Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G003518`

染色体: Chr04 坐标: 51568977-51570646 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G003518`
名称	SmilChr04G003518
描述	uncharacterized SmilChr04G003518
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	51568977 - 51570646 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023586`
GeneID	`131023586`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023586`
原始查询	`SmilChr04G003518`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os12g0621300; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os12g0621300; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT1G06740` (MUG3) MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3766669] identity=28.4; qcov=0.764; evalue=5.5e-28; confidence=low
Rice	`Os12g0621300` - identity=32.9; qcov=0.443; evalue=1.3e-28; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF10551 (MULE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023586

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057809113.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057809113.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057809113.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057809113.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057809113.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:51568990`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B112,B51,B59,B64
`Chr4:51570191`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B123
`Chr4:51570445`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	3	B56,B77,C10
`Chr4:51570445`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B56,B77,C10
`Chr4:51570453`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B18,B91
`Chr4:51570463`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	36	A11,A13,A22,A3,A7,B106,B108,B109,B112,B117,B122,B129,B132,B15,B17,B18,B21,B38,B40,B47,B54,B65,B7,B93,B95,B97,C1,C29,C33,C46,C49,C58,C60,C67,C84,C9
`Chr4:51570575`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B27
`Chr4:51570628`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	C76,D8
`Chr4:51570628`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	2	C76,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809113.1

508 aa

254

508

MULE

PF10551 MULE 391-443 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057809113.1`	Pfam	`PF10551`	MULE	Domain	391	443	1e-06	29.7	MULE transposase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057953130.1
ATGAAATGTGGCTTGGCCACAGACGATGACGTGGAAGCCTTGTTGGCAACTGCCGACTATCCCATGGTGTACGTTGAGCACTACAACGGTCCGATTGTAGAAGAAGCTTCGGGACACGTAGATGAAGCACAATGCAGTCAGTATGAGACGCCGTATTATCATCATACGTCGTTTCATGGTGTCCAGAGCTCGCCTCCACGACAATATTTTAATTGGGATGGACAACCGCTAGACGAATCTGCATGGAATCAAACCGAAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023586
ATGAAATGTGGCTTGGCCACAGACGATGACGTGGAAGCCTTGTTGGCAACTGCCGACTATCCCATGGTGTACGTTGAGCACTACAACGGTCCGATTGTAGAAGAAGCTTCGGGACACGTAGATGAAGCACAATGCAGTCAGTATGAGACGCCGTATTATCATCATACGTCGTTTCATGGTGTCCAGAGCTCGCCTCCACGACAATATTTTAATTGGGATGGACAACCGCTAGACGAATCTGCATGGAATCAAACCGAAAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057809113.1
MKCGLATDDDVEALLATADYPMVYVEHYNGPIVEEASGHVDEAQCSQYETPYYHHTSFHGVQSSPPRQYFNWDGQPLDESAWNQTERLNEVCGRLNDVRTDDEPEHEAEGSVASGDDDDSDDEEFDPALEVGTASDASEDLLDDDLIDFTETERAGWIRQPTAETGDLTNWLVPLIPVDASASLVARESDPSRVDDLQKNSFYNSKDDLIIAVGLWNMKRGTETKVVRSDPGRVYFSCKHSDNCNFDLRASVHGRGMWRV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器