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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003617

染色体: Chr04 坐标: 52669016-52671347 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003617
名称SmilChr04G003617
描述polyubiquitin-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向52669016 - 52671347 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020491
GeneID131020491
locus_tag-
NCBI NameLOC131020491
原始查询SmilChr04G003617

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述polyubiquitin-like
产物polyubiquitin-like
ArabidopsisAT4G05320 (UBQ10)
polyubiquitin 10 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825880]
identity=99.8; qcov=0.996; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0681400 (Ubi1)
-
identity=99.8; qcov=0.996; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0016567 (protein ubiquitination); GO:0019941 (modification-dependent protein catabolic process); GO:0031386 (protein tag activity); GO:0031625 (ubiquitin protein ligase binding)
KEGGsmil04120 (Ubiquitin mediated proteolysis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00240 (ubiquitin); PF11976 (Rad60-SLD); PF13881 (Rad60-SLD_2); PF14560 (Ubiquitin_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020491

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057805325.1
2 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057805325.1
3 Nucleoplasm 核质 0.80000 XP_057805325.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057805325.1
5 Nuclear body 核内小体 0.20000 XP_057805325.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:52669230 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 1 B131
Chr4:52669230 A AT 1bp_insertion CDS_variant 1 B131
Chr4:52669235 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr4:52669236 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 1 B131
Chr4:52669236 G GC 1bp_insertion CDS_variant 1 B131
Chr4:52669252 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr4:52669351 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr4:52669378 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B72,C45
Chr4:52669566 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B49
Chr4:52669626 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B132,B45,C35
Chr4:52669627 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B132,B45,C35
Chr4:52669630 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B132,B45,C35

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805325.1
458 aa
N
1
229
458
Rad60-SLD
ubiquitin
Ubiquitin_2
Rad60-SLD
ubiquitin
Ubiquitin_2
Rad60-SLD
ubiquitin
Ubiquitin_2
Rad60-SLD
ubiquitin
Ubiquitin_2
Rad60-SLD
ubiquitin
Rad60-SLD_2
Ubiquitin_2
Rad60-SLD
ubiquitin
Ubiquitin_2
C
PF11976 Rad60-SLD 1-71 aa PF00240 ubiquitin 3-74 aa PF14560 Ubiquitin_2 12-69 aa PF11976 Rad60-SLD 77-147 aa PF00240 ubiquitin 79-150 aa PF14560 Ubiquitin_2 87-145 aa PF11976 Rad60-SLD 153-223 aa PF00240 ubiquitin 155-226 aa PF14560 Ubiquitin_2 163-221 aa PF11976 Rad60-SLD 229-299 aa PF00240 ubiquitin 231-302 aa PF14560 Ubiquitin_2 239-297 aa PF11976 Rad60-SLD 305-375 aa PF00240 ubiquitin 307-378 aa PF13881 Rad60-SLD_2 313-375 aa PF14560 Ubiquitin_2 315-373 aa PF11976 Rad60-SLD 381-451 aa PF00240 ubiquitin 383-454 aa PF14560 Ubiquitin_2 391-449 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057805325.1 Pfam PF11976 Rad60-SLD Family 1 71 2.8e-104 341.7 Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like
XP_057805325.1 Pfam PF00240 ubiquitin Domain 3 74 8.2e-195 631.7 Ubiquitin family
XP_057805325.1 Pfam PF14560 Ubiquitin_2 Domain 12 69 3.1e-32 111.6 Ubiquitin-like domain
XP_057805325.1 Pfam PF11976 Rad60-SLD Family 77 147 2.8e-104 341.7 Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like
XP_057805325.1 Pfam PF00240 ubiquitin Domain 79 150 8.2e-195 631.7 Ubiquitin family
XP_057805325.1 Pfam PF14560 Ubiquitin_2 Domain 87 145 3.1e-32 111.6 Ubiquitin-like domain
XP_057805325.1 Pfam PF11976 Rad60-SLD Family 153 223 2.8e-104 341.7 Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like
XP_057805325.1 Pfam PF00240 ubiquitin Domain 155 226 8.2e-195 631.7 Ubiquitin family
XP_057805325.1 Pfam PF14560 Ubiquitin_2 Domain 163 221 3.1e-32 111.6 Ubiquitin-like domain
XP_057805325.1 Pfam PF11976 Rad60-SLD Family 229 299 2.8e-104 341.7 Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like
XP_057805325.1 Pfam PF00240 ubiquitin Domain 231 302 8.2e-195 631.7 Ubiquitin family
XP_057805325.1 Pfam PF14560 Ubiquitin_2 Domain 239 297 3.1e-32 111.6 Ubiquitin-like domain
XP_057805325.1 Pfam PF11976 Rad60-SLD Family 305 375 2.8e-104 341.7 Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like
XP_057805325.1 Pfam PF00240 ubiquitin Domain 307 378 8.2e-195 631.7 Ubiquitin family
XP_057805325.1 Pfam PF13881 Rad60-SLD_2 Domain 313 375 1.7e-19 70.7 Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like
XP_057805325.1 Pfam PF14560 Ubiquitin_2 Domain 315 373 3.1e-32 111.6 Ubiquitin-like domain
XP_057805325.1 Pfam PF11976 Rad60-SLD Family 381 451 2.8e-104 341.7 Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like
XP_057805325.1 Pfam PF00240 ubiquitin Domain 383 454 8.2e-195 631.7 Ubiquitin family
XP_057805325.1 Pfam PF14560 Ubiquitin_2 Domain 391 449 3.1e-32 111.6 Ubiquitin-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949342.1
GAGCAGATATTTCGGGCGAGAAAGGCGGTTCACCCTACCCAACCTCTATATAAGCTCACCCTCACACTTTCCGTTCCCTCATATCGATTTCTCCCATCAATTTCCCCTCTCTGCCCCCTCATCAATTTACTCGAGTTTTCGTCATTCCGGCACTCCTTCAAGATGCAGATCTTTGTTAAGACTCTAACTGGCAAGACTATAACTCTTGAGGTCGAGAGTTCTGATACTATTGACAATGTCAAGGCCAAGATTCAAGATAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020491
ATGCAGATCTTTGTTAAGACTCTAACTGGCAAGACTATAACTCTTGAGGTCGAGAGTTCTGATACTATTGACAATGTCAAGGCCAAGATTCAAGATAAGGAAGGGATTCCACCGGATCAACAAAGGCTGATATTTGCTGGAAAACAACTTGAAGATGGCAGGACCCTAGCAGATTACAATATCCAAAAGGAGTCCACACTTCACCTTGTCCTTCGCCTGCGTGGTGGAATGCAAATATTTGTGAAAACCCTCACCGGAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057805325.1
MQIFVKTLTGKTITLEVESSDTIDNVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLADYNIQKESTLHLVLRLRGGMQIFVKTLTGKTITLEVESSDTIDNVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLADYNIQKESTLHLVLRLRGGMQIFVKTLTGKTITLEVESSDTIDNVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLADYNIQKESTLHLVLRLRGGMQIFVKTLTGKTITLEVESSDTIDNVKAKIQD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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