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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003531

染色体: Chr04 坐标: 51665208-51667618 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003531
名称SmilChr04G003531
描述HVA22-like protein a
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向51665208 - 51667618 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020414
GeneID131020414
locus_tag-
NCBI NameLOC131020414
原始查询SmilChr04G003531

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述HVA22-like protein a
产物HVA22-like protein a
ArabidopsisAT1G74520 (HVA22A)
HVA22 homologue A [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843793]
identity=74.7; qcov=0.988; evalue=2e-86; confidence=high
RiceOs06g0226600
-
identity=72.2; qcov=0.944; evalue=3.75e-82; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF03134 (TB2_DP1_HVA22)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020414

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057805173.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057805174.1
3 Nucleus membrane 核膜 0.40000 XP_057805173.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057805174.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057805174.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:51665540 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 12 A20,A25,A3,B129,B135,B18,B40,B84,C30,C38,C49,C59
Chr4:51665563 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 35 A10,A20,A25,A3,A7,A9,B108,B119,B120,B135,B136,B18,B2,B20,B23,B24,B25,B45,B46,B58,B71,B76,B81,B84,B97,C21,C28,C29,C30,C32,C35,C38,C49,C59,C82
Chr4:51667022 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B78,B79
Chr4:51667085 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805173.1
180 aa
N
1
90
180
TB2_DP1_HVA22
C
PF03134 TB2_DP1_HVA22 30-106 aa
XP_057805174.1
160 aa
N
1
80
160
TB2_DP1_HVA22
C
PF03134 TB2_DP1_HVA22 30-106 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057805173.1 Pfam PF03134 TB2_DP1_HVA22 Family 30 106 4.6e-29 100.9 TB2/DP1, HVA22 family
XP_057805174.1 Pfam PF03134 TB2_DP1_HVA22 Family 30 106 3.5e-29 101.3 TB2/DP1, HVA22 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949190.1
TAATTAATCTGAAATTTTTTGCATAGAGAATCCGCCCATTAGGAAAATATTTGTGGAATTTTTACAAAAATTTGCCATCCTGAATTCCGGTGTAGTTTACAAGTCTGACGTATTTTATTTAAAAAGAAATGATTATCTGAATTAACATAAAAGAAGAGACAAACATCTGTCTCCACTCCTTTTAATTTATTCTCTCTCTCGCTTTTGGTTGAGTGAAGTGCCGCACCGTCACTTTCCACAAAGCCCAAGCTTCTATACCA...
XM_057949191.1
TTAGGAAAATATTTGTGGAATTTTTACAAAAATTTGCCATCCTGAATTCCGGTGTAGTTTACAAGTCTGACGTATTTTATTTAAAAAGAAATGATTATCTGAATTAACATAAAAGAAGAGACAAACATCTGTCTCCACTCCTTTTAATTTATTCTCTCTCTCGCTTTTGGTTGAGTGAAGTGCCGCACCGTCACTTTCCACAAAGCCCAAGCTTCTATACCACACTTTCCTACCGAAATAATTCTTGATTCCTGTGGTTT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131020414
ATGGGTGGATCTGGAACTGCAAGCTTCCTCAAATTGCTCCTTACTAATTTCGACATTCTTGCTGGGCCTGTGGTTACTCTGGTGTATCCTCTATATGCATCGATTAGGGCAATCGAGACAAAGTCACCTATTGATGATCAACAATGGCTAACTTATTGGGTTCTTTACTCTATGATTACTCTTTTTGAGCTTACTTTTGCAAAACTTATTGAATGGTTGCCATTCTGGTCATACGCAAAGCTAATCTTCACCTGCTGGTT...
LOC131020414
ATGGGTGGATCTGGAACTGCAAGCTTCCTCAAATTGCTCCTTACTAATTTCGACATTCTTGCTGGGCCTGTGGTTACTCTGGTGTATCCTCTATATGCATCGATTAGGGCAATCGAGACAAAGTCACCTATTGATGATCAACAATGGCTAACTTATTGGGTTCTTTACTCTATGATTACTCTTTTTGAGCTTACTTTTGCAAAACTTATTGAATGGTTGCCATTCTGGTCATACGCAAAGCTAATCTTCACCTGCTGGTT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057805173.1
MGGSGTASFLKLLLTNFDILAGPVVTLVYPLYASIRAIETKSPIDDQQWLTYWVLYSMITLFELTFAKLIEWLPFWSYAKLIFTCWLVIPYFSGAAYVYEHYVRPYLVTRQKTVNIWYVPKKKDIFSKPDDILTAAEKYIQEHGPDAFEKMIHRSRDTIPSTSNYTFHSESYSYEDDYRY
XP_057805174.1
MGGSGTASFLKLLLTNFDILAGPVVTLVYPLYASIRAIETKSPIDDQQWLTYWVLYSMITLFELTFAKLIEWLPFWSYAKLIFTCWLVIPYFSGAAYVYEHYVRPYLVTRQKTVNIWYVPKKKDIFSKPDDILTAAEKYIQEHGPDAFEKMIHRGHHSKH

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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