当前解析结果
SmilChr04G003626| 统一新 Gene ID | SmilChr04G003626 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G003626 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr04G003626 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 52744509 - 52747697 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131020499 |
|---|---|
| GeneID | 131020499 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131020499 |
| 原始查询 | SmilChr04G003626 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os02g0536400; species=rice; confidence=weak |
| 产物 | hit=Os02g0536400; species=rice; confidence=weak |
| Arabidopsis | AT5G54900 (RBP45A)RNA-binding protein 45A [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835581] identity=38.6; qcov=0.109; evalue=1.34e-06; confidence=weak |
| Rice | Os02g0536400- identity=54.4; qcov=0.144; evalue=1.82e-27; confidence=weak |
| GO | GO:0003723 (RNA binding); GO:0008270 (zinc ion binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00076 (RRM_1); PF00098 (zf-CCHC) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131020499 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057805334.1 |
| 2 | Nuclear speckle | 核斑点 | 0.80000 | XP_057805334.1 |
| 3 | Nucleoplasm | 核质 | 0.40000 | XP_057805334.1 |
| 4 | Nuclear body | 核内小体 | 0.20000 | XP_057805334.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057805334.1 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057805334.1PF00076
RRM_1 4-63 aa
PF00098
zf-CCHC 237-252 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057805334.1 |
Pfam | PF00076 |
RRM_1 | Domain | 4 | 63 | 1.5e-08 | 35.1 | RNA recognition motif |
XP_057805334.1 |
Pfam | PF00098 |
zf-CCHC | Domain | 237 | 252 | 7.6e-05 | 23.3 | Zinc knuckle |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。