC...
XM_057949014.1
CTTAGTTCGCTGCTGCTCATTGCAGCTGATCACTGGTCTTCTTCCCACCCCTAAAACCCAAAGCCCTCCTCTCTTTTTCACACACTTCACACACTGAAAATGCGGAAGTTCACCATTCCGCTCTCGCCATTGCACCTGCGCAAACTGCTCCTCCTCCGCTGCTTCTCCGCCTCCCCCGATTCCCTCACCCACCACCCCCTCCCCGCCCCTCGATGTCCACCGCCGTCCCCGCCACTTCACCGTCCACAATTTCTCTCTTC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131020289
ATGCGGAAGTTCACCATTCCGCTCTCGCCATTGCACCTGCGCAAACTGCTCCTCCTCCGCTGCTTCTCCGCCTCCCCCGATTCCCTCACCCACCACCCCCTCCCCGCCCCTCGATGTCCACCGCCGTCCCCGCCACTTCACCGTCCACAATTTCTCTCTTCCAACGCCTTCTCCGCCGGCCGACGCCAGTGGTTGTCCATCAGAAATTTCTCCTCACAAACAGACGACCCACCCGCAGCAGCAAATCCTCTCAAACAAAA...
LOC131020289
ATGCGGAAGTTCACCATTCCGCTCTCGCCATTGCACCTGCGCAAACTGCTCCTCCTCCGCTGCTTCTCCGCCTCCCCCGATTCCCTCACCCACCACCCCCTCCCCGCCCCTCGATGTCCACCGCCGTCCCCGCCACTTCACCGTCCACAATTTCTCTCTTCCAACGCCTTCTCCGCCGGCCGACGCCAGTGGTTGTCCATCAGAAATTTCTCCTCACAAACAGACGACCCACCCGCAGCAGCAAATCCTCTCAAACAAAA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057804996.1
MRKFTIPLSPLHLRKLLLLRCFSASPDSLTHHPLPAPRCPPPSPPLHRPQFLSSNAFSAGRRQWLSIRNFSSQTDDPPAAANPLKQNPENPGDHEDSVVKLFSDELQKNPDAEPLPLQKRLDLSFSHVQISPAVLLSTLNMSPDAGRMALDFLKWAKSRPGFEPTDEVYSYFVDYFGRRKDFKATHEVLVDGLGVAGVKSFESLVDRMVRAGRPSQTVALFERMEKDYGFARNMDSLKQIVSGLCHHGFASYAEKMVKGL...
XP_057804997.1
MRKFTIPLSPLHLRKLLLLRCFSASPDSLTHHPLPAPRCPPPSPPLHRPQFLSSNAFSAGRRQWLSIRNFSSQTDDPPAAANPLKQNPENPGDHEDSVVKLFSDELQKNPDAEPLPLQKRLDLSFSHVQISPAVLLSTLNMSPDAGRMALDFLKWAKSRPGFEPTDEVYSYFVDYFGRRKDFKATHEVLVDGLGVAGVKSFESLVDRMVRAGRPSQTVALFERMEKDYGFARNMDSLKQIVSGLCHHGFASYAEKMVKGL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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