当前解析结果
SmilChr04G003622| 统一新 Gene ID | SmilChr04G003622 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G003622 |
| 描述 | transcription repressor OFP15-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 52722899 - 52723873 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131020495 |
|---|---|
| GeneID | 131020495 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131020495 |
| 原始查询 | SmilChr04G003622 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | transcription repressor OFP15-like |
| 产物 | transcription repressor OFP15-like |
| Arabidopsis | AT5G04820 (OFP13)ovate family protein 13 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830361] identity=47; qcov=0.548; evalue=8.79e-23; confidence=medium |
| Rice | Os01g0863800 (OsOFP5)- identity=39.1; qcov=0.938; evalue=2.39e-28; confidence=medium |
| GO | GO:0045892 (negative regulation of DNA-templated transcription) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04844 (Ovate) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131020495 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057805329.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057805329.1 |
| 3 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.20000 | XP_057805329.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057805329.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057805329.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:52723157 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B112,B26,B99 |
Chr4:52723234 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 3 | B62,C59,C67 |
Chr4:52723234 |
TC |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 3 | B62,C59,C67 |
Chr4:52723256 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B112,B26,B99 |
Chr4:52723330 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B52 |
Chr4:52723502 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B94 |
Chr4:52723617 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B35,C15 |
Chr4:52723679 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C83 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057805329.1PF04844
Ovate 111-166 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057805329.1 |
Pfam | PF04844 |
Ovate | Family | 111 | 166 | 4.1e-22 | 78.7 | Transcriptional repressor, ovate |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。