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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003581

染色体: Chr04 坐标: 52221741-52225468 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003581
名称SmilChr04G003581
描述calcium-dependent protein kinase 26-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向52221741 - 52225468 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020459
GeneID131020459
locus_tag-
NCBI NameLOC131020459
原始查询SmilChr04G003581

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述calcium-dependent protein kinase 26-like
产物calcium-dependent protein kinase 26-like
ArabidopsisAT3G10660 (CPK2)
calmodulin-domain protein kinase cdpk isoform 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820235]
identity=72.1; qcov=0.877; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0788500 (CDPK10)
-
identity=63.6; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004683 (calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity); GO:0005509 (calcium ion binding); GO:0005516 (calmodulin binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0009931 (calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity); GO:0018105 (peptidyl-serine phosphorylation); GO:0035556 (intracellular signal transduction); GO:0046777 (protein autophosphorylation)
KEGGsmil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04626 (Plant-pathogen interaction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00036 (EF-hand_1); PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF13202 (EF-hand_5); PF13405 (EF-hand_6); PF13499 (EF-hand_7); PF13833 (EF-hand_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020459

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057805255.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057805255.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057805255.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057805255.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057805255.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:52222398 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,B75
Chr4:52222555 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,B75
Chr4:52222581 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr4:52222672 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr4:52222882 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C51
Chr4:52222882 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C51
Chr4:52223061 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A3,B112,B25,B51,B64
Chr4:52224448 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805255.1
601 aa
N
1
300
601
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
EF-hand_5
EF-hand_8
EF-hand_1
EF-hand_6
EF-hand_7
EF-hand_8
EF-hand_5
EF-hand_7
EF-hand_6
EF-hand_5
EF-hand_8
EF-hand_1
EF-hand_5
C
PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 139-391 aa PF00069 Pkinase 139-396 aa PF13202 EF-hand_5 444-466 aa PF13833 EF-hand_8 444-466 aa PF00036 EF-hand_1 444-469 aa PF13405 EF-hand_6 444-472 aa PF13499 EF-hand_7 444-503 aa PF13833 EF-hand_8 459-504 aa PF13202 EF-hand_5 480-501 aa PF13499 EF-hand_7 513-575 aa PF13405 EF-hand_6 516-544 aa PF13202 EF-hand_5 518-538 aa PF13833 EF-hand_8 531-576 aa PF00036 EF-hand_1 550-575 aa PF13202 EF-hand_5 551-574 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057805255.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 139 391 1.8e-23 83.9 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057805255.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 139 396 1.1e-76 258.4 Protein kinase domain
XP_057805255.1 Pfam PF13202 EF-hand_5 Domain 444 466 4.1e-25 86.8 EF hand
XP_057805255.1 Pfam PF13833 EF-hand_8 Domain 444 466 1.1e-21 77.0 EF-hand domain pair
XP_057805255.1 Pfam PF00036 EF-hand_1 Domain 444 469 8.9e-34 113.2 EF hand domain
XP_057805255.1 Pfam PF13405 EF-hand_6 Domain 444 472 5.5e-27 91.6 EF-hand domain
XP_057805255.1 Pfam PF13499 EF-hand_7 Domain 444 503 1.8e-34 118.6 EF-hand domain pair
XP_057805255.1 Pfam PF13833 EF-hand_8 Domain 459 504 1.1e-21 77.0 EF-hand domain pair
XP_057805255.1 Pfam PF13202 EF-hand_5 Domain 480 501 4.1e-25 86.8 EF hand
XP_057805255.1 Pfam PF13499 EF-hand_7 Domain 513 575 1.8e-34 118.6 EF-hand domain pair
XP_057805255.1 Pfam PF13405 EF-hand_6 Domain 516 544 5.5e-27 91.6 EF-hand domain
XP_057805255.1 Pfam PF13202 EF-hand_5 Domain 518 538 4.1e-25 86.8 EF hand
XP_057805255.1 Pfam PF13833 EF-hand_8 Domain 531 576 1.1e-21 77.0 EF-hand domain pair
XP_057805255.1 Pfam PF00036 EF-hand_1 Domain 550 575 8.9e-34 113.2 EF hand domain
XP_057805255.1 Pfam PF13202 EF-hand_5 Domain 551 574 4.1e-25 86.8 EF hand

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949272.1
TAATTAAACGTGTAAATCGATTGATTTCCAACAGAAAAACCTGCCTTATTCCCTCACCCCTTCCCTCCCCTCTCCCCATTTTCGTATATTTCAAGAAAACAGGGAGAGAGGATTCAACACCCTAATCCAAAATCAAATATTCTTTACATAAGGAGAGAGAGATTAAGATTCATATATATATCTAGCTATATATATAGAGAGAGAGATAATTCAAAACCCTTTCCATTTCCTCAATCGCCATTTTCTTTTCTTTCTATTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020459
ATGGGAAACAAATGCAGCCTGAATGCAAAGATTGCAAAGAATTGCTGGTTCTCCACAATCTCACACACACTATGGTGGGCTAAGTGGCCAGCCATGCTCTCTTACCACCACAAGAAAGATAAAGAGTTCACAACCATACAAACCTATGGTCCTCCCCCTCCCACTGTTCAGACCACCCCCCCTCTGCCCCTCAAGATGGAAGAGGAGAAAGCCTCACAGCCCAGCCCCCCTCAGCCCCTCAAGATGGAGGAGGAGAAGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057805255.1
MGNKCSLNAKIAKNCWFSTISHTLWWAKWPAMLSYHHKKDKEFTTIQTYGPPPPTVQTTPPLPLKMEEEKASQPSPPQPLKMEEEKVVITAKEDSPETPTMAEAPKPKRPPVFKRAMSAGLEVDSVLRTKTGLLKEHFNLGRKLGHGQFGTTYLCVEKETGKEYACKSIAKRKLLTQEDVDDVRREVEILHHLSGNPNVVSIKGAYEDAMAVHVVMELCGGGELFDRILKRGHYSEKKAAELTRTIVSVIETCHSLGVMH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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