当前解析结果
SmilChr04G003711| 统一新 Gene ID | SmilChr04G003711 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G003711 |
| 描述 | probable carboxylesterase 9 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 53420036 - 53421268 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131020585 |
|---|---|
| GeneID | 131020585 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131020585 |
| 原始查询 | SmilChr04G003711 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable carboxylesterase 9 |
| 产物 | probable carboxylesterase 9 |
| Arabidopsis | AT2G45610 (AT2G45610)alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819169] identity=49.8; qcov=1.01; evalue=4.51e-114; confidence=high |
| Rice | Os08g0547800- identity=40.6; qcov=0.99; evalue=3.92e-72; confidence=medium |
| GO | GO:0016787 (hydrolase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF07859 (Abhydrolase_3); PF20434 (BD-FAE) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131020585 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057805483.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057805483.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057805483.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057805483.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057805483.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:53420222 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B104,B105,B113,B59,C53 |
Chr4:53420233 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B64,D7 |
Chr4:53420424 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 62 | A1,A14,A15,A18,A23,A24,A3,A8,B10,B103,B110,B118,B121,B123,B132,B136,B139,B17,B19,B36,B40,B45,B57,B58,B63,B64,B66,B7,B75,B78,B80,B84,B86,B88,B93,C14,C25,C27,C3,C32,C34,C35,C37,C38,C39,C4,C40,C42,C46,C48,C49,C57,C61,C72,C77,C79,C83,C84,C87,D1,D4,D7 |
Chr4:53420435 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 32 | A11,A16,B102,B105,B108,B11,B113,B120,B127,B13,B131,B135,B140,B23,B24,B35,B39,B4,B48,B61,B98,C20,C21,C22,C23,C44,C59,C63,C64,C69,C70,C71 |
Chr4:53420618 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C46,C78 |
Chr4:53420737 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B69,B87,C14 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057805483.1PF20434
BD-FAE 56-170 aa
PF07859
Abhydrolase_3 71-291 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057805483.1 |
Pfam | PF20434 |
BD-FAE | Domain | 56 | 170 | 4.7e-09 | 36.8 | BD-FAE |
XP_057805483.1 |
Pfam | PF07859 |
Abhydrolase_3 | Domain | 71 | 291 | 4.6e-45 | 154.7 | alpha/beta hydrolase fold |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。