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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003529

染色体: Chr04 坐标: 51653252-51655857 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003529
名称SmilChr04G003529
描述ABC transporter G family member STR2-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向51653252 - 51655857 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020413
GeneID131020413
locus_tag-
NCBI NameLOC131020413
原始查询SmilChr04G003529

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ABC transporter G family member STR2-like
产物ABC transporter G family member STR2-like
ArabidopsisAT2G39350 (ABCG1)
ABC-2 type transporter family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818520]
identity=36.3; qcov=1.05; evalue=2.35e-143; confidence=medium
RiceOs07g0191600 (STR2)
-
identity=63.8; qcov=0.999; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005524 (ATP binding); GO:0016020 (membrane); GO:0016887 (ATP hydrolysis activity); GO:0140359 (ABC-type transporter activity)
KEGGsmil02010 (ABC transporters - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04981 (Folate transport and metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00005 (ABC_tran); PF01061 (ABC2_membrane)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020413

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057805172.1
2 Vacuole 液泡 0.40000 XP_057805172.1
3 Vacuole membrane 液泡膜 0.40000 XP_057805172.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057805172.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057805172.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:51653462 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B7,D4
Chr4:51653577 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B33,B4,C19,C71
Chr4:51653967 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C39
Chr4:51654027 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 1 B69
Chr4:51654027 A AC 1bp_insertion CDS_variant 1 B69
Chr4:51654040 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr4:51654227 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr4:51654722 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C32
Chr4:51654949 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B106,C48,C60,C80
Chr4:51655209 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A2,B96
Chr4:51655409 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B50,B6,B85,C63

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805172.1
703 aa
N
1
352
703
ABC_tran
ABC2_membrane
C
PF00005 ABC_tran 53-204 aa PF01061 ABC2_membrane 440-645 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057805172.1 Pfam PF00005 ABC_tran Domain 53 204 4.1e-26 92.9 ABC transporter
XP_057805172.1 Pfam PF01061 ABC2_membrane Domain 440 645 1.6e-43 149.5 ABC-2 type transporter

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949189.1
CACACTAATTGATGACGATAAAATTGGAATAAAGGGAGCTGCTTCTCGATTGAAACAATGATGCATAATCTGTCAGGTAGCAGCAATGCTTTAATATTTGAGATGGCGAGGAAAGGAAGAGCAGTTTCGGCAATGACAAGCAGCATAAATCCAAGCAATAAAGCAGTTATGGACGACAACATCACAATGCAGCAAGAGGTTGCTTAGGAAATACCTCCTCCCCTTCCTTTTATACTCCCGCTGCATGGGATAAAATCTGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020413
ATGAAGAACGGAGACGGCCGTCGTCCCGACATGGTGATCGACATCGGGAAGCCGGTGAAGCTCACGGGGGGCCTCGAGTTCTCCGCCCTCACCTACACGGTCATCAAGAAGGCCAAGGATCTCAACGGCCGGTGGCAGAAGAAGGAGGTCGATTTGCTGCACCACATCACTGGCTACGCCCCAAAAGGCTGCATCACCGCCGTCATGGGCCCCAGCGGCGCCGGCAAGTCCACCTTCCTCGACGCTCTCGCCGGCAGAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057805172.1
MKNGDGRRPDMVIDIGKPVKLTGGLEFSALTYTVIKKAKDLNGRWQKKEVDLLHHITGYAPKGCITAVMGPSGAGKSTFLDALAGRIASGSLMGRVSLDGADVSPSLIKRTSAYIMQEDRLFPMLTVYETLMFAADFRLGSISRDDKRQRVENLIQQLGLSSSRNTYIGDEGTRGVSGGERRRVSIGVDIIHGPSLLFLDEPTSGLDSTSAHSVIEKVLDIARSGSTVILTIHQPSSRIQLLLDHMIILARGQLVYQGPP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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