Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G003572`

染色体: Chr04 坐标: 52148407-52148964 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G003572`
名称	SmilChr04G003572
描述	uncharacterized protein At5g39865-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	52148407 - 52148964 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023597`
GeneID	`131023597`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023597`
原始查询	`SmilChr04G003572`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Glutaredoxin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830535]; symbol=AT5G06470; hit=AT5G06470; species=arabidopsis; confidence=high
产物	Glutaredoxin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830535]; symbol=AT5G06470; hit=AT5G06470; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT5G06470` (AT5G06470) Glutaredoxin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830535] identity=45.6; qcov=0.995; evalue=8.18e-55; confidence=high
Rice	`Os07g0159900` (OsGRL14) - identity=53; qcov=0.805; evalue=2.1e-44; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00462 (Glutaredoxin); PF23733 (GRXCR1-2_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023597

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057809123.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057809123.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057809123.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057809123.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057809123.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:52148427`	`A`	`AAT`	2bp_insertion	frameshift_variant	5	B120,B132,B21,B50,B54
`Chr4:52148427`	`A`	`AAT`	2bp_insertion	CDS_variant	5	B120,B132,B21,B50,B54
`Chr4:52148501`	`A`	`AC`	1bp_insertion	frameshift_variant	25	A13,A21,A22,A3,B104,B112,B117,B119,B138,B15,B20,B25,B46,B51,B64,B93,B99,C38,C56,C60,C71,C81,C84,C86,D2
`Chr4:52148504`	`AGG`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	25	A13,A21,A22,A3,B104,B112,B117,B119,B138,B15,B20,B25,B46,B51,B64,B93,B99,C38,C56,C60,C71,C81,C84,C86,D2
`Chr4:52148513`	`AGC`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	25	A13,A21,A22,A3,B104,B112,B117,B119,B138,B15,B20,B25,B46,B51,B64,B93,B99,C38,C56,C60,C71,C81,C84,C86,D2
`Chr4:52148519`	`C`	`CGG`	2bp_insertion	frameshift_variant	25	A13,A21,A22,A3,B104,B112,B117,B119,B138,B15,B20,B25,B46,B51,B64,B93,B99,C38,C56,C60,C71,C81,C84,C86,D2
`Chr4:52148520`	`A`	`AG`	1bp_insertion	frameshift_variant	25	A13,A21,A22,A3,B104,B112,B117,B119,B138,B15,B20,B25,B46,B51,B64,B93,B99,C38,C56,C60,C71,C81,C84,C86,D2
`Chr4:52148565`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A24
`Chr4:52148617`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr4:52148694`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr4:52148803`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B7
`Chr4:52148803`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809123.1

185 aa

185

Glutaredoxin

GRXCR1-2_C

PF00462 Glutaredoxin 42-108 aa PF23733 GRXCR1-2_C 139-182 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057809123.1`	Pfam	`PF00462`	Glutaredoxin	Domain	42	108	1.1e-11	45.4	Glutaredoxin
`XP_057809123.1`	Pfam	`PF23733`	GRXCR1-2_C	Domain	139	182	2.9e-16	59.8	GRXCR1/2, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057953140.1
ATGAGAAACATCAAAGGAAGAATGCTTAGGAAACTCAAGAAAATCTCCTCCACTTCTGTCTCACCCGAGAACCTAACCATGCCGGAAATCCGAGACAAGGCCATCGAGCAACCATCGACGTCGGTGGTGCTCTACACCACCAGCCTCAGGGGCATCAGGAAGACCTTCGAGGATTGCAAGACCATCAAGTTCCTCTTGGGGAGTCTTAGGGTTGTGTATTCGGAGAGGGATGTGTCGATGCACATGGAATATCGGGATGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023597
ATGAGAAACATCAAAGGAAGAATGCTTAGGAAACTCAAGAAAATCTCCTCCACTTCTGTCTCACCCGAGAACCTAACCATGCCGGAAATCCGAGACAAGGCCATCGAGCAACCATCGACGTCGGTGGTGCTCTACACCACCAGCCTCAGGGGCATCAGGAAGACCTTCGAGGATTGCAAGACCATCAAGTTCCTCTTGGGGAGTCTTAGGGTTGTGTATTCGGAGAGGGATGTGTCGATGCACATGGAATATCGGGATGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057809123.1
MRNIKGRMLRKLKKISSTSVSPENLTMPEIRDKAIEQPSTSVVLYTTSLRGIRKTFEDCKTIKFLLGSLRVVYSERDVSMHMEYRDELWRILGGRVVPPKLFIRGSYVGGADEVVGLHDSGMLRAMLHGIPLAPAAPPCRACAGVRFLLCTTCHGSRRVLANGARARCPDCNENGLVKCSLCTST

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器