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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003533

染色体: Chr04 坐标: 51671021-51675064 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003533
名称SmilChr04G003533
描述uncharacterized SmilChr04G003533
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向51671021 - 51675064 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020416
GeneID131020416
locus_tag-
NCBI NameLOC131020416
原始查询SmilChr04G003533

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述BIP132; symbol=BIP132; hit=Os12g0613500; species=rice; confidence=weak
产物BIP132; symbol=BIP132; hit=Os12g0613500; species=rice; confidence=weak
ArabidopsisAT5G57120 (AT5G57120)
nucleolar/coiled-body phosphoprotein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835816]
identity=61.4; qcov=0.215; evalue=9.37e-31; confidence=weak
RiceOs12g0613500 (BIP132)
-
identity=80.4; qcov=0.196; evalue=1.65e-46; confidence=weak
GO-
KEGG-
PfamPF05022 (SRP40_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020416

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057805175.1
2 Nucleolus 核仁 0.80000 XP_057805175.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057805175.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057805175.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057805175.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:51671061 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 5 A11,A22,B89,C76,D8
Chr4:51671061 A AC 1bp_insertion CDS_variant 5 A11,A22,B89,C76,D8
Chr4:51671339 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27
Chr4:51671342 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C37,C64
Chr4:51671354 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A25,B36
Chr4:51671357 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A11,A22,B89,C76,D8
Chr4:51672199 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C84
Chr4:51672278 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A14,B28,B76,C16
Chr4:51672284 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B26,C6
Chr4:51672356 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C37,C38,C64,C66
Chr4:51672437 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B48,B60
Chr4:51672524 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A21,B12,B82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805175.1
471 aa
N
1
236
471
SRP40_C
C
PF05022 SRP40_C 393-465 aa
XP_057805176.1
470 aa
N
1
235
470
SRP40_C
C
PF05022 SRP40_C 392-464 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057805175.1 Pfam PF05022 SRP40_C Domain 393 465 1.7e-28 100.0 SRP40, C-terminal domain
XP_057805176.1 Pfam PF05022 SRP40_C Domain 392 464 1.7e-28 100.0 SRP40, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949193.1
CCGTACAATAGTCATTGCATAGCAAAACCCTAACATGCATACACATGAGTATTTATATTTAGAAAGAGAAAAATCTCCCAATTTGAAGAAAAACCCTTCTCCGTCGACTGGGAACAGCACTGCCGCGCCTCTCAGAAGGTTCCAAACACACGCACATCGTATGCTTGGAAGCTCTAACGCCAGCCATAGCTTGTCTTCCCTCATTGCATTCAAGCCGCGCCAAATTCTTCTCTTGCAGCAGCAGCGAAACCGTTCGGCTT...
XM_057949192.1
ACAATAGTCATTGCATAGCAAAACCCTAACATGCATACACATGAGTATTTATATTTAGAAAGAGAAAAATCTCCCAATTTGAAGAAAAACCCTTCTCCGTCGACTGGGAACAGCACTGCCGCGCCTCTCAGAAGGTTCCAAACACACGCACATCGTATGCTTGGAAGCTCTAACGCCAGCCATAGCTTGTCTTCCCTCATTGCATTCAAGCCGCGCCAAATTCTTCTCTTGCAGCAGCAGCGAAACCGTTCGGCTTCGGC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131020416
ATGCATACACATGAGTATTTATATTTAGAAAGAGAAAAATCTCCCAATTTGAAGAAAAACCCTTCTCCGTCGACTGGGAACAGCACTGCCGCGCCTCTCAGAAGGTTCCAAACACACGCACATCGTATGCTTGGAAGCTCTAACGCCAGCCATAGCTTGTCTTCCCTCATTGCATTCAAGCCGCGCCAAATTCTTCTCTTGCAGCAGCAGCGAAACCGTTCGGCTTCGGCACCAATGGCCCAGTTGAAGCCTGATGACGA...
LOC131020416
ATGCATACACATGAGTATTTATATTTAGAAAGAGAAAAATCTCCCAATTTGAAGAAAAACCCTTCTCCGTCGACTGGGAACAGCACTGCCGCGCCTCTCAGAAGGTTCCAAACACACGCACATCGTATGCTTGGAAGCTCTAACGCCAGCCATAGCTTGTCTTCCCTCATTGCATTCAAGCCGCGCCAAATTCTTCTCTTGCAGCAGCAGCGAAACCGTTCGGCTTCGGCACCAATGGCCCAGTTGAAGCCTGATGACGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057805175.1
MHTHEYLYLEREKSPNLKKNPSPSTGNSTAAPLRRFQTHAHRMLGSSNASHSLSSLIAFKPRQILLLQQQRNRSASAPMAQLKPDDESILIFSVALWLQNKGFSKVFKRFCTAAQIEGEDWKAKALNLNEIFSKYQEISNSSCKDLKFQEKQEEQVADVAEKIANGTTAEEIKGKKKKKKSKDDTSVNESEKTLEDTAVTEKINESYENGNEDESGNASKKSNGDKMHELAEDQSEKPKEKKKKKKSKLASQPLDADVPE...
XP_057805176.1
MHTHEYLYLEREKSPNLKKNPSPSTGNSTAAPLRRFQTHAHRMLGSSNASHSLSSLIAFKPRQILLLQQQRNRSASAPMAQLKPDDESILIFSVALWLQNKGFSKVFKRFCTAAQIEGEDWKAKALNLNEIFSKYQEISNSSCKDLKFQEKQEQVADVAEKIANGTTAEEIKGKKKKKKSKDDTSVNESEKTLEDTAVTEKINESYENGNEDESGNASKKSNGDKMHELAEDQSEKPKEKKKKKKSKLASQPLDADVPEV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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