Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G003471`

染色体: Chr04 坐标: 51173706-51178967 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G003471`
名称	SmilChr04G003471
描述	histone deacetylase 5
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	51173706 - 51178967 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131020364`
GeneID	`131020364`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131020364`
原始查询	`SmilChr04G003471`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	histone deacetylase 5
产物	histone deacetylase 5
Arabidopsis	`AT5G61060` (HDA05) histone deacetylase 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836227] identity=62.6; qcov=0.967; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os07g0602200` - identity=55.3; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0000118 (histone deacetylase complex); GO:0004407 (histone deacetylase activity); GO:0006325 (chromatin organization); GO:0016575 (GO:0016575)
KEGG	-
Pfam	PF00850 (Hist_deacetyl)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131020364

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057805113.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057805113.1`
3	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057805113.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057805113.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057805113.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:51174184`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B33
`Chr4:51175569`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B85
`Chr4:51177738`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B108
`Chr4:51178001`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A3,B46,B70,D10
`Chr4:51178467`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B9,C77
`Chr4:51178610`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A15,B91,C21
`Chr4:51178646`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B20
`Chr4:51178681`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805113.1

663 aa

332

663

Hist_deacetyl

PF00850 Hist_deacetyl 44-345 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057805113.1`	Pfam	`PF00850`	Hist_deacetyl	Domain	44	345	1.5e-94	317.4	Histone deacetylase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057949130.1
AGTAGATTTCACAATATTTTGACTGATCTCGTCCCTTTTCTCAAATTTTTGGCCCTCCCCCTAAAAAATTAAAATAAAATAAATAACGCCAAATCAAAAAAGGGAGGTCGCGAACTCATAAAAAGAAGAAAAGAGATTAGTAGTTCATTTTGAGTGGAAAAGGGGGGAAAATTACAAATCGTTTCAGTTCCTTCCAAGATTCATTCACTGTTTTCTTGGGAGAAAGGATTCTCACTTCCTCTTTCTCTCCCGTCTGTACT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131020364
ATGGAGTCAAATGGTGAAATTGAGAGCCCGTTGAGCAGAAGCAACGATGGTGTTAGCGGTAAAGATCCGCGGGTGGGTCTGATATTTGATGAGCGGATGTGTAAACACTACGCCCCTGCTGAAGAGGATCATCCTGAAAGCCCTGATCGGATTCGGGTCATCTGGGACCTCCTCAATTCTTCTGGCCTCGCCAAAAGATGCATTCTTTTGAAGGCCAAGGATGCAGAAGATAATCATTTAGCATTGGTTCACACCAAAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057805113.1
MESNGEIESPLSRSNDGVSGKDPRVGLIFDERMCKHYAPAEEDHPESPDRIRVIWDLLNSSGLAKRCILLKAKDAEDNHLALVHTKNHISLIKSISSGNSGSKRKRIAAKFNSIYFNEGSTEAACLAAGSVIEAAEKVAIGEIDSAFAIVRPPGHHAEEGEPMGFCLYNNVAIATSYLLNERRDLGIKKILIVDWDVHHGNGTQKMFYKDPRVLFFSVHRYDFGTFYPSGHDGSYIMTGEGPGAGHNINVPWEHGQCGDA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器