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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G003628`

染色体: Chr04 坐标: 52780274-52788082 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G003628`
名称	SmilChr04G003628
描述	uncharacterized SmilChr04G003628
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	52780274 - 52788082 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131020501`
GeneID	`131020501`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131020501`
原始查询	`SmilChr04G003628`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os08g0315200` - identity=35.3; qcov=0.464; evalue=3.08e-26; confidence=medium
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF00098 (zf-CCHC); PF03732 (PEG10_N-capsid); PF19259 (Ty3_capsid)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131020501

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057805335.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057805335.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057805335.1`
4	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057805335.1`
5	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.20000	`XP_057805335.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:52786845`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B87
`Chr4:52786865`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B40,B67,C46
`Chr4:52786866`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B121,B72,C73
`Chr4:52786898`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A19,B118,B45
`Chr4:52786926`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C2,C55
`Chr4:52786945`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C61
`Chr4:52786966`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B36
`Chr4:52786984`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B26
`Chr4:52787016`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C74
`Chr4:52787076`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B44
`Chr4:52787076`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B44
`Chr4:52787185`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805335.1

360 aa

180

360

Ty3_capsid

PEG10_N-capsid

zf-CCHC

PF19259 Ty3_capsid 39-206 aa PF03732 PEG10_N-capsid 48-127 aa PF00098 zf-CCHC 294-310 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057805335.1`	Pfam	`PF19259`	Ty3_capsid	Domain	39	206	1.3e-08	35.2	Ty3 transposon capsid-like protein
`XP_057805335.1`	Pfam	`PF03732`	PEG10_N-capsid	Domain	48	127	7.2e-15	55.8	Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain
`XP_057805335.1`	Pfam	`PF00098`	zf-CCHC	Domain	294	310	1.8e-05	25.3	Zinc knuckle

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XR_009100716.1
CTCACCATTTCTCCTACATACCAAGGAACAAGTGCAGAGGTAAGAACTGCAATCATAATTTCATAATTTAATTCTTACAACCTTCAGCAACTCCCAAGCTCTCTCTCTCTAAAAAAAAAAAAAACGCCACTGCCCATGTAAGTTTGGAACTTTGAAATTCTTTCATTTCTTCCTTGTCTCTCTTGCAAATTTTGAATAAAGCAACATCTGAAATTCTTGTACAACTCCATTCACAGAAGCTTAGTAAACAACAACAAATA...

XM_057949352.1
TTGAGTATTCCACCAAGATAGATCAGTTTTCACATAGAGTTGGCCTTTCATAGGGTTACACTATAGAAGCAATATACTTTAAGTATATCTATGTATGTATATATATGTATGCATGCATACAGAATGAGTCTCACTTTTGTGTTATTTTCGTTCGTAAACTAGAATGGAAGACGCACAAAGAGGACGCGGTAGGGGACGAGGACGTGGTCGTGGTCGTGGTCGCGGACGCGGCAGAGGATTTATCCCTGAAGAGCCAATCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131020501
ATGGAAGACGCACAAAGAGGACGCGGTAGGGGACGAGGACGTGGTCGTGGTCGTGGTCGCGGACGCGGCAGAGGATTTATCCCTGAAGAGCCAATCCAACAAGTAGCACCAAATCGTACTGCTGAAGAGAAGTTCCGCAAGGAAAAACCTCCAACATTTGACGGGCTGGGCGACCCAACAGACGCCGAAAAGTGGATTAGGGCCATAGAGCGTATCTTTAACTACATCCGTTGCGAGGACGAAGACAAAGTAACTTGTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057805335.1
MEDAQRGRGRGRGRGRGRGRGRGRGFIPEEPIQQVAPNRTAEEKFRKEKPPTFDGLGDPTDAEKWIRAIERIFNYIRCEDEDKVTCATYQLVDEADFWWESVRRTMTEEQWENFTWKDFKTELYEKYIPGCYRQKKQNEFWNLKQRAGTVTEYDRAFNQLSRYAPTLVDTDEKRAEKFRNGLRHEISISLASQGGLTYAQTLSRALTIESLLPKEKGKAPGQSGFVPPQDGGKGKRKWNEGTGGNPGNGNGKKPWVANQN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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