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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003706

染色体: Chr04 坐标: 53388939-53390608 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003706
名称SmilChr04G003706
描述11-hydroxysugiol 20-monooxygenase-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向53388939 - 53390608 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020581
GeneID131020581
locus_tag-
NCBI NameLOC131020581
原始查询SmilChr04G003706

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述11-hydroxysugiol 20-monooxygenase-like
产物11-hydroxysugiol 20-monooxygenase-like
ArabidopsisAT2G45550 (CYP76C4)
cytochrome P450, family 76, subfamily C, polypeptide 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819163]
identity=41.3; qcov=1.01; evalue=6.77e-142; confidence=medium
RiceOs03g0248200
-
identity=46.3; qcov=0.964; evalue=1.31e-148; confidence=high
GOGO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG-
PfamPF00067 (p450)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020581

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057805478.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057805478.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057805478.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057805478.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057805478.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:53389028 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B50
Chr4:53389049 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr4:53389091 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B108,B50,D11
Chr4:53389130 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C54
Chr4:53389172 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C7
Chr4:53389217 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B138,B49,B72,B99
Chr4:53389232 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B114,B131,C32,C39,C47
Chr4:53389242 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B114,B14,C22
Chr4:53389268 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A1,B114,B119,C39
Chr4:53389322 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B33
Chr4:53389353 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B77
Chr4:53389443 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A22,B82,C67

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805478.1
495 aa
N
1
248
495
p450
C
PF00067 p450 35-481 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057805478.1 Pfam PF00067 p450 Domain 35 481 5.5e-96 322.8 Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949495.1
GCAACAAACCAGAAAATGGAAGGTTTTATTGTTTTGTCCCTGGCTTTTCTAGCAGCATCATGTGCTGCATTTGCATTCTCACGGTGGTCGGATTCTCCGCGGCGGCGAGGGAAGTTCCCTCCGGGGCCGCCTCGGCTGCCCATCCTCGGCAACATCCTCCAACTCGGCCCAAACCCCCACAAGTCCCTCGCCCACCTCGCCCAAACCTACGGCCCCCTCATGTCCCTCAACCTCGGGAATCAATTCGCCGTGGTCGCTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020581
ATGGAAGGTTTTATTGTTTTGTCCCTGGCTTTTCTAGCAGCATCATGTGCTGCATTTGCATTCTCACGGTGGTCGGATTCTCCGCGGCGGCGAGGGAAGTTCCCTCCGGGGCCGCCTCGGCTGCCCATCCTCGGCAACATCCTCCAACTCGGCCCAAACCCCCACAAGTCCCTCGCCCACCTCGCCCAAACCTACGGCCCCCTCATGTCCCTCAACCTCGGGAATCAATTCGCCGTGGTCGCTTCGTCGCCGGAGATGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057805478.1
MEGFIVLSLAFLAASCAAFAFSRWSDSPRRRGKFPPGPPRLPILGNILQLGPNPHKSLAHLAQTYGPLMSLNLGNQFAVVASSPEMAKEILQKQGLVFSTPFTPNAVCVLGHGEVSMNMLPATSNVWKKLRRIAAEKLFSNPALVATQDIRRERLRKLTDYVTECSRDGRAMNVGEATFTTMTNLMFATLFSMELAEIQKFREHVNAMTRYMGVPNVADFFPILAPLDPQGMRRKLTRHFGSLLELVQSLIHQRLQARKA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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