当前解析结果
SmilChr04G003694| 统一新 Gene ID | SmilChr04G003694 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G003694 |
| 描述 | MLO-like protein 6 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 53321489 - 53326967 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131020569 |
|---|---|
| GeneID | 131020569 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131020569 |
| 原始查询 | SmilChr04G003694 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | MLO-like protein 6 |
| 产物 | MLO-like protein 6 |
| Arabidopsis | AT1G61560 (MLO6)Seven transmembrane MLO family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842450] identity=59.5; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os03g0129100 (OsMLO2)- identity=50.7; qcov=0.878; evalue=1.66e-154; confidence=high |
| GO | GO:0006952 (defense response); GO:0016020 (membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03094 (Mlo) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131020569 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057805467.1 |
| 2 | Dendrite | Dendrite | 0.20000 | XP_057805467.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057805467.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057805467.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057805467.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:53323613 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B71,C11,C40,C69 |
Chr4:53323751 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C45 |
Chr4:53323877 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A20,C45 |
Chr4:53324027 |
CTG |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B109 |
Chr4:53324027 |
CTG |
C |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | B109 |
Chr4:53324415 |
C |
CA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 27 | A3,A5,B100,B108,B118,B126,B128,B134,B22,B29,B34,B48,B52,B6,B64,B67,B68,B7,B78,C12,C15,C20,C36,C38,C63,C84,D5 |
Chr4:53324806 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B34,C39,C72,D4 |
Chr4:53326080 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B4 |
Chr4:53326496 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B4 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057805467.1PF03094
Mlo 1-439 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057805467.1 |
Pfam | PF03094 |
Mlo | Family | 1 | 439 | 5e-209 | 695.4 | Mlo family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。