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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G003586`

染色体: Chr04 坐标: 52291285-52298097 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G003586`
名称	SmilChr04G003586
描述	aspartate--tRNA ligase, chloroplastic/mitochondrial
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	52291285 - 52298097 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131020458`
GeneID	`131020458`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131020458`
原始查询	`SmilChr04G003586`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	aspartate--tRNA ligase, chloroplastic/mitochondrial
产物	aspartate--tRNA ligase%2C chloroplastic/mitochondrial
Arabidopsis	`AT4G33760` (AT4G33760) tRNA synthetase class II (D, K and N) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829518] identity=77.9; qcov=0.896; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0153400` - identity=71.2; qcov=0.578; evalue=0; confidence=medium
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004815 (aspartate-tRNA ligase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006422 (aspartyl-tRNA aminoacylation)
KEGG	smil00970 (Aminoacyl-tRNA biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00152 (tRNA-synt_2); PF01336 (tRNA_anti-codon); PF02938 (GAD)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131020458

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057805254.1`
2	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057805254.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057805254.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057805254.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057805254.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:52291832`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B35
`Chr4:52291875`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B114,C58,C8
`Chr4:52292455`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B105
`Chr4:52292455`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B105
`Chr4:52292456`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr4:52292457`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C43
`Chr4:52292459`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B105
`Chr4:52292538`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr4:52293641`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D2
`Chr4:52294724`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C58
`Chr4:52296238`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B59
`Chr4:52296238`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B59

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805254.1

661 aa

330

661

tRNA_anti-codon

tRNA-synt_2

GAD

PF01336 tRNA_anti-codon 91-176 aa PF00152 tRNA-synt_2 198-637 aa PF02938 GAD 390-489 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057805254.1`	Pfam	`PF01336`	tRNA_anti-codon	Domain	91	176	3.8e-13	49.9	OB-fold nucleic acid binding domain
`XP_057805254.1`	Pfam	`PF00152`	tRNA-synt_2	Domain	198	637	1.4e-123	412.6	tRNA synthetases class II (D, K and N)
`XP_057805254.1`	Pfam	`PF02938`	GAD	Domain	390	489	7.6e-16	58.8	GAD domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057949271.1
AGCCTCCATGTGGATCCGCCATTGAAAACGAAAATCTGCTCAAGAATTCAACCGGGTTTGATAAGAGGGAGAAGCCGTCTAGTAGGAGACGCACTCTGCTCGGGCTGCGGTAGAACAACTTTCATGGCTGAGACTGAGAGAGAGAGTTTCCAGAAAATCAACAACTAATATATGGAAGAAAAGAGTTGATGCAGAAATTACCTAAAAAAACCCGGGAAACCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAATTCGATACATCACTCTTAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131020458
ATGTCCGCCCTTCTCCGCTCCTTCCCCGCCGTGGCAAAGTCCTCCCTTCCTCTCCTACTACACACCATCCCAAAATTGAATCCCTCCAAACTTCTCCATAGGCGCGTCTACTCATCCATATATGCTTCCACTTCCTCTTCGGAAACTCTTAGTGTTGCCAGCACCAAACCGCCCCCGCATTCCGCTGCTGAGACCAACGCCAACACTCTGGAATGGGTCAGACGCACCGATTTCTGCGGTGAATTGGGGGAACCGGACTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057805254.1
MSALLRSFPAVAKSSLPLLLHTIPKLNPSKLLHRRVYSSIYASTSSSETLSVASTKPPPHSAAETNANTLEWVRRTDFCGELGEPDLGKRVRVCGWVALHRIHGGLTFVTLRDHTGIVQVTTLPDDFPEAHAVVNDLRLEYVISVEGVVRQRPIESINKKMKTGFIEVAAEHVQVLNAVRLKLPFLVTTADEAKESAKEEIRLRYRYLDLRRPHMNSNIMLRHKVVKLIRRYLEDVHGFVEIETPILSRSTPEGARDYLV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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