Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G003411`

染色体: Chr04 坐标: 50723693-50728267 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G003411`
名称	SmilChr04G003411
描述	psbP-like protein 1, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	50723693 - 50728267 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131020305`
GeneID	`131020305`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131020305`
原始查询	`SmilChr04G003411`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	psbP-like protein 1, chloroplastic
产物	psbP-like protein 1%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT3G55330` (PPL1) PsbP-like protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824699] identity=64.2; qcov=0.87; evalue=2.38e-93; confidence=high
Rice	`Os08g0347500` - identity=73.5; qcov=0.744; evalue=2.7e-93; confidence=high
GO	GO:0005509 (calcium ion binding); GO:0009523 (photosystem II); GO:0009654 (photosystem II oxygen evolving complex); GO:0015979 (photosynthesis); GO:0019898 (extrinsic component of membrane)
KEGG	smil00195 (Photosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01789 (PsbP)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131020305

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057805018.1`
2	Chloroplast thylakoid	类囊体	1.00000	`XP_057805018.1`
3	Chloroplast thylakoid membrane	类囊体膜	0.20000	`XP_057805018.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057805018.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057805018.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:50725164`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C55
`Chr4:50726204`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B135,C85
`Chr4:50728025`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805018.1

238 aa

119

238

PsbP

PF01789 PsbP 86-235 aa

XP_057805019.1

238 aa

119

238

PsbP

PF01789 PsbP 86-235 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057805018.1`	Pfam	`PF01789`	PsbP	Domain	86	235	4.9e-56	189.8	PsbP
`XP_057805019.1`	Pfam	`PF01789`	PsbP	Domain	86	235	4.9e-56	189.8	PsbP

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057949036.1
GTACATCTCAAAAATGAACATAGAATTTTGTAATGTAAAAAATTGGTTTGATTTATAAACAAGGAGCTGCAGCTATTTTGCAAAATACTAATAAATTTAAAATAGTTTTTATTTTGAGTAAAAAGGTGTTTTATGTCTTTCCACAGTCCAAAATTAGTGGATATGAATATGATATGATATAGGAGGGGAGGATGGAGATTTGGGTGATGTAGAAGTGGCCTTCAGATAAGCCGACGGTTTTTTTCCTTGTGGACACGTGT...

XM_057949035.1
ATGTCTTTCCACAGTCCAAAATTAGTGGATATGAATATGATATGATATAGGAGGGGAGGATGGAGATTTGGGTGATGTAGAAGTGGCCTTCAGATAAGCCGACGGTTTTTTTCCTTGTGGACACGTGTCAGACACCCCCTGCTTCGCCGGAAAACTCTCAACGACGGAGCTCTGCTGAAAGATAGTTTTTCCCTTCATAGTTTGAAGCAGATATGGTGTCTCTGCTTACATTGCCATCAATTCATCATGCGTGGCCAGGT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131020305
ATGGTGTCTCTGCTTACATTGCCATCAATTCATCATGCGTGGCCAGGTTCATCCACTCAGCTAGGTCTGTATAGGCACGGTCAGTTTCGAAGAAGTATTGCCTTTGTTGTGAGGTCTGAGCATTTGCCTTCAACTTCAGCTTCTCCATGCAAAGAAGATGGACCTGGAAGACGCCAACTCCTGGCCGTGGGGGTGACAGTTGCCCCTTGGTTATTCATGTCTCAGCAGGCAGCAACATTTGCTGCAGAAACAAAGAAAGG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057805018.1
MVSLLTLPSIHHAWPGSSTQLGLYRHGQFRRSIAFVVRSEHLPSTSASPCKEDGPGRRQLLAVGVTVAPWLFMSQQAATFAAETKKGFLPVTDKKDGYTFLYPFGWQEVVVEGQDKVFKDVIEPLESVSVNIIPTTKQDIRDFGPPQEVGETLIQKVLASPTQKTKLIEATEHDVEGKSYYTFEFIAKAPNYTRHALSTVCIGNGRFYTVTTGANERRWEKMKDRLKTVVDSFQIFNV

XP_057805019.1
MVSLLTLPSIHHAWPGSSTQLGLYRHGQFRRSIAFVVRSEHLPSTSASPCKEDGPGRRQLLAVGVTVAPWLFMSQQAATFAAETKKGFLPVTDKKDGYTFLYPFGWQEVVVEGQDKVFKDVIEPLESVSVNIIPTTKQDIRDFGPPQEVGETLIQKVLASPTQKTKLIEATEHDVEGKSYYTFEFIAKAPNYTRHALSTVCIGNGRFYTVTTGANERRWEKMKDRLKTVVDSFQIFNV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器