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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003650

染色体: Chr04 坐标: 52994170-53000875 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003650
名称SmilChr04G003650
描述TSL-kinase interacting protein 1
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向52994170 - 53000875 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020523
GeneID131020523
locus_tag-
NCBI NameLOC131020523
原始查询SmilChr04G003650

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述TSL-kinase interacting protein 1
产物TSL-kinase interacting protein 1
ArabidopsisAT2G36960 (TKI1)
TSL-kinase interacting protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818270]
identity=47.9; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0241100
-
identity=46; qcov=0.952; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003682 (chromatin binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0007389 (pattern specification process)
KEGG-
PfamPF00249 (Myb_DNA-binding)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020523

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057805364.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057805364.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057805364.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057805364.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057805364.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:52995322 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C36
Chr4:52996935 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A13,B15,C26,D10,D11
Chr4:52997003 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B106,B50,B6,B81,C63
Chr4:52997029 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C36
Chr4:52998593 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B23,B68,B72,C10
Chr4:52998787 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr4:52998899 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B59
Chr4:52999298 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B56,B78,B96
Chr4:52999315 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,B37,C2
Chr4:52999733 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B24,B28,B30
Chr4:52999765 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B73
Chr4:52999943 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B71

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805364.1
770 aa
N
1
385
770
Myb_DNA-binding
C
PF00249 Myb_DNA-binding 50-92 aa
XP_057805366.1
770 aa
N
1
385
770
Myb_DNA-binding
C
PF00249 Myb_DNA-binding 50-92 aa
XP_057805367.1
770 aa
N
1
385
770
Myb_DNA-binding
C
PF00249 Myb_DNA-binding 50-92 aa
XP_057805368.1
770 aa
N
1
385
770
Myb_DNA-binding
C
PF00249 Myb_DNA-binding 50-92 aa
XP_057805369.1
770 aa
N
1
385
770
Myb_DNA-binding
C
PF00249 Myb_DNA-binding 50-92 aa
XP_057805370.1
770 aa
N
1
385
770
Myb_DNA-binding
C
PF00249 Myb_DNA-binding 50-92 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057805364.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 50 92 1.4e-07 32.2 Myb-like DNA-binding domain
XP_057805366.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 50 92 1.4e-07 32.2 Myb-like DNA-binding domain
XP_057805367.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 50 92 1.4e-07 32.2 Myb-like DNA-binding domain
XP_057805368.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 50 92 1.4e-07 32.2 Myb-like DNA-binding domain
XP_057805369.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 50 92 1.4e-07 32.2 Myb-like DNA-binding domain
XP_057805370.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 50 92 1.4e-07 32.2 Myb-like DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949383.1
AATTTATTGCATCATAGAATTAAGCCCCAATTCCTCCAAATAGGTCCAAGGGTTATTAACCTTCAAATAAAAGACAATTCATCAAATAGGTGGCACTTTCTTCTGCCGCCAGCGTTATTAGAAGTATCGAACTAGACGTGGAAATTTGAAGATGCACGAAGGATTAGCGTTTGCGTGATGAGAAAGATATTAAAATGGTGACACAGGTTTCATTGGACTGTGAACTTTGTCTTTGTCCTGATAATCTTGGAAATAAGGAT...
XM_057949381.1
ATTCATCAAATAGGTGGTGTGTATCCCTTGCTTTTATTGCTTTTTTCCTATATTTTTCTGCTCAATTTCAAAGGCTCTTGGTATTATTTTAATCTTTAACTGCAGTTCATCTCAGCACTTTCTTCTGCCGCCAGCGTTATTAGAAGTATCGAACTAGACGTGGAAATTTGAAGATGCACGAAGGATTAGCGTTTGCGTGATGAGAAAGATATTAAAATGGTGACACAGGTTTCATTGGACTGTGAACTTTGTCTTTGTCC...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC131020523
ATGGTGACACAGGTTTCATTGGACTGTGAACTTTGTCTTTGTCCTGATAATCTTGGAAATAAGGATGGGAATTCTAGCATTCCCTCATCCTCACAGGAACAAGCTGCTCCGCAGATGCCTGTGAAAAAACCGACAAGACAATGGGCTGCTTGGACCCGTCAGGAAGAAGAAAGCTTTTTTGCCGCTTTGCGGCAAGTTGGCAAGAATTTTGAGAAAATCACTTCACGTGTCCAGAGCAAAAACAAGGATCAGGTTAGGCA...
LOC131020523
ATGGTGACACAGGTTTCATTGGACTGTGAACTTTGTCTTTGTCCTGATAATCTTGGAAATAAGGATGGGAATTCTAGCATTCCCTCATCCTCACAGGAACAAGCTGCTCCGCAGATGCCTGTGAAAAAACCGACAAGACAATGGGCTGCTTGGACCCGTCAGGAAGAAGAAAGCTTTTTTGCCGCTTTGCGGCAAGTTGGCAAGAATTTTGAGAAAATCACTTCACGTGTCCAGAGCAAAAACAAGGATCAGGTTAGGCA...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057805364.1
MVTQVSLDCELCLCPDNLGNKDGNSSIPSSSQEQAAPQMPVKKPTRQWAAWTRQEEESFFAALRQVGKNFEKITSRVQSKNKDQVRHYYYRLVRRMNKLLGPELCLDAKNSKDTNAAMLRWWSLLEKYSCKASKLHLKPRRFKIFVETLENQLLRDRKKNTKKRLSTGENNTSVPNITNQVKASGHDNRAVKMVLLDSQNIEKVGTGKGSLFKRHANIGMSRNNCKVDQASVKTVKHRRKNGLASAAAYKRWEKAAIAGV...
XP_057805366.1
MVTQVSLDCELCLCPDNLGNKDGNSSIPSSSQEQAAPQMPVKKPTRQWAAWTRQEEESFFAALRQVGKNFEKITSRVQSKNKDQVRHYYYRLVRRMNKLLGPELCLDAKNSKDTNAAMLRWWSLLEKYSCKASKLHLKPRRFKIFVETLENQLLRDRKKNTKKRLSTGENNTSVPNITNQVKASGHDNRAVKMVLLDSQNIEKVGTGKGSLFKRHANIGMSRNNCKVDQASVKTVKHRRKNGLASAAAYKRWEKAAIAGV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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