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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G003655`

染色体: Chr04 坐标: 53033879-53036528 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G003655`
名称	SmilChr04G003655
描述	50S ribosomal protein L3-2, mitochondrial-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	53033879 - 53036528 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131020528`
GeneID	`131020528`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131020528`
原始查询	`SmilChr04G003655`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	50S ribosomal protein L3-2, mitochondrial-like
产物	50S ribosomal protein L3-2%2C mitochondrial-like
Arabidopsis	`AT3G17465` (RPL3P) ribosomal protein L3 plastid [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821011] identity=79.2; qcov=0.787; evalue=1.18e-46; confidence=medium
Rice	`Os01g0251100` - identity=79.2; qcov=0.828; evalue=7.2e-51; confidence=high
GO	GO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0005762 (mitochondrial large ribosomal subunit); GO:0005840 (ribosome); GO:0006412 (translation)
KEGG	-
Pfam	PF00297 (Ribosomal_L3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131020528

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057805376.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057805378.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057805376.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057805376.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057805376.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:53034093`	`C`	`CG`	1bp_insertion	frameshift_variant	67	A10,A11,A14,A23,B10,B102,B103,B105,B108,B109,B111,B118,B119,B123,B129,B130,B134,B135,B14,B30,B34,B36,B38,B39,B4,B40,B46,B47,B49,B53,B66,B70,B73,B74,B76,B79,B8,B87,B91,B95,B96,C12,C19,C2,C20,C24,C28,C31,C4,C40,C50,C51,C54,C57,C58,C59,C69,C71,C72,C75,C77,C79,C8,C83,D10,D3,D9
`Chr4:53034695`	`C`	`CAA`	2bp_insertion	frameshift_variant	58	A14,A21,A23,A8,B10,B103,B104,B105,B107,B120,B122,B123,B126,B127,B13,B140,B18,B22,B36,B38,B39,B4,B40,B54,B6,B74,B78,B83,B87,B88,B91,C13,C16,C20,C24,C25,C28,C33,C35,C39,C40,C41,C42,C5,C53,C54,C59,C63,C67,C68,C7,C74,C76,C77,C79,C87,D10,D8
`Chr4:53034762`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	22	A3,B102,B114,B2,B28,B30,B36,B37,B41,B46,B53,B56,B71,B72,B73,B85,B96,C2,C26,C49,C71,D5
`Chr4:53034846`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	6	B36,B56,B72,C26,C49,D5
`Chr4:53034847`	`G`	`GT`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B104
`Chr4:53034847`	`G`	`GT`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B104
`Chr4:53035576`	`GAA`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	106	A11,A14,A15,A2,A5,A7,A9,B10,B100,B101,B102,B103,B104,B105,B109,B111,B112,B114,B12,B122,B123,B125,B129,B13,B130,B133,B134,B135,B15,B16,B2,B20,B21,B23,B29,B30,B31,B33,B34,B38,B39,B40,B41,B48,B49,B52,B55,B56,B57,B60,B63,B67,B68,B69,B70,B74,B78,B79,B82,B85,B89,B9,B90,B92,B94,B96,B98,C1,C11,C12,C13,C14,C18,C19,C20,C22,C23,C24,C25,C26,C27,C28,C40,C41,C42,C43,C45,C46,C49,C51,C54,C55,C58,C59,C60,C69,C72,C77,C79,C80,C86,C9,D3,D4,D5,D7
`Chr4:53036240`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B4,B91,C5
`Chr4:53036251`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	7	A5,B23,B48,B60,B68,B98,D7
`Chr4:53036262`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	24	A15,A9,B112,B124,B125,B133,B16,B24,B28,B52,B55,B82,B88,B9,B90,B92,B98,C14,C22,C25,C43,C45,C72,C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805376.1

144 aa

144

Ribosomal_L3

PF00297 Ribosomal_L3 71-115 aa

XP_057805377.1

143 aa

143

Ribosomal_L3

PF00297 Ribosomal_L3 71-115 aa

XP_057805378.1

142 aa

142

Ribosomal_L3

PF00297 Ribosomal_L3 71-115 aa

XP_057805379.1

122 aa

122

Ribosomal_L3

PF00297 Ribosomal_L3 49-93 aa

XP_057805380.1

122 aa

122

Ribosomal_L3

PF00297 Ribosomal_L3 49-93 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057805376.1`	Pfam	`PF00297`	Ribosomal_L3	Family	71	115	2.5e-12	47.2	Ribosomal protein L3
`XP_057805377.1`	Pfam	`PF00297`	Ribosomal_L3	Family	71	115	2.7e-12	47.1	Ribosomal protein L3
`XP_057805378.1`	Pfam	`PF00297`	Ribosomal_L3	Family	71	115	2.8e-12	47.1	Ribosomal protein L3
`XP_057805379.1`	Pfam	`PF00297`	Ribosomal_L3	Family	49	93	1.8e-12	47.7	Ribosomal protein L3
`XP_057805380.1`	Pfam	`PF00297`	Ribosomal_L3	Family	49	93	1.8e-12	47.7	Ribosomal protein L3

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA

XM_057949397.1
TTCTTCGCTTCATGGTTGGTCAAAAACGGAATCTTTGAATATTGAAATTAATGTCTTAGCAAACTCAGAGTTTTCAGAGACCTTAACCTTAAGTTCACTTAATCTTGAAATTTAGAGTTGTCTTAATTGATTATTTTGGAAAATCTTGAAGCGCCGGTGACATGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATTAGGCCTTTGTGCGCTTCAGGTTCATATTCGCACAGAAATTTCCTTTTTCTTTCTACT...

XM_057949396.1
TTCTTCGCTTCATGGTTGGTCAAAAACGGAATCTTTGAATATTGAAATTAATGTCTTAGCAAACTCAGAGTTTTCAGAGACCTTAACCTTAAGTTCACTTAATCTTGAAATTTAGAGTTGTCTTAATTGATTATTTTGGAAAATCTTGAAGCGCCGGTGACATGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATTAGGCCTTTGTGCGCTTCAGCTAGATTGGATGTGGACAAAAAAAAAAGAGAAGCATTT...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA

LOC131020528
ATGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATTAGGCCTTTGTGCGCTTCAGATTGGATGTGGACAAAAAAAAAAGAGAAGCATTTGAGAGAGCCTGAAGTAGGTCATTTTAGAGCCCAAGGTGTGCCCATGAAAAGGAAGCTCAGGGAGTTTCCAGTGACTGAGGATGCTCTTCTTCCTGTCGGAACGACACTAGATATCCGCCATTTTGTTCCAGGCAAACATGTTGATGTAACCGGAATTACAAAAGG...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA

XP_057805376.1
MREREREREREREIRPLCASDWMWTKKKEKHLREPEVGHFRAQGVPMKRKLREFPVTEDALLPVGTTLDIRHFVPGKHVDVTGITKGKGFQGGMKRWGFKGMPASHGQSLSHPSIGSTGNRAGKSRRRGRGRGRGPNTIGTYSS

XP_057805377.1
MREREREREREREIRPLCASDWMWTKKKEKHLREPEVGHFRAQGVPMKRKLREFPVTEDALLPVGTTLDIRHFVPGKHVDVTGITKGKGFQGGMKRWGFKGMPASHGQSLSHPSIGSTGNRAGKRRRGRGRGRGPNTIGTYSS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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