Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G003498`

染色体: Chr04 坐标: 51393355-51400340 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G003498`
名称	SmilChr04G003498
描述	uncharacterized SmilChr04G003498
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	51393355 - 51400340 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131020390`
GeneID	`131020390`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131020390`
原始查询	`SmilChr04G003498`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	DNAJ heat shock N-terminal domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838451]; symbol=AT1G18700; hit=AT1G18700; species=arabidopsis; confidence=high
产物	DNAJ heat shock N-terminal domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838451]; symbol=AT1G18700; hit=AT1G18700; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT1G18700` (AT1G18700) DNAJ heat shock N-terminal domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838451] identity=48.9; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os07g0632600` (P0519E12.120) - identity=47.6; qcov=0.999; evalue=0; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131020390

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057805141.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.80000	`XP_057805141.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057805141.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057805141.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057805141.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:51394054`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C27
`Chr4:51394859`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B114,B44
`Chr4:51395127`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B94
`Chr4:51395695`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	17	B111,B12,B120,B28,B33,B42,B43,B5,B91,B93,C21,C24,C4,C53,C58,C68,D10
`Chr4:51397169`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C40

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057949158.1
AATTGAATGGAAGGGAATCTGGTAATGAAAGATTCTGTAAATTATGTAGGGATGGGATGAGGGATCTCCACAAAATCATGGAGGTTTCAATTTGTGCTCTACTGTTAGTATAGAGTCAGACTAGTACAGCAACTACAAAAACAGTCTCTCATTTCTGAGATCAAGATTCTGGCATTCATGGCTACCCCAGGCCGGCCCAACAATCTACCCACAATATCTTTCATCAAAGCCTATTATATTCCCCTTCTACTCCTCGCCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131020390
ATGGCTACCCCAGGCCGGCCCAACAATCTACCCACAATATCTTTCATCAAAGCCTATTATATTCCCCTTCTACTCCTCGCCACCTCTATTTTCTTTCAGCTCGTTGTCTTGCCCCGCAGTTTTCCTCCATCTCACTACGATGTTTTGGGGATTCCCAAGTATAGCTCCATTGAAGAAGTCACTCGGGCCTACGAGAAGATCACCTCTAGATGGAACTCAAGCGTAACAGTTCCTCCAGAAGTCGATCTTATCAAGGTTCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057805141.1
MATPGRPNNLPTISFIKAYYIPLLLLATSIFFQLVVLPRSFPPSHYDVLGIPKYSSIEEVTRAYEKITSRWNSSVTVPPEVDLIKVQYAYELLTNQLLKRDYDIFNIDEYIDVIQKVKEHNSGKHISEIDLPLIEAASFDPVDQDLEVINSENFLSIFEDDKPLLLQIISTGSKRSLEFSAAWKRIVNLLDGVANTGVVELGDVKLAAYLADKKSSGQPFFRNGFPAILGFAPGCKSASCLYRYEDELSVDAITNWLATS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器