Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003499

染色体: Chr04 坐标: 51410634-51412683 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003499
名称SmilChr04G003499
描述uncharacterized SmilChr04G003499
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向51410634 - 51412683 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020391
GeneID131020391
locus_tag-
NCBI NameLOC131020391
原始查询SmilChr04G003499

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3768859]; symbol=MUG7; hit=AT3G05850; species=arabidopsis; confidence=low
产物MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3768859]; symbol=MUG7; hit=AT3G05850; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT3G05850 (MUG7)
MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3768859]
identity=25.8; qcov=0.958; evalue=4.99e-56; confidence=low
RiceOs12g0597300
-
identity=26.6; qcov=0.948; evalue=5.76e-56; confidence=low
GOGO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG-
PfamPF00872 (Transposase_mut); PF04434 (SWIM); PF10551 (MULE)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020391

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057805142.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057805142.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057805142.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057805142.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057805142.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805142.1
598 aa
N
1
299
598
Transposase_mut
MULE
SWIM
C
PF00872 Transposase_mut 174-274 aa PF10551 MULE 175-269 aa PF04434 SWIM 418-448 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057805142.1 Pfam PF00872 Transposase_mut Family 174 274 1e-10 41.8 Transposase, Mutator family
XP_057805142.1 Pfam PF10551 MULE Domain 175 269 2.2e-20 73.5 MULE transposase domain
XP_057805142.1 Pfam PF04434 SWIM Domain 418 448 2.4e-07 30.9 SWIM zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949159.1
CTTGAGGCACATCAGTGGGGGCTCTATTCCGGTCGAAGGATGATTTGGCAATCGCTGTTGGCCTGTACCATATGGAGAATCACGTGGAGTACGCCGTGCATCGTTCCAGTACGACCCGTTTGTGGTTTGTTTGCAAGCATGGCAACGGTTGTCCGTTCATGCTGCGAGCCGTTCAGAGTGCATCGATCTGGAGAGTGATCAAGGTGGTGATGGATCATACCTGCCACACGGATTTGAATCGCACTGCCCCGAGACAGATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020391
ATGGAGAATCACGTGGAGTACGCCGTGCATCGTTCCAGTACGACCCGTTTGTGGTTTGTTTGCAAGCATGGCAACGGTTGTCCGTTCATGCTGCGAGCCGTTCAGAGTGCATCGATCTGGAGAGTGATCAAGGTGGTGATGGATCATACCTGCCACACGGATTTGAATCGCACTGCCCCGAGACAGATTCCGGCGAGGGTTGTTGGAAGATATTTTGCACGGAAATTGGTAGGCGAGGGGGTCGTTTTGAAGCCGAAGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057805142.1
MENHVEYAVHRSSTTRLWFVCKHGNGCPFMLRAVQSASIWRVIKVVMDHTCHTDLNRTAPRQIPARVVGRYFARKLVGEGVVLKPKEMMSEMQRLFGIEINYSFALRARNIAIEMTYGDFGNSYQMLPSYLYMLRMSNPGTLYDLEMKDDGKFHHMFVALGQSVAAFEKGYLRPVIVVDGTHLKGRNGGILFVAVTKDGNEAIFPLAVGLGPIENDESWTWFFHRLRTCFGQPDDLLIVSDQHKSIRNAVECIYPNVPHG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器