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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003699

染色体: Chr04 坐标: 53352094-53353924 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003699
名称SmilChr04G003699
描述cell number regulator 8-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向53352094 - 53353924 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020573
GeneID131020573
locus_tag-
NCBI NameLOC131020573
原始查询SmilChr04G003699

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cell number regulator 8-like
产物cell number regulator 8-like
ArabidopsisAT2G37110 (AT2G37110)
PLAC8 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818287]
identity=57.8; qcov=0.814; evalue=2.55e-77; confidence=high
RiceOs01g0157900
-
identity=63.2; qcov=0.725; evalue=5.96e-75; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF04749 (PLAC8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020573

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057805470.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057805470.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057805470.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057805470.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057805470.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:53352338 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,C69
Chr4:53352361 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B72
Chr4:53352607 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C78
Chr4:53352640 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C53
Chr4:53352652 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B110,B35,B5,C10,C14
Chr4:53353523 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B110,B112,B5,C10,C14
Chr4:53353555 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B120
Chr4:53353572 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C4
Chr4:53353586 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B25
Chr4:53353629 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr4:53353658 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B73,D10
Chr4:53353660 T TCG 2bp_insertion frameshift_variant 119 A1,A14,A19,A2,A21,A22,A23,A4,B10,B100,B102,B103,B111,B113,B117,B119,B122,B123,B125,B126,B127,B128,B13,B131,B135,B136,B137,B14,B140,B15,B17,B21,B23,B24,B26,B27,B28,B29,B30,B31,B33,B37,B38,B39,B4,B40,B45,B47,B5,B50,B57,B59,B64,B66,B68,B69,B70,B71,B72,B75,B76,B77,B8,B80,B82,B83,B85,B87,B90,B92,B94,B95,C1,C10,C11,C12,C13,C14,C15,C17,C20,C21,C24,C30,C32,C34,C37,C39,C4,C40,C41,C42,C46,C49,C5,C55,C56,C57,C59,C6,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C70,C71,C75,C77,C78,C79,C8,C81,C86,C87,C9,D6,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805470.1
236 aa
N
1
118
236
PLAC8
C
PF04749 PLAC8 68-208 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057805470.1 Pfam PF04749 PLAC8 Family 68 208 2.9e-18 67.4 PLAC8 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949487.1
TGCACTAAATTAAGAAGAAAGAAAGAAATTATTGTAAATAATTCAAATAGTTGATATCGAATTTATCTGTGGGGGCGAGAGAGAGCCTCTCAAGCAAGCGCCCACCTCTCGATTTTCGTCTCTAACATTTTGTACAAATTAATTACATACACAATCACTTTTCTCTTTTTATTTTTTTGTCTGTAAATTTTCGTGTAATATTCTTATCTGGAAATATGGCTAATTATGATCTTGTACCGGGGCTAGAAGAAGAAGAAGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020573
ATGGCTAATTATGATCTTGTACCGGGGCTAGAAGAAGAAGAAGAATCAGAGGTTGAAATGAAATCCTATTCAGGTGGTGGGACAAAGCATGAAGGGAAGTCCTCCACCAGCGCCGCCGCTAAGCCGTCGGCGGCGGCGGCGGCGGGATGGACTGGTCATGGGTTGGTGGTGGGTGATGGCAGTAGGGTGCAAACAGATGAATGGGATTCCAGCATCTACTCATGTCTTGGAAAGAATGATGAGTTCTACAGCAGTGATCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057805470.1
MANYDLVPGLEEEEESEVEMKSYSGGGTKHEGKSSTSAAAKPSAAAAAGWTGHGLVVGDGSRVQTDEWDSSIYSCLGKNDEFYSSDLEVCVLGCCAPCVLHGSNVERLGSKPGAATFATHCLPYTALYLLGNCFFGFNCFAPCFSYPNRTAIRRKFNLQGSCEAAAKSIGCEDNIRMNELQREHCESACDLATHVSCHPCALCQEARELRRRLPHPGFTAKPVILMLPPGGQTMGR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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