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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003578

染色体: Chr04 坐标: 52198213-52202901 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003578
名称SmilChr04G003578
描述uncharacterized SmilChr04G003578
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向52198213 - 52202901 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020456
GeneID131020456
locus_tag-
NCBI NameLOC131020456
原始查询SmilChr04G003578

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Ribosomal protein L22p/L17e family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828951]; symbol=AT4G28360; hit=AT4G28360; species=arabidopsis; confidence=high
产物Ribosomal protein L22p/L17e family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828951]; symbol=AT4G28360; hit=AT4G28360; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT4G28360 (AT4G28360)
Ribosomal protein L22p/L17e family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828951]
identity=60.8; qcov=0.967; evalue=3.15e-102; confidence=high
RiceOs01g0616500
-
identity=65.7; qcov=0.75; evalue=1.69e-86; confidence=high
GOGO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0005762 (mitochondrial large ribosomal subunit); GO:0005840 (ribosome); GO:0006412 (translation); GO:0042255 (ribosome assembly)
KEGGsmil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00237 (Ribosomal_L22)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020456

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057805246.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057805246.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057805246.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057805246.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057805246.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:52199161 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B54,B94
Chr4:52199473 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A3,B112,B25,B51,B64
Chr4:52201202 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A1,B119,C50
Chr4:52201705 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B28,B76,C16
Chr4:52202261 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A24,B7,D4
Chr4:52202493 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C73
Chr4:52202535 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B113,B126,B133,B55,C36

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805246.1
299 aa
N
1
150
299
Ribosomal_L22
Ribosomal_L22
C
PF00237 Ribosomal_L22 114-184 aa PF00237 Ribosomal_L22 207-244 aa
XP_057805247.1
272 aa
N
1
136
272
Ribosomal_L22
C
PF00237 Ribosomal_L22 114-217 aa
XP_057805248.1
272 aa
N
1
136
272
Ribosomal_L22
C
PF00237 Ribosomal_L22 114-217 aa
XP_057805249.1
272 aa
N
1
136
272
Ribosomal_L22
C
PF00237 Ribosomal_L22 114-217 aa
XP_057805250.1
272 aa
N
1
136
272
Ribosomal_L22
C
PF00237 Ribosomal_L22 114-217 aa
XP_057805251.1
272 aa
N
1
136
272
Ribosomal_L22
C
PF00237 Ribosomal_L22 114-217 aa
XP_057805252.1
272 aa
N
1
136
272
Ribosomal_L22
C
PF00237 Ribosomal_L22 114-217 aa
XP_057805253.1
272 aa
N
1
136
272
Ribosomal_L22
C
PF00237 Ribosomal_L22 114-217 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057805246.1 Pfam PF00237 Ribosomal_L22 Domain 114 184 2.3e-27 95.9 Ribosomal protein L22p/L17e
XP_057805246.1 Pfam PF00237 Ribosomal_L22 Domain 207 244 2.3e-27 95.9 Ribosomal protein L22p/L17e
XP_057805247.1 Pfam PF00237 Ribosomal_L22 Domain 114 217 9.4e-32 110.0 Ribosomal protein L22p/L17e
XP_057805248.1 Pfam PF00237 Ribosomal_L22 Domain 114 217 9.4e-32 110.0 Ribosomal protein L22p/L17e
XP_057805249.1 Pfam PF00237 Ribosomal_L22 Domain 114 217 9.4e-32 110.0 Ribosomal protein L22p/L17e
XP_057805250.1 Pfam PF00237 Ribosomal_L22 Domain 114 217 9.4e-32 110.0 Ribosomal protein L22p/L17e
XP_057805251.1 Pfam PF00237 Ribosomal_L22 Domain 114 217 9.4e-32 110.0 Ribosomal protein L22p/L17e
XP_057805252.1 Pfam PF00237 Ribosomal_L22 Domain 114 217 9.4e-32 110.0 Ribosomal protein L22p/L17e
XP_057805253.1 Pfam PF00237 Ribosomal_L22 Domain 114 217 9.4e-32 110.0 Ribosomal protein L22p/L17e

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

8 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949270.1
AATTAGTGAGAGATTGTAAGAGGCCTAAATAAAAAGTACTGAGATGAGAAAGCCTTTTTTGAGAAAACAGATCAGAGCTTAACGTTGCTCATTATTTCTTGGCTATTTTCTTCTTCGCAATTTCTGCCTGCTATACCTTCTTCTTCTTCACTAGGCAGACGCTGGCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCATGGTATTTCTGTTTTCTTTGATTCTTTCCTTTCTATTTCTTCAATCCATAAAGAATTTGGGCTTAAATGTAA...
XM_057949265.1
AAAAGTACTGAGATGAGAAAGCCTTTTTTGAGAAAACAGATCAGAGCTTAACGTTGCTCATTATTTCTTGGCTATTTTCTTCTTCGCAATTTCTGCCTGCTATACCTTCTTCTTCTTCACTAGGCAGACGCTGGCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCATGGTATTTCTGTTTTCTTTGATTCTTTCCTTTCTATTTCTTCAATCCATAAAGAATTTGGGCTTAAATATAATTTGATATTTCTAGTGGGGGAAGTCTAGATT...

CDS

8 records

下载 CDS FASTA
LOC131020456
ATGGCGGGTTGGCACAGGCATTTGCAGTCGTTCATTCGTCAGGTTGCAAGGAGATATGAATGCAGCCACATCGCTTCGTTCAGTACTTTCAACCAAGCAAAGGCTTCACTTGTGTCTGGTGAACTGCCCCCCTTGACTAGTCTCCGTAACTCATTGTTTCCGACTATCTCAAGGTCACCGTTTCTATATACACAGAAATTGGAATTCACTAGTTCAAGGAGCTTACTAGCTGCTGAAGGAACTCCAACATCTTCACCACT...
LOC131020456
ATGGCGGGTTGGCACAGGCATTTGCAGTCGTTCATTCGTCAGGTTGCAAGGAGATATGAATGCAGCCACATCGCTTCGTTCAGTACTTTCAACCAAGCAAAGGCTTCACTTGTGTCTGGTGAACTGCCCCCCTTGACTAGTCTCCGTAACTCATTGTTTCCGACTATCTCAAGGTCACCGTTTCTATATACACAGAAATTGGAATTCACTAGTTCAAGGAGCTTACTAGCTGCTGAAGGAACTCCAACATCTTCACCACT...

Protein

8 records

下载 Protein FASTA
XP_057805246.1
MAGWHRHLQSFIRQVARRYECSHIASFSTFNQAKASLVSGELPPLTSLRNSLFPTISRSPFLYTQKLEFTSSRSLLAAEGTPTSSPLLPALPSSTGAGNTETQKAISKPSKVQAVLKGIKQSPKKLNLVAALVRGMRVEDALLQLQVTVKRAAKTVYQVIHSVRANATHNHGLDPDRLLVGNIHIFLLFQFLQSTIILLLIWSLCNVAEAFVGKGTHLKRVSYHARGRAGIRERARCRLTVVVREITADEEAEIAKLKVH...
XP_057805247.1
MAGWHRHLQSFIRQVARRYECSHIASFSTFNQAKASLVSGELPPLTSLRNSLFPTISRSPFLYTQKLEFTSSRSLLAAEGTPTSSPLLPALPSSTGAGNTETQKAISKPSKVQAVLKGIKQSPKKLNLVAALVRGMRVEDALLQLQVTVKRAAKTVYQVIHSVRANATHNHGLDPDRLLVAEAFVGKGTHLKRVSYHARGRAGIRERARCRLTVVVREITADEEAEIAKLKVHNLRKLTKREKRLVPHQLIETTPVWDRK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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