Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G003418`

染色体: Chr04 坐标: 50775936-50778821 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G003418`
名称	SmilChr04G003418
描述	protein transport protein sec31-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	50775936 - 50778821 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131020288`
GeneID	`131020288`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131020288`
原始查询	`SmilChr04G003418`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein transport protein sec31-like
产物	protein transport protein sec31-like
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131020288

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057804992.1`
2	Nucleoplasm	核质	0.60000	`XP_057804992.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057804992.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057804992.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057804992.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:50777172`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B100,B28,C32,C68
`Chr4:50777362`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C50
`Chr4:50777446`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A3,B46,B70,D2
`Chr4:50777538`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B36,C11,C69
`Chr4:50777979`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B2,C76
`Chr4:50778264`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C26
`Chr4:50778471`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C38
`Chr4:50778761`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	103	A1,A10,A14,A16,A18,A21,A22,A23,A25,A3,A5,A6,A9,B1,B102,B103,B111,B118,B119,B12,B121,B124,B126,B127,B128,B129,B132,B133,B134,B139,B16,B21,B22,B26,B27,B29,B34,B36,B38,B39,B41,B42,B43,B45,B46,B48,B53,B55,B56,B60,B64,B66,B67,B7,B70,B75,B76,B77,B78,B79,B81,B84,B85,B89,B96,B97,B98,C10,C12,C14,C15,C16,C17,C18,C26,C33,C34,C39,C42,C43,C44,C52,C55,C57,C6,C60,C64,C66,C67,C71,C72,C79,C84,C86,D1,D10,D11,D2,D3,D4,D5,D7,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA

XM_057949012.1
AAAGGGAGAAATAGAGAATGAACCTTTAGAATCAAATTAACTGTAAAACGCATTAGATAGAGAAGCTACTTCCATTAGGGTTTTCAGCTCTCCCTTTTGCTTCATTGCATCGGATTCTCCTTCGATATTTCGACTCTTCTTCTCTCAGAATTTCAGCGAGTTTGCCTCCCCCATAACTCTTTGGTGCAGGGATGCATGGTCAAGGGAATTACAATATTCAGGTGCGGCAGGATCCTTATGCACGCCCTCCTGCATTTCAG...

XM_057949011.1
AAAGGGAGAAATAGAGAATGAACCTTTAGAATCAAATTAACTGTAAAACGCATTAGATAGAGAAGCTACTTCCATTAGGGTTTTCAGCTCTCCCTTTTGCTTCATTGCATCGGATTCTCCTTCGATATTTCGACTCTTCTTCTCTCAGAATTTCAGCGAGTTTGCCTCCCCCATAACTCGGATGCATGGTCAAGGGAATTACAATATTCAGGTGCGGCAGGATCCTTATGCACGCCCTCCTGCATTTCAGCAACACCCTG...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA

LOC131020288
ATGCATGGTCAAGGGAATTACAATATTCAGGTGCGGCAGGATCCTTATGCACGCCCTCCTGCATTTCAGCAACACCCTGCAACCACTGCTCCTCCTACGTCCCATTATGGCCCACTCCCTCCACAACCACAAGTTATTCAACAGGGGCACCCATCTTTTCATCCAAGACCTGGTGCTGTTGCGTATCAGCATGTCATGACAAGTGTTCTACACCATGGTCGACCTGCTCCAGTTATGTCAGGTGGAATGAGTTCTGCTCA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA

XP_057804992.1
MHGQGNYNIQVRQDPYARPPAFQQHPATTAPPTSHYGPLPPQPQVIQQGHPSFHPRPGAVAYQHVMTSVLHHGRPAPVMSGGMSSAQSYAHHPRPLQISNQISHSYPTIEQQLLPWSQNIHQLPPPPPPPPLQGQSAYQLPSSQGHTLERGHPSHAPPPPPPPYSSSSNVSTSDPCGSSVIPMPENSYQQSMAPVLPPPPPPPLPPSPPRVPPLPPSSPSSDILSMKEENQSWKGLPDEENLELECSPPGKPMHDRSVHV...

XP_057804993.1
MHGQGNYNIQVRQDPYARPPAFQQHPATTAPPTSHYGPLPPQPQVIQQGHPSFHPRPGAVAYQHVMTSVLHHGRPAPVMSGGMSSAQSYAHHPRPLQISNQISHSYPTIEQQLLPWSQNIHQLPPPPPPPPLQGQSAYQLPSSQGHTLERGHPSHAPPPPPPPYSSSSNVSTSDPCGSSVIPMPENSYQQSMAPVLPPPPPPPLPPSPPRVPPLPPSSPSSDILSMKEENQSWKGLPDEENLELECSPPGKPMHDRSVHV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器