Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003633

染色体: Chr04 坐标: 52834489-52837820 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003633
名称SmilChr04G003633
描述ACT domain-containing protein ACR10-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向52834489 - 52837820 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020507
GeneID131020507
locus_tag-
NCBI NameLOC131020507
原始查询SmilChr04G003633

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ACT domain-containing protein ACR10-like
产物ACT domain-containing protein ACR10-like
ArabidopsisAT2G36840 (ACR10)
ACT-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818257]
identity=57.2; qcov=1.01; evalue=2.22e-167; confidence=high
RiceOs09g0570900 (B1331F11.3-1)
-
identity=55.2; qcov=1.01; evalue=5.88e-163; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF01842 (ACT); PF24914 (ACR10_N); PF24926 (ACT_ACR9_C); PF24931 (ACT_ACR9_3rd)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020507

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057805339.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057805339.1
3 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057805339.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057805339.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057805339.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:52836284 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C43

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805339.1
412 aa
N
1
206
412
ACR10_N
ACT
ACT_ACR9_3rd
ACT_ACR9_C
C
PF24914 ACR10_N 11-86 aa PF01842 ACT 111-170 aa PF24931 ACT_ACR9_3rd 234-332 aa PF24926 ACT_ACR9_C 333-409 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057805339.1 Pfam PF24914 ACR10_N Domain 11 86 2.8e-44 149.1 ACT domain-containing protein ACR10, N-terminal
XP_057805339.1 Pfam PF01842 ACT Domain 111 170 3.4e-12 46.6 ACT domain
XP_057805339.1 Pfam PF24931 ACT_ACR9_3rd Domain 234 332 3.8e-52 175.1 ACR9-like, ACT-like domain
XP_057805339.1 Pfam PF24926 ACT_ACR9_C Domain 333 409 3.6e-38 130.1 ACT domain-containing protein ACR9, C-terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949356.1
AAATTCATTAAAAAAAAAGTGTTAGCTGATTCACAACACGAACATGCCAATTCCACCATTTTCTTCGATTCAAAGCAAAATCCAGATATCCCCACAAATCTTTTTTTTCCCCTCGCATTCCTTTTCAACCATTGTTACTTTCACCCACATGTTTGGCCGCCCGAAAACTACTACTTTTCCACTCGCCCTCTCTGCTTCACATATATGGCAAAAAGGGCGCAAAGACCACAGCATGACATAGACAGATCAATCGCATTCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020507
ATGGGGATAGTGTACGAGATCGCTGTGATGATTAGGCAGTCGGAGAGAGAAGAGGAGCCTAGTGTTATAACCGTGAATTGTCCGGACAAGACTGGTCTAGGCTGTGATCTTTGCCGCATAATTCTCTTTTTTGGACTCACTGTTGTTAGAATCGATGTATCAACCGATGGGAAATGGTGCTACATAGTGTTTTGGGTGGAGGGGAAATCGAGCACGCGATGGGGATTGCTGAAGAACAGATTGATGGGGGTTTGCCCTTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057805339.1
MGIVYEIAVMIRQSEREEEPSVITVNCPDKTGLGCDLCRIILFFGLTVVRIDVSTDGKWCYIVFWVEGKSSTRWGLLKNRLMGVCPSFLLANGISYDGPEMRPPKPPNVYLLKFCCYDRRGLLHDVTGVLCELELTIKRVKVSTTPDGKVMDLFFITDSRELLHTEKRKEDTCDHLKAVFGEGAISCEIERVGPEITSSSQGPSFFSDGITEDMFNVEMLNQNEDDPIAFKCPSITMDNMLSPSHTLVQIVCQDHKGLLY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器