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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G003481`

染色体: Chr04 坐标: 51252682-51253587 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G003481`
名称	SmilChr04G003481
描述	putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g13770, mitochondrial
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	51252682 - 51253587 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023579`
GeneID	`131023579`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023579`
原始查询	`SmilChr04G003481`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g13770, mitochondrial
产物	putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g13770%2C mitochondrial
Arabidopsis	`AT3G13770` (AT3G13770) Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820586] identity=33.8; qcov=0.882; evalue=8.41e-28; confidence=low
Rice	`Os11g0482400` - identity=28.8; qcov=0.837; evalue=5.42e-24; confidence=low
GO	GO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG	-
Pfam	PF01535 (PPR)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023579

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057809106.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057809106.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057809106.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057809106.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057809106.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:51252693`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B15,B24,B84,C4,C7
`Chr4:51252696`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B67,C4
`Chr4:51252699`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B5,D8
`Chr4:51252717`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B73,C45
`Chr4:51252718`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B67,C4
`Chr4:51252724`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B115,B77
`Chr4:51252724`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B115,B77
`Chr4:51252739`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A1
`Chr4:51252748`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B69,C16
`Chr4:51252750`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A1
`Chr4:51252755`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C16
`Chr4:51252809`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C16

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809106.1

245 aa

122

245

PPR

PF01535 PPR 40-66 aa PF01535 PPR 70-97 aa PF01535 PPR 152-182 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057809106.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	40	66	7.1e-16	58.0	PPR repeat
`XP_057809106.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	70	97	7.1e-16	58.0	PPR repeat
`XP_057809106.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	152	182	7.1e-16	58.0	PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057953123.1
ATGACGCTACAAAATCTTGGTTTGTTTCTCCACCATTGCGCCAAAGCCAAGGCATTAAGTCGTGGGGTTTCGCTCCACGCTGCAGCTATCAAGACAGGAAGACTAGCAGAAACCTCCATGTGCAATCACATTCTCAATTTCTACGCCAAATGTGGACTTCTTCACCTGGCCCACCAGGTGTTCGACGAAATGCCGCACAGATATTTGGTTACCTGGTCCGCCTTGATATCTGGCTATAACCTTTGGGATACCCCCCACAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023579
ATGACGCTACAAAATCTTGGTTTGTTTCTCCACCATTGCGCCAAAGCCAAGGCATTAAGTCGTGGGGTTTCGCTCCACGCTGCAGCTATCAAGACAGGAAGACTAGCAGAAACCTCCATGTGCAATCACATTCTCAATTTCTACGCCAAATGTGGACTTCTTCACCTGGCCCACCAGGTGTTCGACGAAATGCCGCACAGATATTTGGTTACCTGGTCCGCCTTGATATCTGGCTATAACCTTTGGGATACCCCCCACAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057809106.1
MTLQNLGLFLHHCAKAKALSRGVSLHAAAIKTGRLAETSMCNHILNFYAKCGLLHLAHQVFDEMPHRYLVTWSALISGYNLWDTPHKALQLFSEMHKHFKPNDSVFSSALSSCARSRDLNLGQQIHALAFKLSYCSMHYPFCDSSFVQPTLVSYNIAITGLVESKLQEKGMELFVELLRRGLLPDRLTFAGLLGAGETFVSRIRQGVQVYWRKRCCFMDRRAAAIFLEEWGWEAVDRRAEEEEEA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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