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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003465

染色体: Chr04 坐标: 51136920-51144915 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003465
名称SmilChr04G003465
描述uncharacterized SmilChr04G003465
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向51136920 - 51144915 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020357
GeneID131020357
locus_tag-
NCBI NameLOC131020357
原始查询SmilChr04G003465

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述zinc ion-binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836233]; symbol=AT5G61120; hit=AT5G61120; species=arabidopsis; confidence=low
产物zinc ion-binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836233]; symbol=AT5G61120; hit=AT5G61120; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT5G61120 (AT5G61120)
zinc ion-binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836233]
identity=27.5; qcov=0.773; evalue=2.34e-25; confidence=low
RiceOs03g0213600
-
identity=33.3; qcov=0.281; evalue=7.4e-17; confidence=weak
GO-
KEGG-
PfamPF23121 (SPOC_AIPP2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020357

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057805096.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057805096.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057805096.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057805096.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057805096.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:51140083 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B9,C77
Chr4:51141288 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C65
Chr4:51141288 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 C65
Chr4:51142674 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B70
Chr4:51144335 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C15
Chr4:51144620 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B119,B69
Chr4:51144671 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C20

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805096.1
552 aa
N
1
276
552
SPOC_AIPP2
C
PF23121 SPOC_AIPP2 290-421 aa
XP_057805097.1
551 aa
N
1
276
551
SPOC_AIPP2
C
PF23121 SPOC_AIPP2 289-420 aa
XP_057805098.1
546 aa
N
1
273
546
SPOC_AIPP2
C
PF23121 SPOC_AIPP2 284-415 aa
XP_057805099.1
545 aa
N
1
272
545
SPOC_AIPP2
C
PF23121 SPOC_AIPP2 283-414 aa
XP_057805100.1
528 aa
N
1
264
528
SPOC_AIPP2
C
PF23121 SPOC_AIPP2 266-397 aa
XP_057805101.1
527 aa
N
1
264
527
SPOC_AIPP2
C
PF23121 SPOC_AIPP2 265-396 aa
XP_057805102.1
521 aa
N
1
260
521
SPOC_AIPP2
C
PF23121 SPOC_AIPP2 259-390 aa
XP_057805103.1
518 aa
N
1
259
518
SPOC_AIPP2
C
PF23121 SPOC_AIPP2 256-387 aa
XP_057805104.1
513 aa
N
1
256
513
SPOC_AIPP2
C
PF23121 SPOC_AIPP2 251-382 aa
XP_057805105.1
512 aa
N
1
256
512
SPOC_AIPP2
C
PF23121 SPOC_AIPP2 250-381 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057805096.1 Pfam PF23121 SPOC_AIPP2 Domain 290 421 1e-42 146.2 AIPP2, SPOC-like domain
XP_057805097.1 Pfam PF23121 SPOC_AIPP2 Domain 289 420 1e-42 146.2 AIPP2, SPOC-like domain
XP_057805098.1 Pfam PF23121 SPOC_AIPP2 Domain 284 415 9.8e-43 146.2 AIPP2, SPOC-like domain
XP_057805099.1 Pfam PF23121 SPOC_AIPP2 Domain 283 414 9.8e-43 146.2 AIPP2, SPOC-like domain
XP_057805100.1 Pfam PF23121 SPOC_AIPP2 Domain 266 397 9.4e-43 146.3 AIPP2, SPOC-like domain
XP_057805101.1 Pfam PF23121 SPOC_AIPP2 Domain 265 396 9.4e-43 146.3 AIPP2, SPOC-like domain
XP_057805102.1 Pfam PF23121 SPOC_AIPP2 Domain 259 390 9.2e-43 146.3 AIPP2, SPOC-like domain
XP_057805103.1 Pfam PF23121 SPOC_AIPP2 Domain 256 387 9e-43 146.3 AIPP2, SPOC-like domain
XP_057805104.1 Pfam PF23121 SPOC_AIPP2 Domain 251 382 8.9e-43 146.3 AIPP2, SPOC-like domain
XP_057805105.1 Pfam PF23121 SPOC_AIPP2 Domain 250 381 8.8e-43 146.3 AIPP2, SPOC-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

10 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949115.1
GACTGTAGGACCTCCCTCTCCCCCACGTCTCGTCTCTTTCCACTCACACACAACATACACCCACCTGCCTCTCTCTCTCTCTCACACTCACACTCACACTCACACTCACACTCACAGTAGTAGAGTTTTCGAGTAAAAGAGCCACTCCCCCGACACATTCTTGCTTCCAGGCCCACCACATGGAGTGTTGTGATATCTGTGGTGATGTTGGGGTTGCTGACGCATTAATAAATTGCAGCCTATGTAAAAGAAATACTGAG...
XM_057949119.1
GACTGTAGGACCTCCCTCTCCCCCACGTCTCGTCTCTTTCCACTCACACACAACATACACCCACCTGCCTCTCTCTCTCTCTCACACTCACACTCACACTCACACTCACACTCACAGTAGTAGAGTTTTCGAGTAAAAGAGCCACTCCCCCGACACATTCTTGCTTCCAGGCCCACCACATGGAGTGTTGTGATATCTGTGGTGATGTTGGGGTTGCTGACGCATTAATAAATTGCAGCCTATGTAAAAGAAATACTGAG...

CDS

10 records

下载 CDS FASTA
LOC131020357
ATGGAGTGTTGTGATATCTGTGGTGATGTTGGGGTTGCTGACGCATTAATAAATTGCAGCCTATGTAAAAGAAATACTGAGCATATGTATTGCATGAGAATTCCTCTTGAGGAGCATGTCAATGACTGGCATTGTGAAGAGTGCTCTATGTCAAATTCACCCACATCTCGTCTCCTTGATGCGTCAAAAATTAACTCATCGGAAGTACGCAAAGGTGGTGAGCTGCCTGCGGAGAGTAGAAAGTTACCAAATGAATCAAG...
LOC131020357
ATGGAGTGTTGTGATATCTGTGGTGATGTTGGGGTTGCTGACGCATTAATAAATTGCAGCCTATGTAAAAGAAATACTGAGCATATGTATTGCATGAGAATTCCTCTTGAGGAGCATGTCAATGACTGGCATTGTGAAGAGTGCTCTATGTCAAATTCACCCACATCTCGTCTCCTTGATGCGTCAAAAATTAACTCATCGGAAGTACGCAAAGGTGGTGAGCTGCCTGCGGAGAGTAGAAAGTTACCAAATGAATCAAG...

Protein

10 records

下载 Protein FASTA
XP_057805096.1
MRVSHLQECCDICGDVGVADALINCSLCKRNTEHMYCMRIPLEEHVNDWHCEECSMSNSPTSRLLDASKINSSEVRKGGELPAESRKLPNESRVGMGDWEKSVATGKTKYISVQEAIKLSSGEKLPFLSSSNPCLSKTPRRKSGMGKFDSTTRHRKIMPDFSSHQNLASGPSWPTMPRKPANLEIRKKQKLQQSKITAGFGSPNSLQPSEALKDAHLVKEQLSKVQLPVTTRSVKQSSLPSVNTSPVSISGGDGRNNAID...
XP_057805097.1
MRVSHLQECCDICGDVGVADALINCSLCKRNTEHMYCMRIPLEEHVNDWHCEECSMSNSPTSRLLDASKINSSEVRKGGELPAESRKLPNESRVGMGDWEKSVATGKTKYISVQEAIKLSSGEKLPFLSSSNPCLSKTPRRKSGMGKFDSTTRHRKIMPDFSSHQNLASGPSWPTMPRKPANLEIRKKQKLQQSKITGFGSPNSLQPSEALKDAHLVKEQLSKVQLPVTTRSVKQSSLPSVNTSPVSISGGDGRNNAIDR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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