当前解析结果
SmilChr04G003456| 统一新 Gene ID | SmilChr04G003456 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G003456 |
| 描述 | UDP-glycosyltransferase 83A1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 51049952 - 51055371 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131020349 |
|---|---|
| GeneID | 131020349 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131020349 |
| 原始查询 | SmilChr04G003456 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | UDP-glycosyltransferase 83A1-like |
| 产物 | UDP-glycosyltransferase 83A1-like |
| Arabidopsis | AT3G02100 (AT3G02100)UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820287] identity=41.2; qcov=0.994; evalue=5.31e-116; confidence=medium |
| Rice | Os03g0757200- identity=41.2; qcov=0.983; evalue=4.57e-119; confidence=medium |
| GO | GO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00201 (UDPGT); PF26168 (Glyco_transf_N) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131020349 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057805088.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057805088.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057805088.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057805088.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057805088.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:51050207 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C15 |
Chr4:51050294 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B31,C2,C56 |
Chr4:51050334 |
CT |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 22 | A11,A20,B122,B126,B135,B136,B18,B33,B38,B39,B58,B62,B69,B80,B95,C13,C30,C38,C6,C71,C80,C86 |
Chr4:51050390 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr4:51050401 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B33,B4,C19,C71 |
Chr4:51050429 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B31,C2,C56 |
Chr4:51050461 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C73 |
Chr4:51050500 |
G |
GC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 47 | A11,A21,A22,A24,A25,A5,B107,B115,B117,B12,B120,B123,B132,B14,B2,B29,B34,B36,B63,B65,B67,B68,B74,B80,B89,C10,C17,C24,C28,C32,C33,C36,C41,C47,C5,C61,C68,C7,C76,C79,C84,C85,D1,D2,D3,D8,D9 |
Chr4:51050588 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B9,B91,C73,C77 |
Chr4:51050622 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C43 |
Chr4:51050682 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 9 | B104,B26,B41,B47,B48,B59,B60,B76,C16 |
Chr4:51054699 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A15,B107,B117,B140 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057805088.1PF26168
Glyco_transf_N 15-50 aa
PF00201
UDPGT 278-441 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057805088.1 |
Pfam | PF26168 |
Glyco_transf_N | Domain | 15 | 50 | 8.9e-09 | 36.3 | Glycosyltransferase, N-terminal domain |
XP_057805088.1 |
Pfam | PF00201 |
UDPGT | Family | 278 | 441 | 1.4e-21 | 77.6 | UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。