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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003608

染色体: Chr04 坐标: 52553997-52557872 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003608
名称SmilChr04G003608
描述BTB/POZ domain-containing protein At3g05675
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向52553997 - 52557872 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020482
GeneID131020482
locus_tag-
NCBI NameLOC131020482
原始查询SmilChr04G003608

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述BTB/POZ domain-containing protein At3g05675
产物BTB/POZ domain-containing protein At3g05675
ArabidopsisAT3G05675 (AT3G05675)
BTB/POZ domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819735]
identity=59.4; qcov=0.993; evalue=4.38e-109; confidence=high
RiceOs07g0668800 (P0625E02.114)
-
identity=46.4; qcov=1; evalue=1.99e-82; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF25553 (BTB-POZ_ANK-like)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020482

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057805307.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057805307.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057805307.1
4 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057805308.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057805307.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:52554659 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B2,C20,C73,D7
Chr4:52554709 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr4:52554920 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B85
Chr4:52554996 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C55
Chr4:52555101 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A7,B70,C23,C35,D1
Chr4:52555323 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B54
Chr4:52555362 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,C85
Chr4:52555426 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B59
Chr4:52555457 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805307.1
438 aa
N
1
219
438
BTB-POZ_ANK-like
C
PF25553 BTB-POZ_ANK-like 222-419 aa
XP_057805308.1
290 aa
N
1
145
290
BTB-POZ_ANK-like
C
PF25553 BTB-POZ_ANK-like 73-271 aa
XP_057805309.1
290 aa
N
1
145
290
BTB-POZ_ANK-like
C
PF25553 BTB-POZ_ANK-like 73-271 aa
XP_057805310.1
290 aa
N
1
145
290
BTB-POZ_ANK-like
C
PF25553 BTB-POZ_ANK-like 73-271 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057805307.1 Pfam PF25553 BTB-POZ_ANK-like Repeat 222 419 2.2e-08 34.5 BTB/POZ Ankyrin-like repeat
XP_057805308.1 Pfam PF25553 BTB-POZ_ANK-like Repeat 73 271 7.3e-09 36.1 BTB/POZ Ankyrin-like repeat
XP_057805309.1 Pfam PF25553 BTB-POZ_ANK-like Repeat 73 271 7.3e-09 36.1 BTB/POZ Ankyrin-like repeat
XP_057805310.1 Pfam PF25553 BTB-POZ_ANK-like Repeat 73 271 7.3e-09 36.1 BTB/POZ Ankyrin-like repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949324.1
ACATGGTGGTATGTTTATTGAACCATAAAGAAAATAAAATAAAAAAACATTTTCTTCCGGAAATCCAAGAGGGGAATTCCCCATTTTTCTTCTCTCACAAAATCAAATCCCTAACTCTCTCTCCCTCCTCTTCTCCTCCGGCGAAAATTCGCCTTTCGACCACCCAGTACCGCCGCCGCCTTATCATTTTCTCGTCCCCTGTCCGACGGCGAGCGCACGCCGCAGCCGCCGCCCAACGTGACGACTTCAGCAGCAGCCGT...
XM_057949327.1
GGTGGTATGTTTATTGAACCATAAAGAAAATAAAATAAAAAAACATTTTCTTCCGGAAATCCAAGAGGGGAATTCCCCATTTTTCTTCTCTCACAAAATCAAATCCCTAACTCTCTCTCCCTCCTCTTCTCCTCCGGCGAAAATTCGCCTTTCGACCACCCAGTACCGCCGCCGCCTTATCATTTTCTCGTCCCCTGTCCGACGGCGAGCGCACGCCGCAGCCGCCGCCCAACGTGACGACTTCAGCAGCAGCCGTTCGG...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131020482
ATGGAACTATCTGATAAGGAATCTAGGACGCCGTGCAGGATTGGTGACAGATCTACTAGCGACGTTGTTGTAAGGATTAGAACACAGGAAGGGCGTGATGATTGGATATACTGTCACTCACATATACTTGTAGACAAAAGCAAGTATTTTGCTGACCGGTTATCTGACAGTTGGCCAACATGCCAGATTCTTGACTCGCGTAACTGCGTTGAGGTTTATTGTGAAGAATCAGATTTTGACCATCATATTGTCATTCTTAG...
LOC131020482
ATGGGATCTCCAGCAGAAACGATACTTGCTCGTCTGCAGCCAGTCAATCCTTTGGCTGTTGTTAAGATCTTCGTTTCAGCCATCCAATTTGCCACATCATCTCCACCATCTTCGATGAATGATCTGAAGGTCTCATCTCAGGAGCAGCTTGAGTACCTGCTGACTGAGGATGACGATGCTCCTTTGTTAACCGCTGATGATGAAATTAAAATGGAAGCAAAGTTATGCGTCAATAGGTTATTGATGAGATTTGTTAACCT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057805307.1
MELSDKESRTPCRIGDRSTSDVVVRIRTQEGRDDWIYCHSHILVDKSKYFADRLSDSWPTCQILDSRNCVEVYCEESDFDHHIVILRLFYITSDVTVTDIGSVKNALGILRVAIHLECPQIVSTCVGYLEAVPWDESEEDEILKVIPGMGSPAETILARLQPVNPLAVVKIFVSAIQFATSSPPSSMNDLKVSSQEQLEYLLTEDDDAPLLTADDEIKMEAKLCVNRLLMRFVNLVESLVGDLQESMAEAAKIELFQAYL...
XP_057805308.1
MGSPAETILARLQPVNPLAVVKIFVSAIQFATSSPPSSMNDLKVSSQEQLEYLLTEDDDAPLLTADDEIKMEAKLCVNRLLMRFVNLVESLVGDLQESMAEAAKIELFQAYLNDLSWASQIVTKLEISSDFVLTWVETSVKIVKVAEEACRESSLQIQVKVLEVAAKVLEAIGYGTLILPTTKRLQMVKVWLPFVRLVKPSVDSVTSDDDNDMMLKSNDELWQSLESAFVSMILALPSSDQAEILTEWFENKQIRYPDLT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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