当前解析结果
SmilChr04G003457| 统一新 Gene ID | SmilChr04G003457 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G003457 |
| 描述 | UDP-glycosyltransferase 83A1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 51056587 - 51058174 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131020350 |
|---|---|
| GeneID | 131020350 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131020350 |
| 原始查询 | SmilChr04G003457 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | UDP-glycosyltransferase 83A1-like |
| 产物 | UDP-glycosyltransferase 83A1-like |
| Arabidopsis | AT3G02100 (AT3G02100)UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820287] identity=33.1; qcov=1.01; evalue=1.3e-84; confidence=low |
| Rice | Os03g0757200- identity=35.7; qcov=0.981; evalue=2.86e-93; confidence=medium |
| GO | GO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00201 (UDPGT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131020350 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057805089.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057805089.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057805089.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057805089.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057805089.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:51056741 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B13,B130,B140,B43 |
Chr4:51056767 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B108,B81,C79 |
Chr4:51056777 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B110,B122,C23,C71,D4 |
Chr4:51056823 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B110,B35,C71,D4 |
Chr4:51056898 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B122,C32,C68 |
Chr4:51056958 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B22,B41,C48,C55 |
Chr4:51056968 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A25,B47 |
Chr4:51057081 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 63 | A14,A19,A21,A24,A5,A7,B100,B102,B106,B111,B112,B119,B12,B122,B123,B13,B139,B14,B15,B16,B18,B24,B29,B32,B33,B38,B40,B5,B50,B52,B56,B57,B62,B76,B8,B86,B9,C1,C12,C22,C25,C34,C37,C4,C44,C46,C49,C51,C54,C57,C6,C60,C63,C64,C66,C7,C70,C72,C73,C76,C83,C86,D1 |
Chr4:51057101 |
G |
GA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 2 | B131,B136 |
Chr4:51057101 |
G |
GA |
1bp_insertion | CDS_variant | 2 | B131,B136 |
Chr4:51057242 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C22 |
Chr4:51057242 |
TG |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C22 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057805089.1PF00201
UDPGT 258-431 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057805089.1 |
Pfam | PF00201 |
UDPGT | Family | 258 | 431 | 1.4e-25 | 90.8 | UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。