Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003588

染色体: Chr04 坐标: 52317441-52318620 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003588
名称SmilChr04G003588
描述uncharacterized SmilChr04G003588
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向52317441 - 52318620 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020467
GeneID131020467
locus_tag-
NCBI NameLOC131020467
原始查询SmilChr04G003588

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820341]; symbol=AT3G11690; hit=AT3G11690; species=arabidopsis; confidence=low
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820341]; symbol=AT3G11690; hit=AT3G11690; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT3G11690 (AT3G11690)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820341]
identity=35.9; qcov=1.13; evalue=2.17e-18; confidence=low
RiceOs12g0621400
-
identity=31.5; qcov=0.847; evalue=5.78e-07; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020467

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057805264.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057805264.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057805264.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057805264.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057805264.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:52317791 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B130,B57,B63,C12,C53
Chr4:52317828 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C75
Chr4:52318068 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,B82
Chr4:52318161 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr4:52318177 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B21,B51,B77,C75,D1
Chr4:52318196 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 12 A16,A25,B13,B134,B136,B35,B56,B68,B71,B80,B98,C23
Chr4:52318199 C CG 1bp_insertion frameshift_variant 11 A16,A25,B13,B134,B35,B56,B68,B71,B80,B98,C23
Chr4:52318203 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B35,B71,B80,C23
Chr4:52318206 A ATT 2bp_insertion frameshift_variant 4 B35,B71,B80,C23
Chr4:52318206 A ATT 2bp_insertion CDS_variant 4 B35,B71,B80,C23
Chr4:52318214 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 4 A25,B13,B56,B98
Chr4:52318214 T TA 1bp_insertion CDS_variant 4 A25,B13,B56,B98

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949281.1
TTTCTCCCTCTCTCCATCACAAAAATTATTAATCTGGTCAATAATAATCCCAAAATTAGAAAGAAAATCGAAGCTAAACAACAGGAGAACCTCACACCACCAAACAAACACCTTCAATAATTCTCTATAAGAATCTCTATTCCAACTAACAACAAAAACACTCTCATTCCGTTCTTCTCTTGCCCTCTCTCACTATTCCCAGGTCGGATCGCTTTCCTTCTCGCGAAGGAAGCCAAAGAGGGGAATAGGTGAGGAGATTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020467
ATGGCGAGGCAGAATCAGATCGTGCTGCGGCACTCGTCGTCGTCGGTGACGCGGCGGCAGCCGCTGCTGGAGGTGAACGACTACGCGCCGCAGGGAGGGCTGGCGATGAGGCTGGCGGAGGTCGTCGGAGGCACCACGGCGGAGGTTGCGGCGGTGTGCTGCTTGTGCCCCTGCGGCCTCGTGGACCTCATGGTGCTGGCCATGTGCAAGGTGCCGGCGGGGCTCTGCCGGAAGGCTCTGAGGCGGAAGCGCCGCCGCAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057805264.1
MARQNQIVLRHSSSSVTRRQPLLEVNDYAPQGGLAMRLAEVVGGTTAEVAAVCCLCPCGLVDLMVLAMCKVPAGLCRKALRRKRRRRLMKMGLLPSSKCTCDEKDFQIHPVAAPESVESMPESMEVIEFDKEMFDHFYSGGFWRSSSAKM

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器