Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G003596`

染色体: Chr04 坐标: 52395409-52397097 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G003596`
名称	SmilChr04G003596
描述	putative UDP-glucuronate:xylan alpha-glucuronosyltransferase 4
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	52395409 - 52397097 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023603`
GeneID	`131023603`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023603`
原始查询	`SmilChr04G003596`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative UDP-glucuronate:xylan alpha-glucuronosyltransferase 4
产物	putative UDP-glucuronate:xylan alpha-glucuronosyltransferase 4
Arabidopsis	`AT1G54940` (PGSIP4) plant glycogenin-like starch initiation protein 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841934] identity=45.8; qcov=1.03; evalue=1.02e-171; confidence=high
Rice	`Os03g0184300` - identity=43.9; qcov=0.916; evalue=4.84e-137; confidence=medium
GO	GO:0016757 (glycosyltransferase activity); GO:0045492 (xylan biosynthetic process)
KEGG	-
Pfam	PF01501 (Glyco_transf_8); PF28720 (GUX1-5_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023603

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Golgi apparatus	高尔基体	1.00000	`XP_057809128.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057809128.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057809128.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057809128.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057809128.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:52395581`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	32	A10,A18,A2,A20,A24,B102,B105,B123,B125,B131,B132,B14,B25,B28,B31,B36,B40,B55,B60,B72,B89,B98,C33,C42,C55,C59,C64,C66,C67,C75,C83,D4
`Chr4:52395673`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B26,C6
`Chr4:52395673`	`CG`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B26,C6
`Chr4:52395827`	`AGG`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	52	A1,A18,A4,A8,A9,B105,B109,B126,B129,B13,B134,B138,B15,B17,B19,B20,B23,B35,B44,B49,B52,B53,B54,B55,B57,B64,B72,B78,B88,B90,B92,C1,C14,C19,C31,C35,C40,C45,C46,C49,C50,C52,C53,C55,C74,C75,C77,C78,C8,C81,C9,D1
`Chr4:52395963`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A25,B36,B94,C27
`Chr4:52395986`	`A`	`ATC`	2bp_insertion	frameshift_variant	6	B10,B66,B75,C3,C73,C74
`Chr4:52396034`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A2,C42,C80
`Chr4:52396282`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	32	A10,A24,B102,B105,B123,B125,B131,B132,B14,B25,B28,B31,B36,B40,B44,B55,B60,B72,B89,B95,B98,C33,C42,C55,C59,C62,C64,C67,C75,C83,D4,D8
`Chr4:52396348`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B19
`Chr4:52396425`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A21,B82
`Chr4:52396574`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C21,C81
`Chr4:52396617`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B19

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809128.1

537 aa

268

537

GUX1-5_N

Glyco_transf_8

PF28720 GUX1-5_N 54-222 aa PF01501 Glyco_transf_8 256-358 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057809128.1`	Pfam	`PF28720`	GUX1-5_N	Domain	54	222	6.4e-38	130.9	GUX1-5 N-terminal domain
`XP_057809128.1`	Pfam	`PF01501`	Glyco_transf_8	Family	256	358	1.2e-15	58.5	Glycosyl transferase family 8

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057953145.1
ATGGCGTCTAAGCCCTTCACCTTTTACGTAATTCTTTTCTTGACACCCCTCATAACTCTCAACATCCAATACCTCAGACACCTGCATGCAAACGTCCCAAATGCACCAATCTACCCTAAACCAGCCATGAACCCCAGTTGGTTCGAGTTCGTTGCACGAGAGTTAGGAGATGATAACATCAACATTGCATTGGTGAACATGGACGAGACGACGATGACAGACAAGGACGTTCCCACCAAAGGGAAGATCGTTACGGTGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023603
ATGGCGTCTAAGCCCTTCACCTTTTACGTAATTCTTTTCTTGACACCCCTCATAACTCTCAACATCCAATACCTCAGACACCTGCATGCAAACGTCCCAAATGCACCAATCTACCCTAAACCAGCCATGAACCCCAGTTGGTTCGAGTTCGTTGCACGAGAGTTAGGAGATGATAACATCAACATTGCATTGGTGAACATGGACGAGACGACGATGACAGACAAGGACGTTCCCACCAAAGGGAAGATCGTTACGGTGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057809128.1
MASKPFTFYVILFLTPLITLNIQYLRHLHANVPNAPIYPKPAMNPSWFEFVARELGDDNINIALVNMDETTMTDKDVPTKGKIVTVDFRPVDKATQWSNLYPVWIVENSAKCPKIPMPMFENYEDLDVVVARVPSNECVEVAVRDVFRLQVNLVVANLLVRCGRLESGVKKRPIFAVFIGSSGPMWEIFRCDDLVLHDADSWIYKPQLTRMKQIVLMPVGTCQLNPPSAHFGEELWMQTEDERIMKQPREAYSSILHSSE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器