当前解析结果
SmilChr04G003699| 统一新 Gene ID | SmilChr04G003699 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G003699 |
| 描述 | cell number regulator 8-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 53352094 - 53353924 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131020573 |
|---|---|
| GeneID | 131020573 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131020573 |
| 原始查询 | SmilChr04G003699 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | cell number regulator 8-like |
| 产物 | cell number regulator 8-like |
| Arabidopsis | AT2G37110 (AT2G37110)PLAC8 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818287] identity=57.8; qcov=0.814; evalue=2.55e-77; confidence=high |
| Rice | Os01g0157900- identity=63.2; qcov=0.725; evalue=5.96e-75; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04749 (PLAC8) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131020573 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057805470.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057805470.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057805470.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057805470.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057805470.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:53352338 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C11,C69 |
Chr4:53352361 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B72 |
Chr4:53352607 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C78 |
Chr4:53352640 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C53 |
Chr4:53352652 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B110,B35,B5,C10,C14 |
Chr4:53353523 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B110,B112,B5,C10,C14 |
Chr4:53353555 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B120 |
Chr4:53353572 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C4 |
Chr4:53353586 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B25 |
Chr4:53353629 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr4:53353658 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B73,D10 |
Chr4:53353660 |
T |
TCG |
2bp_insertion | frameshift_variant | 119 | A1,A14,A19,A2,A21,A22,A23,A4,B10,B100,B102,B103,B111,B113,B117,B119,B122,B123,B125,B126,B127,B128,B13,B131,B135,B136,B137,B14,B140,B15,B17,B21,B23,B24,B26,B27,B28,B29,B30,B31,B33,B37,B38,B39,B4,B40,B45,B47,B5,B50,B57,B59,B64,B66,B68,B69,B70,B71,B72,B75,B76,B77,B8,B80,B82,B83,B85,B87,B90,B92,B94,B95,C1,C10,C11,C12,C13,C14,C15,C17,C20,C21,C24,C30,C32,C34,C37,C39,C4,C40,C41,C42,C46,C49,C5,C55,C56,C57,C59,C6,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C70,C71,C75,C77,C78,C79,C8,C81,C86,C87,C9,D6,D9 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057805470.1PF04749
PLAC8 68-208 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057805470.1 |
Pfam | PF04749 |
PLAC8 | Family | 68 | 208 | 2.9e-18 | 67.4 | PLAC8 family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。