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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003537

染色体: Chr04 坐标: 51729222-51732261 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003537
名称SmilChr04G003537
描述co-chaperone protein p23-2
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向51729222 - 51732261 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020420
GeneID131020420
locus_tag-
NCBI NameLOC131020420
原始查询SmilChr04G003537

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述co-chaperone protein p23-2
产物co-chaperone protein p23-2
ArabidopsisAT3G03773 (AT3G03773)
HSP20-like chaperones superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821159]
identity=68.2; qcov=0.987; evalue=4.95e-70; confidence=high
RiceOs03g0655300
-
identity=67.3; qcov=1; evalue=1.76e-62; confidence=high
GOGO:0005634 (nucleus); GO:0005829 (cytosol); GO:0006457 (protein folding); GO:0051087 (protein-folding chaperone binding); GO:0051131 (chaperone-mediated protein complex assembly); GO:0051879 (Hsp90 protein binding)
KEGG-
PfamPF04969 (CS)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020420

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057805183.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057805183.1
3 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057805184.1
4 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057805184.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057805183.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:51730817 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr4:51731621 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B28,C16
Chr4:51731641 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 1 B20
Chr4:51731641 C CT 1bp_insertion CDS_variant 1 B20

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805183.1
169 aa
N
1
84
169
CS
C
PF04969 CS 6-78 aa
XP_057805184.1
154 aa
N
1
77
154
CS
C
PF04969 CS 6-78 aa
XP_057805185.1
153 aa
N
1
76
153
CS
C
PF04969 CS 6-78 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057805183.1 Pfam PF04969 CS Domain 6 78 5.9e-06 27.9 CS domain
XP_057805184.1 Pfam PF04969 CS Domain 6 78 4.8e-06 28.2 CS domain
XP_057805185.1 Pfam PF04969 CS Domain 6 78 4.9e-06 28.1 CS domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949201.1
ATTTTAAAGAGTATTCTTTTAAATTTGAATTTGGTGCAAATGATTTAATGTTGAAAATGAGTGAGAGTTTGATGCAGTCAATGTATTGGGTTTTCTTGTACTTGATTCCTTTTAGAGAAGCAGCATCTCCCGATTTGTGAGTGCAGTTGAACTCCTCACTTCCGTTCCTTGTTTGAAACAAGAAATCAACCTCTACTTCTCAGACCATGAGTCGGCAGCCGGAGGTTCTGTGGGCACAACGATCAGACAAGGTGTACTTG...
XM_057949200.1
ATGTTGAAAATGAGTGAGAGTTTGATGCAGTCAATGTATTGGGTTTTCTTGTACTTGATTCCTTTTAGAGAAGCAGCATCTCCCGATTTGTGAGTGCAGTTGAACTCCTCACTTCCGTTCCTTGTTTGAAACAAGAAATCAACCTCTACTTCTCAGACCATGAGTCGGCAGCCGGAGGTTCTGTGGGCACAACGATCAGACAAGGTGTACTTGACCGTATCTCTGCCCGACGCCAGGGACATTTCCGTCAAATGCGAAGC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131020420
ATGAGTCGGCAGCCGGAGGTTCTGTGGGCACAACGATCAGACAAGGTGTACTTGACCGTATCTCTGCCCGACGCCAGGGACATTTCCGTCAAATGCGAAGCCGACGGCCTCTTCACTTTCTCCGCCGTCGGGGTCAATGGCGACACCTTGTCCTTCACTCTGCAACTCTATGGCAACATTGCCCCTCAGGGATGCAAGACAAAAACTGGTCTAAGGAATATACTATGCTCTATCCTGAAAGAACAAAAGGGTTGGTGGAA...
LOC131020420
ATGAGTCGGCAGCCGGAGGTTCTGTGGGCACAACGATCAGACAAGGTGTACTTGACCGTATCTCTGCCCGACGCCAGGGACATTTCCGTCAAATGCGAAGCCGACGGCCTCTTCACTTTCTCCGCCGTCGGGGTCAATGGCGACACCTTGTCCTTCACTCTGCAACTCTATGGCAACATTGCCCCTCAGGGATGCAAGACAAAAACTGGTCTAAGGAATATACTATGCTCTATCCTGAAAGAACAAAAGGGTTGGTGGAA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057805183.1
MSRQPEVLWAQRSDKVYLTVSLPDARDISVKCEADGLFTFSAVGVNGDTLSFTLQLYGNIAPQGCKTKTGLRNILCSILKEQKGWWKRLLKSEEKPAPYIKVDWNKWCDEDDEESDSNLASDDDTVYTGENEESSDDEGMLCELNLLCLLTYLNPKHYIPMRMVVKSRV
XP_057805184.1
MSRQPEVLWAQRSDKVYLTVSLPDARDISVKCEADGLFTFSAVGVNGDTLSFTLQLYGNIAPQGCKTKTGLRNILCSILKEQKGWWKRLLKSEEKPAPYIKVDWNKWCDEDDEESDSNLASDDDTVYTGENEESSDDEGMLYLPDLEKARGSIS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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