Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G003656`

染色体: Chr04 坐标: 53048912-53049768 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G003656`
名称	SmilChr04G003656
描述	salviol synthase-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	53048912 - 53049768 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023611`
GeneID	`131023611`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023611`
原始查询	`SmilChr04G003656`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	salviol synthase-like
产物	salviol synthase-like
Arabidopsis	`AT3G61040` (CYP76C7) cytochrome P450, family 76, subfamily C, polypeptide 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825276] identity=40.9; qcov=0.823; evalue=1.24e-29; confidence=medium
Rice	`Os01g0957600` (OsCYP71AA3) - identity=44.3; qcov=0.724; evalue=1.62e-33; confidence=medium
GO	GO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG	-
Pfam	PF00067 (p450)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023611

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057809136.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.60000	`XP_057809136.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057809136.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057809136.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057809136.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:53048922`	`G`	`GT`	1bp_insertion	frameshift_variant	9	B34,B83,B97,C25,C42,C54,C59,C82,D6
`Chr4:53048960`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B48,B60,B98,D7
`Chr4:53048991`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D7
`Chr4:53049010`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	38	A15,A24,A25,B1,B11,B112,B122,B124,B132,B135,B139,B19,B26,B3,B40,B45,B49,B51,B62,B63,B64,B70,B73,B79,B80,B84,C17,C48,C5,C58,C6,C61,C7,C76,C83,D1,D3,D8
`Chr4:53049019`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D7
`Chr4:53049031`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B133,C27
`Chr4:53049032`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B48,B60,B98,D7
`Chr4:53049067`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B41,B85
`Chr4:53049067`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B41,B85
`Chr4:53049114`	`G`	`GC`	1bp_insertion	frameshift_variant	14	A1,A4,B138,B139,B21,B29,B45,B6,C29,C3,C38,C4,C67,D9
`Chr4:53049127`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr4:53049373`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B124

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809136.1

181 aa

181

p450

PF00067 p450 41-178 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057809136.1`	Pfam	`PF00067`	p450	Domain	41	178	2.6e-31	109.6	Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057953153.1
ATGAGAGAAGAGGTGTTTGTTGATCTTATCAAGAGGTTTGCATCCATGGAGGGATCAGAGATCAATTTCTTGGAGATGTTAAGCGAAACCACGTACGTTGTGATTGCGATGGCGGCCATAAGGGATGTGAATAAGCAATATGTGGCTTTCGTCGATAAGCTAGATGAGACACTTGAGAATGTCATCCGCCAGCATAGAATTGCCGATTCTCACAACCATGAAGATCTCCTCGATGTTCTTCTCAAGTATCACCAAGATGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023611
ATGAGAGAAGAGGTGTTTGTTGATCTTATCAAGAGGTTTGCATCCATGGAGGGATCAGAGATCAATTTCTTGGAGATGTTAAGCGAAACCACGTACGTTGTGATTGCGATGGCGGCCATAAGGGATGTGAATAAGCAATATGTGGCTTTCGTCGATAAGCTAGATGAGACACTTGAGAATGTCATCCGCCAGCATAGAATTGCCGATTCTCACAACCATGAAGATCTCCTCGATGTTCTTCTCAAGTATCACCAAGATGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057809136.1
MREEVFVDLIKRFASMEGSEINFLEMLSETTYVVIAMAAIRDVNKQYVAFVDKLDETLENVIRQHRIADSHNHEDLLDVLLKYHQDGLTIDNIKSVVLDLLAAGSDTSSTLVEWTMSELLKNPRILERTQQEFRKVFDEEGHVDESHIPQLKYLKSVVKETLRMHPPAPLLVPRLCEKTYN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器