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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003555

染色体: Chr04 坐标: 51939330-51948223 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003555
名称SmilChr04G003555
描述syntaxin-132-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向51939330 - 51948223 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020439
GeneID131020439
locus_tag-
NCBI NameLOC131020439
原始查询SmilChr04G003555

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述syntaxin-132-like
产物syntaxin-132-like
ArabidopsisAT3G03800 (SYP131)
syntaxin of plants 131 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821141]
identity=77; qcov=1; evalue=1.88e-160; confidence=high
RiceOs07g0164300 (P0428D12.123)
-
identity=67.8; qcov=1; evalue=7.59e-135; confidence=high
GOGO:0000149 (SNARE binding); GO:0005484 (SNAP receptor activity); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0006886 (intracellular protein transport); GO:0006887 (exocytosis); GO:0006906 (vesicle fusion); GO:0012505 (endomembrane system); GO:0031201 (SNARE complex); GO:0048278 (GO:0048278)
KEGGsmil04130 (SNARE interactions in vesicular transport - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00804 (Syntaxin); PF05739 (SNARE)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020439

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057805217.1
2 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.20000 XP_057805217.1
3 Secretory vesicle Secretory vesicle 0.20000 XP_057805217.1
4 Cell projection 细胞突起 0.20000 XP_057805217.1
5 Melanosome Melanosome 0.20000 XP_057805217.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:51947852 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C29
Chr4:51947997 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805217.1
307 aa
N
1
154
307
Syntaxin
SNARE
C
PF00804 Syntaxin 35-194 aa PF05739 SNARE 208-285 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057805217.1 Pfam PF00804 Syntaxin Domain 35 194 4.2e-53 180.1 Syntaxin
XP_057805217.1 Pfam PF05739 SNARE Domain 208 285 6.6e-27 93.9 SNARE domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949234.1
CAGTACAACACACACTGTCCCTCTCTCTCTCTCTCCTCGCTGTCTCTGTCTCTCTCATCCAACCCGCGTACGAAAAAGTTACAAATAGAAATAGAAAAAAATCAAAAGAAGGAAGAAGTAGAGAGAGAAAGTAAAAGAAGGAAGACACAGAGTCAGAGAGAAGGGAGTCTTTTTTCTAGGGAAGGAAATCTTTCGTTCAATCTATTCCTCTCTCGTCTCCAGAATCACGCGGCCTCCAATTTTTCACAATGAATGACCTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020439
ATGAATGACCTTTTGTCGTCGGATTCATTTGTGAACTCACGGGATCAAGGAAATAGAAATGGTGATATTGAAATGGGCATGGAGAGACAAACAGGCGACCTAGGCTTGGAAGATTTCTTTAAGCAGGTTCAGGAGATTGAGAAGCAATATGAAAAGCTCAATGCCTTACTGAGAAAGCTTCAGGATGCTCATGAGGAATCAAAGGCTATCACCAAGGCTGCTGCAATGAAAGCAATCAAGAAGCGAATGGAGAAGGATGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057805217.1
MNDLLSSDSFVNSRDQGNRNGDIEMGMERQTGDLGLEDFFKQVQEIEKQYEKLNALLRKLQDAHEESKAITKAAAMKAIKKRMEKDVDEVGKIARTIKLRIEELDKENLANRQKPGCGKGSGVDRSRTSTTVALKKRFKDKMSEFQTLRENIHQEYREVVERRVFTVTGARADEETIDQLIETGDSEQIFQNAIREQGRGQIMDTLAEIQERHDAVRDLEKKLLDLQQIFLDMAVLVDAQGDMLDNIESQVSSAVDHVQS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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