当前解析结果
SmilChr04G003502| 统一新 Gene ID | SmilChr04G003502 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G003502 |
| 描述 | NAC domain-containing protein 100-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 51421059 - 51422818 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131020393 |
|---|---|
| GeneID | 131020393 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131020393 |
| 原始查询 | SmilChr04G003502 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | NAC domain-containing protein 100-like |
| 产物 | NAC domain-containing protein 100-like |
| Arabidopsis | AT5G61430 (NAC100)NAC domain containing protein 100 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836264] identity=78.6; qcov=0.578; evalue=9.62e-90; confidence=medium |
| Rice | Os04g0460600 (NAC2)- identity=77.3; qcov=0.48; evalue=1.67e-75; confidence=medium |
| GO | GO:0003677 (DNA binding); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02365 (NAM) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131020393 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057805144.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057805144.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057805144.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057805144.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057805144.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:51421298 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B91 |
Chr4:51421474 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A25,B36,B4,C5 |
Chr4:51421603 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A23,B107 |
Chr4:51421869 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B114,B44,C23 |
Chr4:51422277 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A8,B105,B111,B8 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057805144.1PF02365
NAM 17-141 aa
XP_057805145.1PF02365
NAM 17-141 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057805144.1 |
Pfam | PF02365 |
NAM | Family | 17 | 141 | 1.1e-46 | 159.0 | No apical meristem (NAM) protein |
XP_057805145.1 |
Pfam | PF02365 |
NAM | Family | 17 | 141 | 9.2e-47 | 159.2 | No apical meristem (NAM) protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。