Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G003658`

染色体: Chr04 坐标: 53065368-53066314 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G003658`
名称	SmilChr04G003658
描述	transcription factor TCP14
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	53065368 - 53066314 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131020532`
GeneID	`131020532`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131020532`
原始查询	`SmilChr04G003658`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	transcription factor TCP14
产物	transcription factor TCP14
Arabidopsis	`AT2G37000` (AT2G37000) TCP family transcription factor [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818274] identity=53; qcov=0.546; evalue=8.49e-39; confidence=medium
Rice	`Os01g0924400` (OsTCP6) - identity=71.4; qcov=0.282; evalue=1.04e-33; confidence=weak
GO	GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0043565 (sequence-specific DNA binding)
KEGG	-
Pfam	PF03634 (TCP)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131020532

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057805384.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057805384.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057805384.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057805384.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057805384.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:53065486`	`T`	`TAA`	2bp_insertion	frameshift_variant	7	B132,B36,B47,B8,C23,C47,C57
`Chr4:53065513`	`TCA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	2	A7,C76
`Chr4:53065513`	`TCA`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	2	A7,C76
`Chr4:53065520`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B10,B75
`Chr4:53065523`	`TCA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	4	B108,B56,C40,C53
`Chr4:53065523`	`TCA`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	4	B108,B56,C40,C53
`Chr4:53065532`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B56
`Chr4:53065532`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B56
`Chr4:53065555`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	19	A15,A24,A25,B112,B132,B139,B26,B3,B45,B51,B62,B63,B64,B80,C17,C5,C61,C7,D1
`Chr4:53065568`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B108,B56,B96,C40,C53
`Chr4:53065585`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr4:53065596`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	58	A1,A15,A16,A19,A20,A6,A8,A9,B1,B10,B108,B113,B118,B12,B131,B133,B137,B16,B25,B27,B35,B42,B43,B5,B52,B55,B62,B64,B65,B7,B81,B82,B88,B92,B98,C14,C15,C17,C18,C22,C25,C27,C3,C38,C4,C40,C41,C43,C45,C46,C52,C58,C60,C64,C66,C72,C78,C81

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805384.1

273 aa

136

273

TCP

PF03634 TCP 114-185 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057805384.1`	Pfam	`PF03634`	TCP	Family	114	185	5.2e-24	86.3	TCP family transcription factor

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057949401.1
TGGGTAAAGACAAAGATCCTCACTGGCCCCACTTAATGCCAGAACAAGCCCAAACACCAGCAATCTGGCCCGAAAGCCCGCACACAAACTCTCATCGCGAGGCCCGACCCGTTTTTTCTATTATAAAAAGTGGGGTCAATTTCCTTCACTCTCTCTCACAGTCACAGTCTCCGTCTCCGTCTCCGTCTCCTCCGCCGCGACACACTGCCGCCGCCGTCGTCCAAACCCTAAAAAAAATGTCCTTCTCAGATATGATCCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131020532
ATGCCAGAACAAGCCCAAACACCAGCAATCTGGCCCGAAAGCCCGCACACAAACTCTCATCGCGAGGCCCGACCCGTTTTTTCTATTATAAAAAGTGGGGTCAATTTCCTTCACTCTCTCTCACAGTCACAGTCTCCGTCTCCGTCTCCGTCTCCTCCGCCGCGACACACTGCCGCCGCCGTCGTCCAAACCCTAAAAAAAATGTCCTTCTCAGATATGATCCTCACCAAATTCCCCGACGAAGACGACGCCTACCGCCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057805384.1
MPEQAQTPAIWPESPHTNSHREARPVFSIIKSGVNFLHSLSQSQSPSPSPSPPPRHTAAAVVQTLKKMSFSDMILTKFPDEDDAYRPASPPSAAAPHPPADNSAKRGAAVARTSVKDRHTKVNGRGRRVRIPALSAARIFQLTRELGHRSDGETIEWLLRHAEPSIIAATGTGTVPAESVSSSSRALPPSRPSATVQSPLSSSLQQVTVAAPPAPETACRLNLFQSAAPPQAMALGFPMNGYRHMPFMALLLQPATAAAD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器