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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003511

染色体: Chr04 坐标: 51473346-51562064 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003511
名称SmilChr04G003511
描述uncharacterized acetyltransferase At3g50280-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向51473346 - 51562064 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020400
GeneID131020400
locus_tag-
NCBI NameLOC131020400
原始查询SmilChr04G003511

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述HXXXD-type acyl-transferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836850]; symbol=AT5G67150; hit=AT5G67150; species=arabidopsis; confidence=medium
产物HXXXD-type acyl-transferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836850]; symbol=AT5G67150; hit=AT5G67150; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT5G67150 (AT5G67150)
HXXXD-type acyl-transferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836850]
identity=40.3; qcov=1.02; evalue=4.86e-101; confidence=medium
RiceOs08g0111800
-
identity=40.2; qcov=1.05; evalue=4.06e-97; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF02458 (Transferase)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020400

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057805160.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057805160.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057805160.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057805160.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057805160.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:51560813 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C45,C7
Chr4:51560875 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr4:51561012 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A15
Chr4:51561039 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C77
Chr4:51561196 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B130,B33,B63,C12,C53
Chr4:51561350 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B103,B26,B91,C6,C67
Chr4:51561390 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 83 A10,A11,A14,A18,A2,A20,A21,A24,A7,B102,B106,B109,B122,B124,B126,B127,B13,B135,B136,B140,B15,B17,B18,B19,B23,B31,B34,B37,B38,B39,B4,B5,B50,B52,B56,B57,B58,B6,B61,B62,B69,B70,B76,B80,B81,B83,B84,B9,B95,B96,B98,B99,C1,C13,C20,C23,C25,C30,C38,C41,C43,C44,C48,C49,C5,C50,C54,C59,C6,C60,C62,C63,C73,C77,C8,C80,C81,D1,D11,D2,D5,D6,D7
Chr4:51561676 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C13,C4,C40
Chr4:51561758 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr4:51561779 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C53
Chr4:51561942 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B92
Chr4:51561942 AT A 1bp_deletion CDS_variant 1 B92

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805160.1
436 aa
N
1
218
436
Transferase
C
PF02458 Transferase 3-430 aa
XP_057805161.1
436 aa
N
1
218
436
Transferase
C
PF02458 Transferase 3-430 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057805160.1 Pfam PF02458 Transferase Family 3 430 1e-76 259.1 Transferase family
XP_057805161.1 Pfam PF02458 Transferase Family 3 430 1e-76 259.1 Transferase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949178.1
ACAAAACGAATCACTTGTCCATTTGCTATAAATCGTGTGGCAACAAAAGAAGGTTGAAGTAAAATGGCAAAAGTTGAAGCAATATCCTCATGTATTATTAGGATGGCAGGAAATAATGCAAATCCCATTTCAAGATTGGATCTAACTCCATGCGATTTGCAACTGCTCCCACTCGATCCCATTCAAAAAGGGATTCTCTTTCACAACCCTCTTTCTAAACTCAACTTAATCGATCACCTCAAAACCTCACTCTCCCGCAC...
XM_057949177.1
ACAAAACGAATCACTTGTCCATTTGCTATAAATCGTGTGGCAACAAAAGAAGGTTGAAGTAAAATGGCAAAAGTTGAAGCAATATCCTCATGTATTATTAGGATGGCAGGAAATAATGCAAATCCCATTTCAAGATTGGATCTAACTCCATGCGATTTGCAACTGCTCCCACTCGATCCCATTCAAAAAGGGATTCTCTTTCACAACCCTCTTTCTAAACTCAACTTAATCGATCACCTCAAAACCTCACTCTCCCGCAC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131020400
ATGGCAAAAGTTGAAGCAATATCCTCATGTATTATTAGGATGGCAGGAAATAATGCAAATCCCATTTCAAGATTGGATCTAACTCCATGCGATTTGCAACTGCTCCCACTCGATCCCATTCAAAAAGGGATTCTCTTTCACAACCCTCTTTCTAAACTCAACTTAATCGATCACCTCAAAACCTCACTCTCCCGCACACTAGACTTCTTCCCTCCGCTCGCCGGCCGCCTCGCCACCACCGCCCACGCCCACGCCACTTT...
LOC131020400
ATGGCAAAAGTTGAAGCAATATCCTCATGTATTATTAGGATGGCAGGAAATAATGCAAATCCCATTTCAAGATTGGATCTAACTCCATGCGATTTGCAACTGCTCCCACTCGATCCCATTCAAAAAGGGATTCTCTTTCACAACCCTCTTTCTAAACTCAACTTAATCGATCACCTCAAAACCTCACTCTCCCGCACACTAGACTTCTTCCCTCCGCTCGCCGGCCGCCTCGCCACCACCGCCCACGCCCACGCCACTTT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057805160.1
MAKVEAISSCIIRMAGNNANPISRLDLTPCDLQLLPLDPIQKGILFHNPLSKLNLIDHLKTSLSRTLDFFPPLAGRLATTAHAHATFSLFLDCNNAGVEFVHAVAAATSVADILEPKWIPEIVASFFPHNGLSNWDVVSKPVLVAQVTELVDGVFIGCTANHAVIDGVSFWHFFNSWSEISRGSDTISKTPVFKPWFPSNVPDDKRPLRLPWLEQDPPLSSVPPPRLERVFHFSKQTLSKLKARANSEAATDKISSLQAL...
XP_057805161.1
MAKVEAISSCIIRMAGNNANPISRLDLTPCDLQLLPLDPIQKGILFHNPLSKLNLIDHLKTSLSRTLDFFPPLAGRLATTAHAHATFSLFLDCNNAGVEFVHAVAAATSVADILEPKWIPEIVASFFPHNGLSNWDVVSKPVLVAQVTELVDGVFIGCTANHAVIDGVSFWHFFNSWSEISRGSDTISKTPVFKPWFPSNVPDDKRPLRLPWLEQDPPLSSVPPPRLERVFHFSKQTLSKLKARANSEAATDKISSLQAL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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