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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003493

染色体: Chr04 坐标: 51362389-51364878 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003493
名称SmilChr04G003493
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g61400
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向51362389 - 51364878 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020384
GeneID131020384
locus_tag-
NCBI NameLOC131020384
原始查询SmilChr04G003493

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g61400
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At5g61400
ArabidopsisAT5G61400 (AT5G61400)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836261]
identity=42.6; qcov=0.916; evalue=1.75e-168; confidence=medium
RiceOs09g0417500
-
identity=39.8; qcov=0.753; evalue=1.08e-123; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020384

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057805135.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057805135.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057805135.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057805135.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057805135.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:51362882 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B22,C80
Chr4:51362969 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr4:51362977 TGA T 2bp_deletion frameshift_variant 1 B3
Chr4:51362977 TGA T 2bp_deletion CDS_variant 1 B3
Chr4:51363045 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B10,B75,C73,C74
Chr4:51363292 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27
Chr4:51364567 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 3 C11,C69,C84
Chr4:51364567 G GC 1bp_insertion CDS_variant 3 C11,C69,C84

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805135.1
653 aa
N
1
326
653
PPR
PPR_3
PPR
PPR_2
PPR_long
PPR_1
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR
PPR_2
PPR_long
PPR_1
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
TPR_24
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR_1
PPR
PPR_3
C
PF01535 PPR 134-158 aa PF13812 PPR_3 164-208 aa PF01535 PPR 166-194 aa PF13041 PPR_2 166-210 aa PF17177 PPR_long 184-318 aa PF12854 PPR_1 192-225 aa PF01535 PPR 199-229 aa PF13041 PPR_2 203-244 aa PF13812 PPR_3 220-280 aa PF12854 PPR_1 227-260 aa PF13041 PPR_2 231-280 aa PF01535 PPR 234-263 aa PF01535 PPR 269-299 aa PF13041 PPR_2 271-315 aa PF17177 PPR_long 282-389 aa PF12854 PPR_1 298-319 aa PF01535 PPR 304-333 aa PF13812 PPR_3 329-383 aa PF12854 PPR_1 333-365 aa PF13041 PPR_2 336-384 aa PF01535 PPR 340-369 aa PF23276 TPR_24 340-430 aa PF12854 PPR_1 368-399 aa PF13041 PPR_2 371-409 aa PF01535 PPR 374-404 aa PF13812 PPR_3 395-453 aa PF12854 PPR_1 403-434 aa PF13041 PPR_2 407-455 aa PF01535 PPR 409-439 aa PF12854 PPR_1 437-469 aa PF13041 PPR_2 441-487 aa PF01535 PPR 444-473 aa PF13812 PPR_3 467-516 aa PF12854 PPR_1 472-504 aa PF13041 PPR_2 476-525 aa PF01535 PPR 479-509 aa PF12854 PPR_1 508-536 aa PF12854 PPR_1 551-582 aa PF01535 PPR 556-586 aa PF13812 PPR_3 578-630 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057805135.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 134 158 4.2e-87 281.2 PPR repeat
XP_057805135.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 164 208 1e-59 199.2 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057805135.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 166 194 4.2e-87 281.2 PPR repeat
XP_057805135.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 166 210 1.3e-121 397.3 PPR repeat family
XP_057805135.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 184 318 1.9e-28 100.0 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057805135.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 192 225 2.8e-103 338.0 PPR repeat
XP_057805135.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 199 229 4.2e-87 281.2 PPR repeat
XP_057805135.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 203 244 1.3e-121 397.3 PPR repeat family
XP_057805135.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 220 280 1e-59 199.2 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057805135.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 227 260 2.8e-103 338.0 PPR repeat
XP_057805135.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 231 280 1.3e-121 397.3 PPR repeat family
XP_057805135.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 234 263 4.2e-87 281.2 PPR repeat
XP_057805135.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 269 299 4.2e-87 281.2 PPR repeat
XP_057805135.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 271 315 1.3e-121 397.3 PPR repeat family
XP_057805135.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 282 389 1.9e-28 100.0 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057805135.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 298 319 2.8e-103 338.0 PPR repeat
XP_057805135.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 304 333 4.2e-87 281.2 PPR repeat
XP_057805135.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 329 383 1e-59 199.2 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057805135.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 333 365 2.8e-103 338.0 PPR repeat
XP_057805135.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 336 384 1.3e-121 397.3 PPR repeat family
XP_057805135.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 340 369 4.2e-87 281.2 PPR repeat
XP_057805135.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 340 430 9.5e-20 71.6 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057805135.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 368 399 2.8e-103 338.0 PPR repeat
XP_057805135.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 371 409 1.3e-121 397.3 PPR repeat family
XP_057805135.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 374 404 4.2e-87 281.2 PPR repeat
XP_057805135.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 395 453 1e-59 199.2 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057805135.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 403 434 2.8e-103 338.0 PPR repeat
XP_057805135.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 407 455 1.3e-121 397.3 PPR repeat family
XP_057805135.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 409 439 4.2e-87 281.2 PPR repeat
XP_057805135.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 437 469 2.8e-103 338.0 PPR repeat
XP_057805135.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 441 487 1.3e-121 397.3 PPR repeat family
XP_057805135.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 444 473 4.2e-87 281.2 PPR repeat
XP_057805135.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 467 516 1e-59 199.2 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057805135.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 472 504 2.8e-103 338.0 PPR repeat
XP_057805135.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 476 525 1.3e-121 397.3 PPR repeat family
XP_057805135.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 479 509 4.2e-87 281.2 PPR repeat
XP_057805135.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 508 536 2.8e-103 338.0 PPR repeat
XP_057805135.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 551 582 2.8e-103 338.0 PPR repeat
XP_057805135.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 556 586 4.2e-87 281.2 PPR repeat
XP_057805135.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 578 630 1e-59 199.2 Pentatricopeptide repeat domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949152.1
TCTCCAATTCGGACCAAAGTTCATTCTCTCAAGCATTTCCTCAAGGAAATCCCATTCCACCGTAGGTCGAGGCTAGTCTAAATGTAGTTATCACTGAATGTTGAGCTTAATCAGTGGACCTCTACGACATTAATGGAGATGAATTCCCACTCCCCTCACACATTTCTGTAAAATTCGACCCACATTTATTCAAATTCATTCCGTAGCTGCTCGGAATTGTTTGACCTCTCACTCTTCTCGTTAATGGGAAACAACAACTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020384
ATGTTGAAAATTTTCCCTCCAAAAATCAAGCCTTTCTTCAACCAGAAGCCGTCAGCAGCGCTCCTATCCTCTTCCGCAACGCCGTCTTTAGCCGCAGAATCATCACCACCATCACCATATCTCGCAAATTTGGTCGCTACGATTCTCAGTTCCTCGACCCCAGAACAGGCGCTGAGGATCTTCAACTCGGCTTCGCGAAGCATAAACCCCGCGAAGACTCTGAAACTGCATTCGGCCATCGTGCATTTCCTAACCAGGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057805135.1
MLKIFPPKIKPFFNQKPSAALLSSSATPSLAAESSPPSPYLANLVATILSSSTPEQALRIFNSASRSINPAKTLKLHSAIVHFLTRKRLYVKARCLTEGLIETLRKTRKPHKVCWSIFNALSQIEPAGCDGNVFGVLINALCEKGLPDEGHWVYRKMGRLPPVQPCNALLNGILKTGRIEFMWEVFDDMVSNGLSPSEVTYGILIDACCHSGDTEKARLLFEEMVKRGLKPTVVIYTTLIRGLCAESKMPEAETIFMRMV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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