当前解析结果
SmilChr04G003537| 统一新 Gene ID | SmilChr04G003537 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G003537 |
| 描述 | co-chaperone protein p23-2 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 51729222 - 51732261 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131020420 |
|---|---|
| GeneID | 131020420 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131020420 |
| 原始查询 | SmilChr04G003537 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | co-chaperone protein p23-2 |
| 产物 | co-chaperone protein p23-2 |
| Arabidopsis | AT3G03773 (AT3G03773)HSP20-like chaperones superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821159] identity=68.2; qcov=0.987; evalue=4.95e-70; confidence=high |
| Rice | Os03g0655300- identity=67.3; qcov=1; evalue=1.76e-62; confidence=high |
| GO | GO:0005634 (nucleus); GO:0005829 (cytosol); GO:0006457 (protein folding); GO:0051087 (protein-folding chaperone binding); GO:0051131 (chaperone-mediated protein complex assembly); GO:0051879 (Hsp90 protein binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04969 (CS) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131020420 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057805183.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057805183.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.80000 | XP_057805184.1 |
| 4 | Nucleoplasm | 核质 | 0.20000 | XP_057805184.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057805183.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:51730817 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B53 |
Chr4:51731621 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B28,C16 |
Chr4:51731641 |
C |
CT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | B20 |
Chr4:51731641 |
C |
CT |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | B20 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057805183.1PF04969
CS 6-78 aa
XP_057805184.1PF04969
CS 6-78 aa
XP_057805185.1PF04969
CS 6-78 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057805183.1 |
Pfam | PF04969 |
CS | Domain | 6 | 78 | 5.9e-06 | 27.9 | CS domain |
XP_057805184.1 |
Pfam | PF04969 |
CS | Domain | 6 | 78 | 4.8e-06 | 28.2 | CS domain |
XP_057805185.1 |
Pfam | PF04969 |
CS | Domain | 6 | 78 | 4.9e-06 | 28.1 | CS domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
3 records
下载 cDNA FASTA3 records
下载 CDS FASTA3 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。