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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003562

染色体: Chr04 坐标: 51979101-51992167 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003562
名称SmilChr04G003562
描述ubiquitin C-terminal hydrolase 12-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向51979101 - 51992167 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020444
GeneID131020444
locus_tag-
NCBI NameLOC131020444
原始查询SmilChr04G003562

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ubiquitin C-terminal hydrolase 12-like
产物ubiquitin C-terminal hydrolase 12-like
ArabidopsisAT5G06600 (UBP12)
ubiquitin-specific protease 12 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830548]
identity=83.8; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0771400 (OsM2)
-
identity=69.3; qcov=0.842; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004197 (cysteine-type endopeptidase activity); GO:0004843 (cysteine-type deubiquitinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005829 (cytosol); GO:0016579 (protein deubiquitination); GO:0031647 (regulation of protein stability)
KEGGsmil03083 (Polycomb repressive complex - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00443 (UCH); PF00917 (MATH); PF12436 (USP7_ICP0_bdg); PF13423 (UCH_1); PF14533 (USP7_C2); PF22486 (MATH_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020444

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057805227.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057805227.1
3 Nucleoplasm 核质 0.80000 XP_057805227.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057805227.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057805227.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:51980158 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B67,B68,C2,C48
Chr4:51981088 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C41
Chr4:51981464 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A2,C58
Chr4:51983147 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C28
Chr4:51985617 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A21,B64,B93
Chr4:51987676 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B117,B69,D1
Chr4:51987885 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B117,B69,D1
Chr4:51988248 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A24,B10,B122,C34,C79
Chr4:51989783 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C51
Chr4:51990277 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C29

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805227.1
1125 aa
N
1
562
1125
MATH_2
MATH
UCH_1
UCH
USP7_ICP0_bdg
USP7_C2
C
PF22486 MATH_2 63-186 aa PF00917 MATH 68-188 aa PF13423 UCH_1 206-481 aa PF00443 UCH 206-527 aa PF12436 USP7_ICP0_bdg 631-883 aa PF14533 USP7_C2 893-1104 aa
XP_057805228.1
1124 aa
N
1
562
1124
MATH_2
MATH
UCH_1
UCH
USP7_ICP0_bdg
USP7_C2
C
PF22486 MATH_2 62-185 aa PF00917 MATH 67-187 aa PF13423 UCH_1 205-480 aa PF00443 UCH 205-526 aa PF12436 USP7_ICP0_bdg 630-882 aa PF14533 USP7_C2 892-1103 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057805227.1 Pfam PF22486 MATH_2 Domain 63 186 3e-40 138.3 MATH domain
XP_057805227.1 Pfam PF00917 MATH Domain 68 188 4.1e-20 72.8 MATH domain
XP_057805227.1 Pfam PF13423 UCH_1 Domain 206 481 7.6e-16 59.4 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase
XP_057805227.1 Pfam PF00443 UCH Family 206 527 3.9e-59 201.0 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase
XP_057805227.1 Pfam PF12436 USP7_ICP0_bdg Family 631 883 9.8e-77 258.3 ICP0-binding domain of Ubiquitin-specific protease 7
XP_057805227.1 Pfam PF14533 USP7_C2 Family 893 1104 3.8e-58 197.3 Ubiquitin-specific protease C-terminal
XP_057805228.1 Pfam PF22486 MATH_2 Domain 62 185 3e-40 138.3 MATH domain
XP_057805228.1 Pfam PF00917 MATH Domain 67 187 4.1e-20 72.8 MATH domain
XP_057805228.1 Pfam PF13423 UCH_1 Domain 205 480 7.5e-16 59.4 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase
XP_057805228.1 Pfam PF00443 UCH Family 205 526 3.9e-59 201.0 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase
XP_057805228.1 Pfam PF12436 USP7_ICP0_bdg Family 630 882 9.8e-77 258.3 ICP0-binding domain of Ubiquitin-specific protease 7
XP_057805228.1 Pfam PF14533 USP7_C2 Family 892 1103 3.8e-58 197.3 Ubiquitin-specific protease C-terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949244.1
TCCCTATTTCGCCCCCGTAAATTGCAATAATACCCAAATTCTCCCTGTCAAGTGTCGAGACCCATCACTCACAGAACCCAGAGGCCTTATATCTCTCTCTCTCTAACTCCCGCTCTCTCTCTCCTCCTCCTCCCTTCTCTCTCTCCCCCCCATACCAACCCAGAGATTGCATTTATTCTCTGTATAGTATCGATCGGTCGGCTGCAGTCTCTCCAGCCATGACGATGATGACTCCGCAGCCGTTGGATCAGCAGGAAGAT...
XM_057949245.1
TCGAGACCCATCACTCACAGAACCCAGAGGCCTTATATCTCTCTCTCTCTAACTCCCGCTCTCTCTCTCCTCCTCCTCCCTTCTCTCTCTCCCCCCCATACCAACCCAGAGATTGCATTTATTCTCTGTATAGTATCGATCGGTCGGCTGCAGTCTCTCCAGCCATGACGATGATGACTCCGCAGCCGTTGGATCAGGAAGATGAAGAGATGTTGGTTCCGCACTCGGATTTAGTGGAAGGTCCTCAGCCTTTAGTTGAA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131020444
ATGACGATGATGACTCCGCAGCCGTTGGATCAGCAGGAAGATGAAGAGATGTTGGTTCCGCACTCGGATTTAGTGGAAGGTCCTCAGCCTTTAGTTGAAGGCCCTCAGCCAATGGAAGTGGTACCAGCCGACAATGACAATGCAGGAAGTGTGGAGAACCAGGCCAATGAAGAGCCACAAGCATCACGTCACACGTGGACAATTGAGAACTTTTCTCGACTGAATACGAAGAAGATGTATTCTGATATCTTCACTGTCGG...
LOC131020444
ATGACGATGATGACTCCGCAGCCGTTGGATCAGGAAGATGAAGAGATGTTGGTTCCGCACTCGGATTTAGTGGAAGGTCCTCAGCCTTTAGTTGAAGGCCCTCAGCCAATGGAAGTGGTACCAGCCGACAATGACAATGCAGGAAGTGTGGAGAACCAGGCCAATGAAGAGCCACAAGCATCACGTCACACGTGGACAATTGAGAACTTTTCTCGACTGAATACGAAGAAGATGTATTCTGATATCTTCACTGTCGGGGG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057805227.1
MTMMTPQPLDQQEDEEMLVPHSDLVEGPQPLVEGPQPMEVVPADNDNAGSVENQANEEPQASRHTWTIENFSRLNTKKMYSDIFTVGGYKWRVLIFPKGNNVDYLSMYLDVADSATLPYGWSRYAQFSLAVVNQMHSKLTVKKDTQHQFNQRESDWGFTSFMPLSELYDPNKGYLVNDTCVVEADVAVRKVVDYWAYDSKKETGYVGLKNQGATCYMNSLLQTLYHIPYFRKAVYHMPTTENDIPTGSIPLALQSLFYKL...
XP_057805228.1
MTMMTPQPLDQEDEEMLVPHSDLVEGPQPLVEGPQPMEVVPADNDNAGSVENQANEEPQASRHTWTIENFSRLNTKKMYSDIFTVGGYKWRVLIFPKGNNVDYLSMYLDVADSATLPYGWSRYAQFSLAVVNQMHSKLTVKKDTQHQFNQRESDWGFTSFMPLSELYDPNKGYLVNDTCVVEADVAVRKVVDYWAYDSKKETGYVGLKNQGATCYMNSLLQTLYHIPYFRKAVYHMPTTENDIPTGSIPLALQSLFYKLQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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