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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003632

染色体: Chr04 坐标: 52826978-52829790 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003632
名称SmilChr04G003632
描述serine/threonine protein phosphatase 2A 57 kDa regulatory subunit B' beta isoform
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向52826978 - 52829790 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020506
GeneID131020506
locus_tag-
NCBI NameLOC131020506
原始查询SmilChr04G003632

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述serine/threonine protein phosphatase 2A 57 kDa regulatory subunit B' beta isoform
产物serine/threonine protein phosphatase 2A 57 kDa regulatory subunit B' beta isoform
ArabidopsisAT5G03470 (ATB' ALPHA)
Protein phosphatase 2A regulatory B subunit family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831828]
identity=65.4; qcov=0.982; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0681800 (OSJNBb0070O09.3)
-
identity=65.5; qcov=0.855; evalue=0; confidence=high
GOGO:0000159 (protein phosphatase type 2A complex); GO:0007165 (signal transduction); GO:0019888 (protein phosphatase regulator activity)
KEGGsmil03015 (mRNA surveillance pathway - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04382 (Cornified envelope formation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF01603 (B56)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020506

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057805338.1
2 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057805338.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057805338.1
4 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057805338.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057805338.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805338.1
495 aa
N
1
248
495
B56
C
PF01603 B56 78-489 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057805338.1 Pfam PF01603 B56 Repeat 78 489 2.6e-180 600.5 Protein phosphatase 2A regulatory B subunit (B56 family)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949355.1
GATTCGTTCCAATACAGTTCTCTCCATTCAGCTCCTCCGATCGCCGGGGCATTCCGATCTCCGGCGATCCATGATCGCCTCTCCAACTCGCCGCATTGTCTTCCGGCGCGGTTCTGCAATAGATACGTTTTTCACTTCTATTGCATAATCGTTAAATCGTTTCTAGATTTATTATCTTATGGATCCATCTCTAGCTTTCGTTTTTCCGATTTGCGAAAACCTAGATATGTAGAATATAGTTTTCCTTATTCACATATACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020506
ATGTATATGCATACATACGCCGAGATGTTGCACAGGATAATCAAGAGAGGCCACCGCAAGGTGGCGAAATCCGATGTTGATTTTGCCCATCCGCCACCGGGGCGGAGCTCCGGCACCGACCTCGTCGTGTGCCACGCCTCCCGCGGCGTCGCGCTGCCAAATTTACCCCAGCAGCCGCAAATGCCTGCTGCCGCTGCGCCGGAGCGGTCGCCTCTCGGCACAATTGAAAATCTACCGACGTTTCGAGATGCTGTGGCTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057805338.1
MYMHTYAEMLHRIIKRGHRKVAKSDVDFAHPPPGRSSGTDLVVCHASRGVALPNLPQQPQMPAAAAPERSPLGTIENLPTFRDAVAVDRQDLFLRKLKICCVQFDFSDTLKMAKEKDIKRQTLIELVEFIQSGSSKITETNQGELVKMISTNIFRCLPPASHESTGCENAEAEEENPFFDPSWPHLHLVYELLLRYVVASDTDTKTAKRYIDHFFVMKLLDLFDSDDPRERECVKTILHRIYGKFMVHRPFIRKAINNIF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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