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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003619

染色体: Chr04 坐标: 52685380-52685910 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003619
名称SmilChr04G003619
描述uncharacterized SmilChr04G003619
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向52685380 - 52685910 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023607
GeneID131023607
locus_tag-
NCBI NameLOC131023607
原始查询SmilChr04G003619

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830516]; symbol=AT5G06280; hit=AT5G06280; species=arabidopsis; confidence=low
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830516]; symbol=AT5G06280; hit=AT5G06280; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT5G06280 (AT5G06280)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830516]
identity=40.2; qcov=0.665; evalue=1.66e-15; confidence=low
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023607

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057809132.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057809132.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057809132.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057809132.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057809132.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:52685382 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B111
Chr4:52685400 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B48,C2,C43,C56
Chr4:52685402 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B22
Chr4:52685409 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B111,B77,C17,C76
Chr4:52685412 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B115,B16,B70
Chr4:52685413 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B5,B98,C2,C45
Chr4:52685425 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 45 A1,A10,A14,A5,A6,A9,B108,B109,B11,B122,B128,B13,B132,B33,B41,B58,B60,B81,B82,B87,B96,C10,C17,C19,C20,C26,C31,C34,C39,C46,C52,C54,C55,C57,C63,C64,C66,C70,C74,C77,C79,D1,D5,D8,D9
Chr4:52685439 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B115,B39,C13,D6
Chr4:52685447 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B22,C34,C60,D5
Chr4:52685467 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B94,C55
Chr4:52685474 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B115
Chr4:52685477 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A1,B62,B65,B75

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057953149.1
ATGAATCCAAATCCTCTCAACTCTGAAGTCCCGGCCTCCATGGCAGACGTCGTCGTATCGATACCGGCGCAGCCTAGCGAGCATCCGCTCCTCCGCCGCCGGAGTTCAATCCCCTCCTCGATCGTAGTAGCGCCGACCAAGCTCAATCTCCTCTACCACCACCACCACAGCTCGTCGACGACGACCTCCGCCACCACGTCGTCGTCTTCCGACGATCTCGAGCTGCTGTCGATCAAGCCTAATTCTCACAGCTACACCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023607
ATGAATCCAAATCCTCTCAACTCTGAAGTCCCGGCCTCCATGGCAGACGTCGTCGTATCGATACCGGCGCAGCCTAGCGAGCATCCGCTCCTCCGCCGCCGGAGTTCAATCCCCTCCTCGATCGTAGTAGCGCCGACCAAGCTCAATCTCCTCTACCACCACCACCACAGCTCGTCGACGACGACCTCCGCCACCACGTCGTCGTCTTCCGACGATCTCGAGCTGCTGTCGATCAAGCCTAATTCTCACAGCTACACCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057809132.1
MNPNPLNSEVPASMADVVVSIPAQPSEHPLLRRRSSIPSSIVVAPTKLNLLYHHHHSSSTTTSATTSSSSDDLELLSIKPNSHSYTSLKDLLPTTAVNSPRPSSTQGGSDICIRNRLVKQAAWAYLQPMSTSPGSADGGFLGRICPRLAALFDLVRRSVARAINWTLQIVWIRCSR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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