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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003423

染色体: Chr04 坐标: 50817578-50820576 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003423
名称SmilChr04G003423
描述65-kDa microtubule-associated protein 2-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向50817578 - 50820576 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020311
GeneID131020311
locus_tag-
NCBI NameLOC131020311
原始查询SmilChr04G003423

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述65-kDa microtubule-associated protein 2-like
产物65-kDa microtubule-associated protein 2-like
ArabidopsisAT4G26760 (MAP65-2)
microtubule-associated protein 65-2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828783]
identity=40.2; qcov=0.667; evalue=3.61e-13; confidence=low
RiceOs01g0685900 (P0478H03.31-1)
-
identity=47.1; qcov=0.553; evalue=8.75e-15; confidence=low
GOGO:0000226 (microtubule cytoskeleton organization); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005819 (spindle); GO:0008017 (microtubule binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020311

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057805029.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057805029.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057805029.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057805029.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057805029.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:50818196 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A10,A8,B53,C39
Chr4:50818242 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B2,B99,C12,C51,C74
Chr4:50818248 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A5,B17,C57,D9
Chr4:50818253 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 30 A10,A13,A6,A7,B122,B135,B137,B15,B16,B27,B3,B45,B53,B65,B67,B81,B84,B97,C10,C16,C24,C42,C44,C54,C71,C77,C80,C81,C86,D5
Chr4:50818262 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A13
Chr4:50818267 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr4:50819383 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C11
Chr4:50819383 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C11
Chr4:50819471 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr4:50819473 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B72
Chr4:50819477 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,B131,C12
Chr4:50819478 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B131,B70,C80,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

11 records

下载 cDNA FASTA
XR_009100668.1
CAGACCTTAACCTCCACGGAACTCAACCCATCTAATTCAATTAATCTGATTCAAGGAAGAGTATCAATTTTTAGCTTCGTCTTCAGGATGAACGCCTACAGCAGCTGCTTCACCTATTGAATATCGTGAATGCTATGTGCTTGGTGCTTGGGATGGACTTCAAATCAACAATTTGCAGTGTGCATCCGTCTCTGGACAATGCATGTGAAAGAAAAAGTATAAGTGCAGATACAATTCAAGGTTTATCTGCTATGATATGT...
XR_009100664.1
CAGACCTTAACCTCCACGGAACTCAACCCATCTAATTCAATTAATCTGATTCAAGGAAGAGTATCAATTTTTAGCTTCGTCTTCAGGAATCATGTCTCTTGCACGGCCTCATCGGCCATTGATGGTCATTTCCGAAGTGATGAGAGTAACACTGGTTCAGTATACCTCGCCCAGCGTTATAACAGTAAAATGATTGGAAGCATATAGATCCCATTGTTTCTTGGAGCCCTCTGCTGCAACTGGGAGTTGACACAAACTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020311
ATGTCTCTTGCACGGCCTCATCGGCCATTGATGGTCATTTCCGAAGTGATGGATGAACGCCTACAGCAGCTGCTTCACCTATTGAATATCGTGAATGCTATGTGCTTGGTGCTTGGGATGGACTTCAAATCAACAATTTGCAGTGTGCATCCGTCTCTGGACAATGCATGTGAAAGAAAAAGTATAAGTGCAGATACAATTCAAGGTTTATCTGCTATGATATGTACGCTTAAGAATGTTAAGTTACAGCGCATGCAAAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057805029.1
MSLARPHRPLMVISEVMDERLQQLLHLLNIVNAMCLVLGMDFKSTICSVHPSLDNACERKSISADTIQGLSAMICTLKNVKLQRMQTDGKLNSLEDKQVNYFFSTEYYKSLLYDFALQVTSPN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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