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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003711

染色体: Chr04 坐标: 53420036-53421268 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003711
名称SmilChr04G003711
描述probable carboxylesterase 9
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向53420036 - 53421268 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020585
GeneID131020585
locus_tag-
NCBI NameLOC131020585
原始查询SmilChr04G003711

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable carboxylesterase 9
产物probable carboxylesterase 9
ArabidopsisAT2G45610 (AT2G45610)
alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819169]
identity=49.8; qcov=1.01; evalue=4.51e-114; confidence=high
RiceOs08g0547800
-
identity=40.6; qcov=0.99; evalue=3.92e-72; confidence=medium
GOGO:0016787 (hydrolase activity)
KEGG-
PfamPF07859 (Abhydrolase_3); PF20434 (BD-FAE)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020585

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057805483.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057805483.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057805483.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057805483.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057805483.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:53420222 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,B105,B113,B59,C53
Chr4:53420233 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B64,D7
Chr4:53420424 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 62 A1,A14,A15,A18,A23,A24,A3,A8,B10,B103,B110,B118,B121,B123,B132,B136,B139,B17,B19,B36,B40,B45,B57,B58,B63,B64,B66,B7,B75,B78,B80,B84,B86,B88,B93,C14,C25,C27,C3,C32,C34,C35,C37,C38,C39,C4,C40,C42,C46,C48,C49,C57,C61,C72,C77,C79,C83,C84,C87,D1,D4,D7
Chr4:53420435 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 32 A11,A16,B102,B105,B108,B11,B113,B120,B127,B13,B131,B135,B140,B23,B24,B35,B39,B4,B48,B61,B98,C20,C21,C22,C23,C44,C59,C63,C64,C69,C70,C71
Chr4:53420618 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C46,C78
Chr4:53420737 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B69,B87,C14

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805483.1
311 aa
N
1
156
311
BD-FAE
Abhydrolase_3
C
PF20434 BD-FAE 56-170 aa PF07859 Abhydrolase_3 71-291 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057805483.1 Pfam PF20434 BD-FAE Domain 56 170 4.7e-09 36.8 BD-FAE
XP_057805483.1 Pfam PF07859 Abhydrolase_3 Domain 71 291 4.6e-45 154.7 alpha/beta hydrolase fold

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949500.1
ATGTCAAAATTCGACCCCTACGATCACCTCAACGTGTCTCTGAATCAAGACGGGAGTCTGACCAGGTACATGAAGCTCCCGACCTCCCCCGCCAACAGCGACTCCAGCCAAGCCGTGTTGAGCAAGGACGTCACCCTCAACGCCGACAAGAAGACGTGGATGCGGCTCTACCGGCCGTCGAAGATCCCCTCCGCCACGCGCCTCCCCGTCATTCTCTACTTCCACCCCGGCGGCTGGATCCAGATGAGCGTCGCCGAGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020585
ATGTCAAAATTCGACCCCTACGATCACCTCAACGTGTCTCTGAATCAAGACGGGAGTCTGACCAGGTACATGAAGCTCCCGACCTCCCCCGCCAACAGCGACTCCAGCCAAGCCGTGTTGAGCAAGGACGTCACCCTCAACGCCGACAAGAAGACGTGGATGCGGCTCTACCGGCCGTCGAAGATCCCCTCCGCCACGCGCCTCCCCGTCATTCTCTACTTCCACCCCGGCGGCTGGATCCAGATGAGCGTCGCCGAGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057805483.1
MSKFDPYDHLNVSLNQDGSLTRYMKLPTSPANSDSSQAVLSKDVTLNADKKTWMRLYRPSKIPSATRLPVILYFHPGGWIQMSVAESLIHESSNRASTEIPSIFIAVDFRLAPEHRLPAQYEDAMDAVAWVQNQATDRDGDPWIRDYGDLNRCYLYGASCGANIAYNTALRLPEMKPQPLKIAGTILNQPFIGGKKRTKSELKLATDPYFPLPVIDLLWELALPVGTDRDHRFCNPLVDAAMKEKVKSLGKCLVIGFGGD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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