当前解析结果
SmilChr04G003580| 统一新 Gene ID | SmilChr04G003580 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G003580 |
| 描述 | fra a 1-associated protein |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 52217121 - 52219403 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131020465 |
|---|---|
| GeneID | 131020465 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131020465 |
| 原始查询 | SmilChr04G003580 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | fra a 1-associated protein |
| 产物 | fra a 1-associated protein |
| Arabidopsis | AT2G35900 (AT2G35900)Mal d 1-associated protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818163] identity=42.8; qcov=1.06; evalue=2.68e-48; confidence=medium |
| Rice | Os01g0771200 (XB24)- identity=62.3; qcov=0.646; evalue=2.65e-49; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF28698 (FaAP_N); PF28700 (FaAP_C) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131020465 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057805263.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057805263.1 |
| 3 | Mitochondrion | 线粒体 | 0.60000 | XP_057805263.1 |
| 4 | Mitochondrion intermembrane space | Mitochondrion intermembrane space | 0.40000 | XP_057805263.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.20000 | XP_057805263.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:52217334 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B44 |
Chr4:52217353 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B49,C8 |
Chr4:52217373 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr4:52218916 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C58 |
Chr4:52219113 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057805263.1PF28698
FaAP_N 36-100 aa
PF28700
FaAP_C 110-144 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057805263.1 |
Pfam | PF28698 |
FaAP_N | Domain | 36 | 100 | 1.2e-37 | 128.1 | Fra a 1-associated protein N-terminal domain |
XP_057805263.1 |
Pfam | PF28700 |
FaAP_C | Domain | 110 | 144 | 3e-21 | 75.8 | Fra a 1-associated protein C-terminal domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。